Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 510,299 | C→T | 10.0% | P107S (CCG→TCG) | trpD → | anthranilate phosphoribosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 510,299 | 0 | C | T | 10.0% | 132.9 / 5.1 | 50 | P107S (CCG→TCG) | trpD | anthranilate phosphoribosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/28); new base T (2/3); total (19/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.69e-01 |
TGCGGTGTCGGTGATGCGTGAGCTGGCCGAAAAGGTCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAGTGGCACGCTGCATCGACAGCCTGGGCATCGGCTTCATGTTCGCGCAAAG > NC_002947/510151‑510447 | tgcggtgTCGGTGATGCGTGAGCTGGCCGAAAAGGTCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGcc > 8:146774/1‑149 (MQ=255) gtgtCGGTGATGCGTGAGCTGGCCGAAAAGGTCTAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGAACGGTTGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGATTAGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTTccagct > 4:4945/1‑145 (MQ=255) gtCGGTGATGCGTGAGCTGGCCGAAAAGGTCGAGATGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTCGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTTTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTCGCGGCGGCGGCTTGCCCGGTgg > 2:304418/1‑149 (MQ=255) tCGGTGATGCGTGAGCTGGCCGAAAAGGTCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGc < 2:111427/149‑1 (MQ=255) ggTGATGCGTGAGCTGGCCGAAAAGGTCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑a > 8:218853/1‑149 (MQ=255) ggTGATGCGTGAGCTGGCCGAAAAGGTCGAGCTGCAAAGCCTCGAGGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑a < 6:146433/149‑1 (MQ=255) tGCGTGAGCTGGCCGAAAAGGTCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCAt < 6:308331/149‑1 (MQ=255) cGTGAGCTGGCCGAAAAGGTCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCTCGGTGGCC‑AAGCATgg < 3:179717/149‑1 (MQ=255) cGTGAGCTGGCCGAAAAGGTCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATg < 3:136841/148‑1 (MQ=255) gCTGGCCGAAAAGGTCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCATCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAAcc < 5:233954/149‑1 (MQ=255) ccGAAAAGGGCGAGCGGCAATGCCTCGATGGAGTCGGCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACAGCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCa < 7:117241/149‑1 (MQ=255) cGAAAAGGTCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTg > 6:73690/1‑127 (MQ=255) cGAAAAGGTCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTg < 5:73690/127‑1 (MQ=255) ggTCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATg < 6:223246/131‑1 (MQ=255) ggTCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATg > 5:223246/1‑131 (MQ=255) tCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGt > 6:258130/1‑118 (MQ=255) tCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGt < 5:258130/118‑1 (MQ=255) tCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACAGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCggg > 8:300772/1‑148 (MQ=255) gCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAaga < 7:146774/149‑1 (MQ=255) aTGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGAc < 4:222161/149‑1 (MQ=255) aTGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGGCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGTCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGAc < 3:4945/149‑1 (MQ=255) gtcgtcGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGccc < 1:182717/92‑1 (MQ=255) gtcgtcGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGccc > 2:182717/1‑92 (MQ=255) tcgtcgATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCTCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCgg > 5:325645/1‑123 (MQ=255) tcgtcgATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCTCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCgg < 6:325645/123‑1 (MQ=255) tcgtcgATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACctgctg < 6:30807/149‑1 (MQ=255) tcgtcgATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACctgct < 6:157344/148‑1 (MQ=255) ttGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGcc < 1:105687/149‑1 (MQ=255) gTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCg < 7:146080/148‑1 (MQ=255) gTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCg < 5:162702/148‑1 (MQ=255) gggACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCa < 5:18713/148‑1 (MQ=255) gggACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCAt < 5:157851/149‑1 (MQ=255) gACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCg > 5:246124/1‑143 (MQ=255) gACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCg < 6:246124/143‑1 (MQ=255) tggtgATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTacctg > 1:31728/1‑148 (MQ=255) gtgATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCTGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTacctgaa < 1:304418/148‑1 (MQ=255) gtgATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTacctgaa > 6:319671/1‑148 (MQ=255) tgATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTac < 8:177571/142‑1 (MQ=255) tgATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTac > 7:177571/1‑142 (MQ=255) gcgcCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGAc < 7:218853/148‑1 (MQ=255) cAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCaa > 4:60889/1‑149 (MQ=255) ttCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTacctgaa > 6:211551/1‑131 (MQ=255) ttCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTacctgaa < 5:211551/131‑1 (MQ=255) tCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAGTg > 7:176953/1‑149 (MQ=255) cAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAg < 7:300772/146‑1 (MQ=255) cACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAGTGGCACGCTGCa > 5:331012/1‑149 (MQ=255) cGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCCAAAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAGTGGCACGCTGCATc > 1:67433/1‑149 (MQ=255) cGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAGTGGCACGCTGCATCg < 3:60889/149‑1 (MQ=255) gCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAGTGGCACGCTGCATCGa < 5:319671/149‑1 (MQ=255) cttcgtcctGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAGTGGCACGCTGCATCGACAGCCTgg > 5:285486/1‑149 (MQ=255) cgtcgtcctGGCGGCTGCGGGTAGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAGTGGCACGCTGCATCGACAGCCTgg < 8:221973/147‑1 (MQ=255) tGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAGTGGCACGCTGCATCGACAGCCTGGGCATCGGc > 6:123634/1‑149 (MQ=255) ggcggcggGTTGCTCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAGTGGCACGCTGCATc > 3:142396/1‑127 (MQ=255) ggcggcggGTTGCTCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAGTGGCACGCTGCATc < 4:142396/127‑1 (MQ=255) ccGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAGTGGCACGCTGCATCGACAGCCTGGGCATCGGCTTCATGTTCGCGCAAAg > 8:248874/1‑149 (MQ=255) | TGCGGTGTCGGTGATGCGTGAGCTGGCCGAAAAGGTCGAGCTGCAAAGCCTCGATGGTGTCGTCGATATTGTCGGGACCGGTGGTGATGGCGCCAACATCTTCAACGTGTCCACCGCTTCGTCCTTCGTCCTGGCGGCGGCGGGTTGCCCGGTGGCC‑AAGCATGGTAACCGCGCAGTCTCGGGCAAGAGCGGCAGTGCCGACCTGCTGGAAGCTGCCGGCATCTACCTGAACCTGACGCCAACTCAAGTGGCACGCTGCATCGACAGCCTGGGCATCGGCTTCATGTTCGCGCAAAG > NC_002947/510151‑510447 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |