Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 515,825 | C→G | 5.8% | M107I (ATG→ATC) ‡ | hinT ← | aminoacyl‑adenylate hydrolase/purine nucleoside phosphoramidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 515,825 | 0 | C | G | 5.8% | 224.2 / 3.2 | 69 | M107I (ATG→ATC) ‡ | hinT | aminoacyl‑adenylate hydrolase/purine nucleoside phosphoramidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/33); new base G (2/2); total (34/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.72e-01 |
GGTATCGGCCTGCAGCAACAAGCGGTCGAGCGGCGAGTAGTGACGTTCGGTAGCCATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTGGGCGGTGAACAGGATGTGGCCAGCC > NC_002947/515685‑515969 | ggTATCGGCCTGCAGCAACAAGCGGTCGAGCGGCGAGTAGTGACGTTCGGTAGCCATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGgcg < 4:135385/149‑1 (MQ=255) tCGGCCTGCAGCAACAAGCGGTCGAGCGGCGAGTAGTGACGTTCGGTAGCCATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGATGAACTGgcctccg < 7:7005/149‑6 (MQ=255) gCCAGCAGCAACAAGCGGTCGAGCGGCGAGTAGAGACGTTCGGTAGCCATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGcc > 6:207215/1‑148 (MQ=255) cTGCAGCAACAAGCGGTCGAGCGGCGAGTAGTGACGTTCGGTAGCCATCGGGCACCTCAGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAg > 2:200442/1‑149 (MQ=255) tGCAGCAACAAGCGGTCGAGCGGCGAGTAGTGACGTTCGGTAGCCATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAg > 5:222373/1‑148 (MQ=255) cagcaACAAGCGGTCGAGCGGCGAGTAGTGACGTTCGGTAGCCATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGATGAACTGgc < 8:205133/136‑1 (MQ=255) cagcaACAAGCGGTCGAGCGGCGAGTAGTGACGTTCGGTAGCCATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGATGAACTGgc > 7:205133/1‑136 (MQ=255) agcaACAAGCGGTCGAGCGGCGAGTAGTGACGTTCGGTAGCCATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACg < 8:254805/149‑1 (MQ=255) caacaaGCGGTCGAGCGGCGAGTAGTGACGTTCGGTAGCCATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTg > 1:126381/1‑149 (MQ=255) 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8:188703/113‑1 (MQ=255) ccATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGt > 6:152459/1‑132 (MQ=255) ccATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGt < 5:152459/132‑1 (MQ=255) ccATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGt > 5:254061/1‑149 (MQ=255) cATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGgcc < 6:286041/137‑1 (MQ=255) cATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGgcc > 5:286041/1‑137 (MQ=255) aTCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTg < 5:207215/149‑1 (MQ=255) ggCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGcc < 6:230168/96‑1 (MQ=255) ggCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGcc > 5:230168/1‑96 (MQ=255) ccTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATTTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCAt < 7:101541/149‑1 (MQ=255) cTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCAt > 4:302827/1‑148 (MQ=255) cTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATg > 2:198277/1‑149 (MQ=255) cTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATg < 1:176834/149‑1 (MQ=255) cGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTAAGCCCGTAGGCCAGTTCATCTGGGGCTGGCCATGCACTTGCATATGGTTGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGAc < 1:8701/148‑1 (MQ=255) gCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACca > 2:282587/1‑149 (MQ=255) cAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGATTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGATGGCCCAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACca > 7:178548/1‑148 (MQ=255) aaGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACcaca > 4:269497/1‑149 (MQ=255) aaGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACcaca > 6:127492/1‑149 (MQ=255) 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gACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTcc < 5:107399/149‑1 (MQ=255) aCAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCt > 4:295363/1‑149 (MQ=255) tttACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTgg < 2:177519/102‑1 (MQ=255) tttACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTgg > 1:177519/1‑102 (MQ=255) tttACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCg > 5:20891/1‑147 (MQ=255) aCCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGACAAGCTCGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGc < 5:99681/148‑1 (MQ=255) 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gcggGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGc < 1:239257/149‑1 (MQ=255) tCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCATACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGgcg > 5:60561/1‑149 (MQ=255) ccGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTGGGc < 3:302827/148‑1 (MQ=255) ccGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTGGGc < 1:198277/148‑1 (MQ=255) gTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTGGGCGGt < 3:295363/149‑1 (MQ=255) gTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTGGGCGGt > 3:288230/1‑149 (MQ=255) gTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTGGGCGGt < 3:269497/149‑1 (MQ=255) ggTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTGGGCGGTGaa < 1:8380/149‑1 (MQ=255) gTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTggg < 8:88797/141‑1 (MQ=255) gTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTggg > 7:88797/1‑141 (MQ=255) cGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTGGGCGGTGAACa > 2:115486/1‑143 (MQ=255) cGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTGGGCGGTGAACa < 1:115486/143‑1 (MQ=255) gcgCCAGATGAACTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTGGGCGGTGAACAGGATGTGgc > 1:77363/3‑149 (MQ=255) gCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTGGGCGGTGAACAGGATGTGgc > 3:205890/1‑147 (MQ=255) aGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTGGGCGGTGAACAGGATGTGgccagcc < 4:288230/149‑1 (MQ=255) | GGTATCGGCCTGCAGCAACAAGCGGTCGAGCGGCGAGTAGTGACGTTCGGTAGCCATCGGGCACCTCCGCAAGAATGTGCCCGACAGTTTACCGCAATAGCGGCGGGGTCGCTTGCCGTGGGTCAGCCCGGAGGCCAGTTCATCTGGCGCTGGCCAAGCACGTGCATATGGATGTGGTAGACGGTCTGGCCGCCTTTGGGGTTGCAGTTCATGACCACACGGAAACCTTCCTCGCAGCCTTGTTCGACAGCCAGGCGCTGGGCGGTGAACAGGATGTGGCCAGCC > NC_002947/515685‑515969 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |