Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,575,613 | G→A | 8.1% | A179V (GCG→GTG) | motA ← | flagellar motor rotation protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,575,613 | 0 | G | A | 8.1% | 140.3 / 2.9 | 49 | A179V (GCG→GTG) | motA | flagellar motor rotation protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/23); new base A (2/2); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 |
CAAAGGGCCGAAGAACCCGTAAGCCGCCAGAATACCGAAGAAGGTACCCACCAGCGCCGCACCTACGTGCATGCCGATGGCCGCCTGATCGCCATCGCCCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGCGATGCCGGTCACCGCGTGGGACGGGTGCTCCAGCTCTTCCTTCATGCTCAGCAGTTCCATGTCGAACAGGCCCTCGAGCTCGTGCGGGGCCATGTTGCCGGTGGAC > NC_002947/5575480‑5575753 | cAAAGGGCCGAAGAACCCGTAAGCCGCCAGAATACCGAAGAAGGTACCCACCAGCGCCGCACCTACGTGCATGCCGATGGCCGCCTGATCGCCATCGCCCACCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGAACCGCCGCAACGATACCGa > 1:81033/1‑149 (MQ=255) ggCCGAAGAACCCGTAAGCCGCCAGAATACCGAAGAAGGTACCCACCAGCGCCGCACCTACGTGCATGCCGATGGCCGCCTGATCGCCATCGCCCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAAcccc < 7:94130/149‑1 (MQ=255) aagaaCCCGTAAGCCGCCAGAATACCGAAGAAGGTACCCACCAGCGCCGCACCTACGTGCATGCCGATGGCCGCCTGATCGCCATCGCCCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCa > 6:43864/1‑148 (MQ=255) gaaCCCGTAAGCCGCCAGAATACCGAAGAAGGTACCCACCAGCGCCGCACCTACGTGCATGCCGATGGCCGCCTGATCGCCATCGCCCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCATAc > 1:175409/1‑149 (MQ=255) ccGTAAGCCGCCAGAATACCGAAGAAGGTACCCACCAGCGCCGCACCTACGTGCATGCCGATGGCCGCCTGATCGCCATCGCCCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTc > 4:247812/1‑149 (MQ=255) tAAGCCGCCAGAATACCGAAGAAGGTACCCACCAGCGCCGCACCTACGTGCATGCCGATGGCCGCCTGATCGCCATCGCCCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGc < 4:101513/149‑1 (MQ=255) ccgccAGAATACCGAAGAAGGTACCCACCAGCGCCGCACCTACGTGCATGCCGATGGCCGCCTGATCGCCATCGCCCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGCGATg > 6:291579/1‑149 (MQ=255) gccAGAATACCGAAGAAGGTACCCACCAGCGCCGCACCTACGTGCATGCCGATGGCCGCCTGATCGCCATCGCCCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACGCCGGCATACCGTCGGCGATGcc < 8:62131/149‑1 (MQ=255) gccAGAATACCGAAGAAGGTACCCACCAGCGCCGCACCTACGTGCATGCCGATGGCCGCCTGATCGCCATCGCCCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGCGATGcc > 7:28216/1‑149 (MQ=255) 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8:4667/1‑88 (MQ=255) atcgccatcgccCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGCGATGCCg < 7:4667/88‑1 (MQ=255) tcgccatcgccCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGCGATGCCGGTCACCGCGTGGGACGGGTGCTCCAGCTCTTCCTTCATGCTCAGCAGTTCCATGTCGAACAg < 6:72904/149‑1 (MQ=255) catcgccCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATATCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGc < 1:224441/76‑1 (MQ=255) catcgccCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGc > 2:224441/1‑76 (MQ=255) catcgccCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCACCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGCGATGCCGGTCACCGCGTGGGACGGGTGCTCCAGCTCTTCCTTCATGCTCAGCAGTTCCATGTCGAACAGGccc > 8:60975/1‑149 (MQ=255) catcgccCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCACCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGCGATGCCGGTCACCGCGTGGGACGGGTGCTCCACCACTTCCTTCATGCTCAGCAGTTCCATGTCGAACAGGcac > 6:261921/1‑147 (MQ=255) 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caccacGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGCGATGCCGGTCACCGCGTGGGACGGGTGCTCCAGCTCTTCCTTCATGCTCAGCAGTTCCATGTCGAACAGGCCCTCGAGCTCGTGCGGGGCCATGt > 5:19251/1‑149 (MQ=255) cacGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGCGATGCCGGTCACCGCGTGGGACGGGTGCTCCAGCTCTTCCTTCATGCTCAGCAGTTCCATGTCGAACAGGCCCTCGAGCTCGTGCGGGGCCATGTTGc > 2:77944/1‑149 (MQ=255) tACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGTACCCCGGCATACCGTCGGCGATGCCGGTCACCGCGTGGGACGGGTGCTCCAGCTCTTCCTTCATGCTCAGCAGTTCCATGTCGAACAGGCCCTCGAGCTCGTGCGGGGCCATGTTGCCGGTg < 2:81033/149‑1 (MQ=255) ccAGTACCACCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGCGATGCCGGTCACCGCGTGGGACGGGTGCTCCAGCTCTTCCTTCATGCTCAGCAGTTCCATGTCGAACAGGCCCTCGAGCTCGTGCGGGGCCATGTTGCCGGTGGAc < 7:60975/149‑1 (MQ=255) ccAGTACCACCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGCGATGCCGGTCACCGCGTGGGACGGGTGCTCCAGCTCTTCCTTCATGCTCAGCAGTTCCATGTCGAACAGGCCCTCGAGCTCGTGCGGGGCCATGTTGCCGGTGGAc < 5:261921/149‑1 (MQ=255) | CAAAGGGCCGAAGAACCCGTAAGCCGCCAGAATACCGAAGAAGGTACCCACCAGCGCCGCACCTACGTGCATGCCGATGGCCGCCTGATCGCCATCGCCCAGCGAGGCCATGGTCACCACGATACCCAGTACCGCCGCAACGATACCGAACCCCGGCATACCGTCGGCGATGCCGGTCACCGCGTGGGACGGGTGCTCCAGCTCTTCCTTCATGCTCAGCAGTTCCATGTCGAACAGGCCCTCGAGCTCGTGCGGGGCCATGTTGCCGGTGGAC > NC_002947/5575480‑5575753 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |