Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,051,669 | C→G | 12.0% | intergenic (+18/‑39) | ridA → / → PP_5304 | aminoacrylate/iminopropionate hydrolase/deaminase/lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,051,669 | 0 | C | G | 12.0% | 135.3 / 10.6 | 50 | intergenic (+18/‑39) | ridA/PP_5304 | aminoacrylate/iminopropionate hydrolase/deaminase/lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/25); new base G (2/4); total (21/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.39e-01 |
ACTTCGCCAAGGTAAACGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCAGGAAGCCATCA > NC_002947/6051521‑6051813 | aCTTCGCCAAGGTAAACGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGccc > 3:88301/1‑149 (MQ=255) cTTCGCCAAGGTAAACGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCt > 1:323841/1‑149 (MQ=255) gCCAAGGTAAACGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGccc > 3:142307/1‑149 (MQ=255) gCCAAGATAAACGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGccc > 6:279573/1‑149 (MQ=255) ggTAAACGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCGGGTGACGGGCAGGGCCCGTCAc < 6:309017/149‑1 (MQ=255) gTAAACGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCAcc < 1:147420/149‑1 (MQ=255) tAAACGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCAGGGCCCGTCAcca < 5:277005/149‑2 (MQ=255) aaCGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCAGGGCCCGTCAccag < 2:3688/148‑3 (MQ=255) aCGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCTGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGACCAGGTCGAAATGGCCGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACTGGCCCTGCCCGTCACcctcc < 6:13940/149‑1 (MQ=255) gAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATAGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCtcctt > 8:285798/1‑149 (MQ=255) aTGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCTTCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCctct < 5:279573/148‑1 (MQ=255) ggCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGTTGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCaa < 4:205334/149‑1 (MQ=255) gCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAg < 1:124941/149‑1 (MQ=255) gAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTTCAAGGTTACCCCGt < 3:89974/148‑1 (MQ=255) aaCAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACTCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCa < 2:323841/149‑1 (MQ=255) aCAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCAt < 4:142307/149‑1 (MQ=255) ccTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCCCCCTCCTTCCTCTGCAACTGAACCCCGTCATGCGt > 6:226420/1‑148 (MQ=255) tACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGc < 7:87705/144‑1 (MQ=255) tACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGc > 8:87705/1‑144 (MQ=255) cGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTCCCCCGTCATGCGTCAAGCAc > 7:91079/1‑149 (MQ=255) cGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCAc < 7:59165/149‑1 (MQ=255) ccGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGcc > 5:28746/1‑149 (MQ=255) gCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCt < 7:285798/148‑1 (MQ=255) cACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTAGCAGCCCTGCTAc < 5:295720/149‑1 (MQ=255) tGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCAt > 6:97821/1‑108 (MQ=255) tGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCAt < 5:97821/108‑1 (MQ=255) ccGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGggc < 4:88301/149‑1 (MQ=255) ccGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGggc > 1:99220/1‑149 (MQ=255) atggCGTCCATTTCGACCTGGGCGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCt > 2:85466/3‑149 (MQ=255) tggCGTCCATTTCGACCTGGGCGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTg < 1:85466/148‑1 (MQ=255) ggCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGc < 8:91079/149‑1 (MQ=255) cccAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGggcgg < 7:146233/141‑1 (MQ=255) cccAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGCTCATCGAATGATGCCCTGGTGAAGGGCCCTGCCCCTCACCCTCCTTCCTCTGCAACGTTACACCGTCATGCGTCAAGAACTGCCCTACGCGCTCGCAGCCATTCTACTGcgcgg > 8:146233/1‑141 (MQ=255) ccAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAg < 8:175637/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAg > 7:175637/1‑149 (MQ=255) aaaTGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAAc > 5:254725/1‑149 (MQ=255) ccATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGAtt < 7:299094/149‑1 (MQ=255) cATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGAttt > 1:105851/1‑149 (MQ=255) gagggTGACGGGCAGGGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAAc < 6:165328/128‑1 (MQ=255) gagggTGACGGGCAGGGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAAc > 5:165328/4‑131 (MQ=255) cTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGAt > 4:239087/1‑124 (MQ=255) cTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGAt < 3:239087/124‑1 (MQ=255) tGGTGACGTGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGGACCAGCCACAAAACCGAAGTTTTCAACGGCATCTGGATCAACCa < 1:274934/146‑1 (MQ=255) gTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCATCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCAGGAAg > 7:225406/1‑149 (MQ=255) gTGACGGGCAGGGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTCCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGAGTTCAACGGCATCTGGATCAACCAGGaac > 7:225909/1‑148 (MQ=255) tGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCAGGAAGc < 5:221806/149‑1 (MQ=255) cGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCAGGAAGCCAt < 2:105851/149‑1 (MQ=255) gggCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCa > 7:273045/1‑139 (MQ=255) gggCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCa < 8:273045/139‑1 (MQ=255) gggCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCAGGAAGCCAt > 8:93255/1‑148 (MQ=255) ggCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCAGGAAGCCATCa < 2:99220/149‑1 (MQ=255) cTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGAt < 1:139281/128‑1 (MQ=255) cTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGAt > 2:139281/1‑128 (MQ=255) | ACTTCGCCAAGGTAAACGAGGTGATGGGCCGCTACTTCGAACAGCCCTACCCGGCCCGCGCCGCCATCGGCGTTGCCGCACTGCCGAAAGGCGCCCAGGTCGAAATGGACGCCATCCTGGTCATCGAATGATGCCCTGGTGACGGGCCCTGCCCGTCACCCTCCTTCCTCTGCAAGGTTACCCCGTCATGCGTCAAGCACTGCCCTTCGCGCTGGCAGCCCTGCTACTGGGCGGCTGCACCAGCCACAAACCCGAAGATTTCAACGGCATCTGGATCAACCAGGAAGCCATCA > NC_002947/6051521‑6051813 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |