Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 458,674 | C→T | 7.6% | G36R (GGG→AGG) | pqqC ← | pyrroloquinoline‑quinone synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 458,674 | 0 | C | T | 7.6% | 150.9 / 2.0 | 52 | G36R (GGG→AGG) | pqqC | pyrroloquinoline‑quinone synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/25); new base T (2/2); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTCGAGCAGGCGCTGGATCCACTCGCGGCGCACTTCGCGGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCGGCTGGCTCCTGTAGAACGATTATCTGGCCTGGCACATCTC > NC_002947/458531‑458822 | gTCGAGCAGGCGCTGGATCCACTCGCGGCGCACTTCGCGGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTgg > 3:125000/1‑148 (MQ=255) cAGGCGCTGGATCCACTCGCGGCGCCCTTCGCGGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCg < 1:282178/149‑1 (MQ=255) gcgcTGGATCCACTCGCGGCGCACTTCGCGGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCa > 7:82074/1‑149 (MQ=255) gcgcTGGATCCACTCGCGGCGCACTTCGCGGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCa < 2:233573/149‑1 (MQ=255) gATCCACTCGCGGCGCACTTCGCGGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGt < 6:17152/149‑1 (MQ=255) ccACTCGCGGCGCACTTCGCGGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCATTCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCTCTGGTACATCGCCACGTGGTAc > 1:241955/1‑149 (MQ=255) tCGCGGCGCACTTCGCGGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCCCCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCGCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGt > 8:77974/1‑148 (MQ=255) gcgcACTTCGCGGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTgatgga > 3:108322/1‑149 (MQ=255) cgcACTTCGCGATCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTgatggat > 6:179110/1‑149 (MQ=255) gcACTTCGCGGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTgatggatg < 2:224740/149‑1 (MQ=255) aCTTCGCGATCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGAtgtg < 5:179110/149‑1 (MQ=255) cTTCGCGGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTgg < 7:88191/149‑1 (MQ=255) cTTCGCGGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTgg > 6:31758/1‑149 (MQ=255) cgcgGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTaa > 8:138878/1‑149 (MQ=255) gcgGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTaa > 3:54476/1‑148 (MQ=255) cAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGGTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCTCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCtt < 2:241955/149‑1 (MQ=255) ggCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGgcgc > 5:285853/1‑149 (MQ=255) gCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGgcgc < 2:8957/148‑1 (MQ=255) aTCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGc < 5:31758/149‑1 (MQ=255) cATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTc < 4:65950/147‑1 (MQ=255) cATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCg < 2:225975/148‑1 (MQ=255) aTCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGt > 4:205779/1‑109 (MQ=255) aTCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGt < 3:205779/109‑1 (MQ=255) aTCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAg < 6:183556/131‑1 (MQ=255) aTCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAg > 5:183556/1‑131 (MQ=255) aTCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGc < 7:138878/149‑1 (MQ=255) gggATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGTGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCCCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAgg > 3:59334/1‑149 (MQ=255) gggATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAgg < 4:54476/149‑1 (MQ=255) ggATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTg > 1:273061/1‑133 (MQ=255) ggATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTg < 2:273061/133‑1 (MQ=255) tGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGAc < 5:186686/149‑1 (MQ=255) aCCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTgg > 2:154051/1‑149 (MQ=255) tagAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGaa > 8:273692/1‑122 (MQ=255) tagAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGaa < 7:273692/122‑1 (MQ=255) gAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCg < 1:154051/148‑1 (MQ=255) aaGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATCGGCAGTGCGTCGCt > 7:130401/1‑149 (MQ=255) gCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCa < 4:221620/149‑1 (MQ=255) gTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTc < 3:94934/149‑1 (MQ=255) gTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTc > 6:89780/1‑149 (MQ=255) gCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCggct > 1:273605/1‑149 (MQ=255) gCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCggct < 4:108322/149‑1 (MQ=255) gCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCggct > 4:277025/1‑149 (MQ=255) gCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCGGCTGGCTCCTg < 3:277025/149‑1 (MQ=255) cccTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAg > 4:232338/1‑109 (MQ=255) cccTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAg < 3:232338/109‑1 (MQ=255) ccTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCTCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCggctgg > 4:170338/1‑141 (MQ=255) ccTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCTCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCggctgg < 3:170338/141‑1 (MQ=255) gATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCggctgg < 4:213985/137‑1 (MQ=255) gATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCggctgg > 3:213985/1‑137 (MQ=255) cTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCGGCTGGCTCCTGTAGAACGATTAt > 3:130272/1‑149 (MQ=255) tCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCGGCTGGCTCCTGTAGAACGATTATc > 2:250145/1‑149 (MQ=255) cgcCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCGGCTGGCTCCTGTAGAACGATTATCTGGCCTGGcaca < 2:273605/149‑1 (MQ=255) ccTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCGGCTGGCTCCTGTAGAACGATTATCTGGCCTGGCACAtctc > 7:12693/1‑149 (MQ=255) | GTCGAGCAGGCGCTGGATCCACTCGCGGCGCACTTCGCGGTCCGGGCAGTTGGCCAGGATCGCGGCA‑TCCTTCATCGGGATGTTGACCTGGTAGTAGAAGCGGTTGGCCACCCAGCCCTGGATCTGCTCGCGGGTGGCGCGCCCCTGGTACATCGCCACGTGGTACGGGTGATGGATGTGGTAATAGGCGCCCTTGGCGCGCAGGGCCTGCTCGAACTCGGCAGGGGACATTGGCAGTGCGTCGCTCATTCGGCTGGCTCCTGTAGAACGATTATCTGGCCTGGCACATCTC > NC_002947/458531‑458822 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |