Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,884,762 | T→A | 6.9% | D126V (GAT→GTT) | PP_5159 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,884,762 | 0 | T | A | 6.9% | 171.8 / 2.7 | 58 | D126V (GAT→GTT) | PP_5159 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/27); new base A (2/2); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
CCACCAGGCAACCGGCCACTGGCTCGACATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAGGTAC‑‑TGGTCGCAGGCCTCGGCCTGCC > NC_002947/5884616‑5884906 | ccaccaGGCAACCGGCCACTGGCTCGACATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATcc < 6:5704/149‑1 (MQ=255) caccaGGCAACCGGCCACTGGCTCGACATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATc > 1:86240/1‑147 (MQ=255) accaGGCAACCGGCCACTGGCTCGACATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATcc > 8:213587/1‑147 (MQ=255) accaGGCAACCGGCCACTGGCTCGACATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATcc < 7:213587/147‑1 (MQ=255) aCCGGCCACTGGCTCGACATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGc < 4:135808/149‑1 (MQ=255) cGGCCACTGGCTCGACATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGc < 4:260379/143‑1 (MQ=255) cGGCCACTGGCTCGACATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGc > 3:260379/1‑143 (MQ=255) cACTGGCTCGACATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGa < 2:310967/149‑1 (MQ=255) cTGGCTCGACATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAAt < 5:163998/149‑1 (MQ=255) ggCTCGACATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTTAAGCACCGCAGAGACGTTCCGGCGGAAATGGGGGGGCATAAGATCAAGGTGGCGGGGATAGAAttg > 1:269288/1‑147 (MQ=255) gCTCGACATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGAACCAGGTGCCGGCGATAGAATGcc > 7:2256/1‑149 (MQ=255) aCATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCgg > 8:41046/1‑149 (MQ=255) cATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGt < 3:273467/149‑1 (MQ=255) gTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGAt < 2:86240/149‑1 (MQ=255) tGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAATACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATa > 1:250881/1‑149 (MQ=255) tCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAg > 1:15391/1‑149 (MQ=255) gACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAggg > 6:291214/1‑149 (MQ=255) gACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGAACCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAgg < 8:2256/148‑1 (MQ=255) cAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGAACCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATAc > 6:302508/1‑133 (MQ=255) cAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGAACCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATAc < 5:302508/133‑1 (MQ=255) aGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAg < 6:33708/134‑1 (MQ=255) aGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAg > 5:33708/1‑134 (MQ=255) aaCATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGaa < 8:122533/149‑1 (MQ=255) aCATGCGCAACTGTCCACCGTCATGCTGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCCCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGaa < 2:269288/148‑1 (MQ=255) cgcAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTc < 7:223064/149‑1 (MQ=255) ccACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAg < 2:15391/149‑1 (MQ=255) ccGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGc < 1:120851/116‑1 (MQ=255) ccGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGc > 2:120851/1‑116 (MQ=255) gTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGaaaa < 4:164821/149‑1 (MQ=255) ggTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTg > 2:172895/1‑149 (MQ=255) cAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCAt < 1:303314/111‑1 (MQ=255) cAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCAt > 2:303314/1‑111 (MQ=255) cAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGAt > 8:204549/1‑149 (MQ=255) aGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGAtt < 7:204549/149‑1 (MQ=255) ttCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTgg < 7:263866/87‑1 (MQ=255) ttCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTgg > 8:263866/1‑87 (MQ=255) ttGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTcc < 4:228779/114‑1 (MQ=255) ttGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTcc > 3:228779/1‑114 (MQ=255) aGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAg > 4:128728/1‑86 (MQ=255) aGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAg < 3:128728/86‑1 (MQ=255) gTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCt > 5:271272/1‑149 (MQ=255) aaGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAgg < 6:50102/115‑1 (MQ=255) aaGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAgg > 5:50102/1‑115 (MQ=255) gccgAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGgc > 2:308264/1‑149 (MQ=255) ccgAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGgcc < 2:250881/149‑1 (MQ=255) cgAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCGAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGgccg > 4:198845/1‑149 (MQ=255) cATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTACCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAgg > 7:167219/1‑148 (MQ=255) cgcCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAGGTAC‑‑t < 7:41046/148‑1 (MQ=255) aTCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAGGTAC‑‑TGGTCGCAg < 4:298897/148‑1 (MQ=255) gtcgCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAGGTAC‑‑TGGTCGCAGGCCt > 3:46551/1‑149 (MQ=255) gtcgCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAGGTAC‑‑TGGTCGCAGGCCt > 1:292710/1‑149 (MQ=255) tcgCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAGGTACAAGGGTCGCAGGc > 1:272491/1‑148 (MQ=255) cgAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAGGTAC‑‑TGGTCGCAGGCCTCGGc < 2:292710/149‑1 (MQ=255) cgAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAGGTAC‑‑TGGTCGCAGGCCTCGGc > 6:200225/1‑149 (MQ=255) cgAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAGGTAC‑‑TGGTCGCAGGCCTCGGc > 6:195585/1‑149 (MQ=255) cgAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAGGTAC‑‑TGGTCGCAGGCCTCGGc < 5:291214/149‑1 (MQ=255) aaCGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCAAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAGGTAC‑‑TGGTCGCAGGCCTCGGCCTGc > 5:89392/1‑149 (MQ=255) aCGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAGGTAC‑‑TGGTCGCAGGCCTCGGCCTGcc < 4:2089/149‑1 (MQ=255) | CCACCAGGCAACCGGCCACTGGCTCGACATCGTGCTCGACACCGTCGGCCAGGAACATGCGCAACTGGCCACCGTCATGCGGTTGCCAGCCTTCATTGAGGTAAAGCACCGCCGAGACCATGCGCCGGTCATCGTCGCGAAAACGATCCAGGTGCCGGCGATAGAATGCCCCCGGTGGATACAGGGCAAAGTGGCATTCGAAGTCTTCCAGGCCCAGGAAAAGGCCTTGGTTGATTGCCAGGCGCAGCTGATCCATGGCCGCCAGGTAC‑‑TGGTCGCAGGCCTCGGCCTGCC > NC_002947/5884616‑5884906 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |