Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 517,460 | G→C | 6.4% | L186V (CTG→GTG) | PP_0430 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 517,460 | 0 | G | C | 6.4% | 195.7 / 3.0 | 62 | L186V (CTG→GTG) | PP_0430 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/25); new base C (2/2); total (35/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 |
GCCGGACACCACGGGTGTGTGGATGATGTCGGCGGCATGGGCATCCAGCAGCATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGGCCGCCCGCGCCTGCGGCGACGGCGATAAGGCCATCGACACCGGCT > NC_002947/517314‑517608 | gCCGGACACCACGGGTGTGTGGATGATGTCGGCGGCATGGGCATCCAGCAGCATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGa > 7:254435/1‑149 (MQ=255) cacGGGTGTGTGGATGATGTCGGCGGCATGGGCATCCAGCAGCATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGc > 2:135136/1‑149 (MQ=255) gggTGTGTGGATGATGTCGGCGGCATGGCCATCCAGCAGCATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGt > 1:180716/1‑149 (MQ=255) tgtgtgGATGATGTCGGCGGCATGGGCATCCAGCAGCATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGt < 1:256629/149‑1 (MQ=255) tgGATGATGTCGGCGGCATGGGCATCCAGCAGCATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAAt < 6:114674/149‑1 (MQ=255) tgatgTCGGCGGCATGGGCATCCAGCAGCATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCaa < 5:209529/149‑1 (MQ=255) gatgTCGGCGGCATGGGCATCCAGCAGCATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAAc > 6:25394/1‑149 (MQ=255) tgTCGGCGGCATGGGCATCCAGCAGCATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCACGAAATCCTGGCCgc > 8:267563/1‑134 (MQ=255) tgTCGGCGGCATGGGCATCCAGCAGCATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCACGAAATCCTGGCCgc 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1:177259/102‑1 (MQ=255) agcagcATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAgg > 2:177259/1‑102 (MQ=255) agcagcATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTTATGCAACCAGCGAGCAGCAGGGTCTTGTc > 4:4691/1‑149 (MQ=255) agcagcATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTc > 4:253008/1‑149 (MQ=255) gcagcaTCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAgg < 3:220518/140‑1 (MQ=255) gcagcaTCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAgg > 4:220518/1‑140 (MQ=255) gcagcaTCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCg < 2:180716/149‑1 (MQ=255) agcaTCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCgaa < 8:254435/149‑1 (MQ=255) gcaTCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCg > 5:230296/1‑146 (MQ=255) gcaTCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCg > 7:271290/1‑146 (MQ=255) tCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAAc > 5:41777/1‑149 (MQ=255) tCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGAAGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTACGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAAc > 1:223536/1‑149 (MQ=255) tttGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAAc < 5:25394/145‑1 (MQ=255) gcgcCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTc > 5:11324/1‑149 (MQ=255) cccTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGc < 8:271290/149‑1 (MQ=255) tgtgGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGc < 1:135136/149‑1 (MQ=255) gtggtgGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCt > 4:279319/1‑149 (MQ=255) gtggtgGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTATGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAAccagcca < 8:65308/94‑1 (MQ=255) gtggtgGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTATGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAAccagcca > 7:65308/1‑94 (MQ=255) tggtggCGATGAAGCGCGTGCCCATGTAAGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTc > 1:18703/1‑149 (MQ=255) tggCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTcc < 5:178226/147‑1 (MQ=255) tggCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTcc > 6:178226/1‑147 (MQ=255) ggCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAgg > 5:167193/1‑149 (MQ=255) gAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCgg > 7:291742/1‑149 (MQ=255) gAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCg < 2:223536/148‑1 (MQ=255) tGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGgccg < 2:18703/149‑1 (MQ=255) gCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGgccgc > 3:135791/1‑149 (MQ=255) cccATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGgccgcc > 6:254883/1‑149 (MQ=255) ccATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGgccgc < 6:316660/147‑1 (MQ=255) ccATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGgccgc > 5:316660/1‑147 (MQ=255) ccATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCACGATTTCGTGGCCGTgg < 2:229049/56‑1 (MQ=255) ccATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCACGATTGCGTGGCCGTgg > 1:229049/1‑56 (MQ=255) tGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGgccgc < 4:206759/144‑1 (MQ=255) tGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGgccgc > 3:206759/1‑144 (MQ=255) aCGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGGCCGCCCGCGCCt > 6:139471/1‑149 (MQ=255) 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> 7:251502/1‑120 (MQ=255) ccAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCAt < 8:251502/120‑1 (MQ=255) agcagTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGGCCGCCCGCGCCTGCGGCGACGGCGATAAg < 3:279319/149‑1 (MQ=255) tgCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGGCCGCCCGCGCCTGCGGCGACGGCGATAAGGCCATCGa > 4:209198/1‑149 (MQ=255) cGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGGCCGCCCGCGCCTGCGGCGACGGCGATAAGGCCATCGaca < 4:135791/149‑1 (MQ=255) gtgcAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGGAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCAGCGGCCAGGGGGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGGCCGCCCGCGCCTGCGGCGACGGCGATAAGGCCATCGacac < 6:11324/146‑1 (MQ=255) ggCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGGCCGCCCGCGCCTGCGGCGACGGCGATAAGGCCATCGacac > 6:112774/1‑149 (MQ=255) gCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGGCCGCCCGCGCCTGCGGCGACGGCGATAAGGCCATCGACAcc > 6:209884/1‑149 (MQ=255) cAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGGCCGCCCGCGCCTGCGGCGACGGCGATAAGGcc > 7:91034/1‑138 (MQ=255) cAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGGCCGCCCGCGCCTGCGGCGACGGCGATAAGGcc < 8:91034/138‑1 (MQ=255) ggATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGGCCGCCCGCGCCTGCGGCGACGGCGATAAGGCCATCGACACCGGCt < 3:209198/149‑1 (MQ=255) ggATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGGCCGCCCGCGCCTGCGGCGACGGCGATAAGGCCATCGACACCGGCt > 8:57333/1‑149 (MQ=255) | GCCGGACACCACGGGTGTGTGGATGATGTCGGCGGCATGGGCATCCAGCAGCATCTGTTTGTAGGCGCCCTGAGCCTGGCTTTCTGTGGTGGCGATGAAGCGCGTGCCCATGTACGCCAGGTCCGCCCCCAGCAGTTGTGCGGCCAGGATTTCGTGGCCGTGGTTAATGCAACCAGCCAGCAGCAGGGTCTTGTCGAAGAACTGGCGAATTTCTGCGGCCAGGGCGAACGGGCTCCAGGTGCCGGCATGGCCGCCCGCGCCTGCGGCGACGGCGATAAGGCCATCGACACCGGCT > NC_002947/517314‑517608 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |