| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,839,686 | T→A | 6.2% | intergenic (+63/+40) | yheT → / ← sseA | putative hydrolase/3‑mercaptopyruvate sulfurtransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,839,686 | 0 | T | A | 6.2% | 195.2 / 2.5 | 64 | intergenic (+63/+40) | yheT/sseA | putative hydrolase/3‑mercaptopyruvate sulfurtransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/33); new base A (2/2); total (29/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 | |||||||||||
TGTGGGATTTGTCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGT‑‑GGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAACCCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCAGCGGGTACCCCGCCAGCGCCAGCGCAAACAGGT > NC_002947/5839539‑5839832 | tgtgGGATTTGTCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGT‑‑GGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAtt > 7:225794/1‑149 (MQ=255) ggATTTGTCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGT‑‑GGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCg > 6:121925/1‑149 (MQ=255) aTTTGTCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGT‑‑GGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGt < 6:18558/149‑1 (MQ=255) 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gCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAACCCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCAGCGGGTACCCCGCCAGCGCCAGCGCAAACAgg < 6:198644/149‑1 (MQ=255) gCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAACCCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCAGCGGGTACCCCGCCAGCGCCAGCGCAAACAgg < 4:262219/149‑1 (MQ=255) aTTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAACCCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCAGCGGGTACCCCGCCAGCGCCAGCGCAAACAGGt > 6:19589/1‑148 (MQ=255) | TGTGGGATTTGTCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGT‑‑GGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGGGGTTCAACCCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCAGCGGGTACCCCGCCAGCGCCAGCGCAAACAGGT > NC_002947/5839539‑5839832 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |