| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,610,644 | C→T | 6.7% | S20L (TCG→TTG) ‡ | emrE → | small multidrug resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,610,644 | 0 | C | T | 6.7% | 217.1 / 4.6 | 74 | S20L (TCG→TTG) ‡ | emrE | small multidrug resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/38); new base T (3/2); total (34/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
ATCAACCTATCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGG > NC_002947/5610498‑5610785 | aTCAAGCTATCTCCCATATCGATAGGTATTGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGATTGCCCGCTCAGTAACGGAGGATGCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGa < 7:132481/149‑1 (MQ=255)aTCAACCTATCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCAACCGCCTCGa > 3:220659/1‑149 (MQ=255) ccTATCTCCCATATCGATTGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCTTCGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGTTCCTGCGATGAATTCCTATTCCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGACACCTCCTCGATGAAg < 8:4386/149‑1 (MQ=255) ccTATCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAg < 4:127495/149‑1 (MQ=255) ccTATCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAg < 8:251615/149‑1 (MQ=255) ccTATCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAg < 7:41445/149‑1 (MQ=255) aTCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCg < 6:240445/149‑1 (MQ=255) tctcCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGATTGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGTATGCCTATACCTACCTCGCGATTGCGATCTGCGCCGTAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCg < 6:172102/148‑1 (MQ=255) tcCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGaa < 7:194415/142‑1 (MQ=255) tcCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGaa > 8:194415/1‑142 (MQ=255) tcCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGt > 1:315130/1‑148 (MQ=255) ccATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTGAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCg < 4:35383/144‑1 (MQ=255) ccATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCAATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCg > 3:35383/1‑144 (MQ=255) atatCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAg < 5:104128/149‑1 (MQ=255) gATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCGGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCt < 4:153117/148‑1 (MQ=255) tAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAg > 8:45128/1‑149 (MQ=255) gTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTg > 7:20635/1‑144 (MQ=255) gTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTg < 8:20635/144‑1 (MQ=255) aTGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑cc > 2:84826/1‑149 (MQ=255) aTGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑cc > 5:182208/1‑149 (MQ=255) cTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGaaa > 8:53602/1‑131 (MQ=255) cTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGaaa < 7:53602/131‑1 (MQ=255) cTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTg > 5:5308/1‑149 (MQ=255) tttACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑cc < 6:148599/144‑1 (MQ=255) tttACACCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑cc > 5:148599/1‑144 (MQ=255) aCCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCa < 2:265029/148‑1 (MQ=255) cccATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCa < 7:186651/146‑1 (MQ=255) cccATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCa > 8:186651/1‑146 (MQ=255) ccATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCActgc > 2:46987/1‑149 (MQ=255) aGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGa < 7:45128/149‑1 (MQ=255) tCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTTCATCGAGGCGGTg < 3:85147/107‑1 (MQ=255) tCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTTCATCGAGGCGGTg > 4:85147/1‑107 (MQ=255) aGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGACCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGc > 7:144407/1‑149 (MQ=255) gAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGc > 2:24617/1‑148 (MQ=255) aTGCCCGCTCATTAACGGAGGATCCTGCCATGAATTCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTTAGCACGCCCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCt < 1:24617/148‑1 (MQ=255) cGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGcc > 6:214699/1‑103 (MQ=255) cGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGcc < 5:214699/103‑1 (MQ=255) aCGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCAtt > 2:271011/1‑141 (MQ=255) aCGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCAtt < 1:271011/141‑1 (MQ=255) aggaTCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATg > 4:277416/1‑149 (MQ=255) tCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGACCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTg < 1:84826/149‑1 (MQ=255) ccTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGa < 8:144407/148‑1 (MQ=255) cTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGAt > 1:265378/1‑67 (MQ=255) cTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGAt < 2:265378/67‑1 (MQ=255) gCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCt > 5:110937/1‑149 (MQ=255) ccATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCtg < 4:220659/149‑1 (MQ=255) cATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCtgg < 6:243948/149‑1 (MQ=255) cATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCtgg < 7:137469/149‑1 (MQ=255) tGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCtggtg < 3:277416/149‑1 (MQ=255) tGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCtggtg < 7:84993/149‑1 (MQ=255) ccTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCgc < 2:115535/149‑1 (MQ=255) ctacctCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTc > 4:285849/1‑149 (MQ=255) cctCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCTATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCg < 6:182208/148‑1 (MQ=255) cctCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCgg < 2:315130/149‑1 (MQ=255) gCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTggg < 1:46987/149‑1 (MQ=255) cATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGa > 8:171689/1‑149 (MQ=255) ccATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGc < 6:5308/148‑1 (MQ=255) aTCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTa > 7:260360/1‑149 (MQ=255) cgcCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGcc < 1:214178/148‑1 (MQ=255) cgcCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGc < 3:285849/147‑1 (MQ=255) gcCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCAt > 5:140535/1‑149 (MQ=255) aGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTgg > 6:218919/1‑128 (MQ=255) aGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTgg < 5:218919/128‑1 (MQ=255) aTCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGt > 2:153831/1‑122 (MQ=255) aTCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCggg > 6:193503/1‑149 (MQ=255) ctttcACCGCCTTCATCGAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTgggg > 6:158550/5‑125 (MQ=255) ctttcACCGCCTTCATCGAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTgggg < 5:158550/121‑1 (MQ=255) ccACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTg > 6:293307/1‑149 (MQ=255) cACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGGCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTgg > 7:259291/1‑149 (MQ=255) aCCGCCTTCATCGAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTggg > 8:147197/1‑149 (MQ=255) aCCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTggg < 5:193503/149‑1 (MQ=255) aCCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTCGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGAGGTCCGCAGCATTCCGGTGCGCATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTggg > 1:291517/1‑149 (MQ=255) cTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTggg < 3:69947/144‑1 (MQ=255) cTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTggg > 4:69947/1‑144 (MQ=255) | ATCAACCTATCTCCCATATCGATAGGTAATGACTTTACCCCATCCAGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACG‑CCGTTGCCACTGCTGCTGATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGG > NC_002947/5610498‑5610785 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |