| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 541,440 | C→T | 10.2% | P1273L (CCG→CTG) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 541,440 | 0 | C | T | 10.2% | 213.6 / 11.7 | 80 | P1273L (CCG→CTG) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/32); new base T (6/2); total (44/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAA > NC_002947/541292‑541587 | cAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGcc < 7:88324/149‑1 (MQ=255) tGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCt < 1:256092/148‑1 (MQ=255) gTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTggg < 4:185027/149‑1 (MQ=255) tGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGggt > 4:32979/1‑149 (MQ=255) cTGTTCGCTGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGggtg < 6:304135/148‑1 (MQ=255) ttCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTa < 1:229674/148‑1 (MQ=255) gATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAgg < 6:48912/148‑1 (MQ=255) aTGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGgcg > 5:324805/1‑149 (MQ=255) 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cACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGt < 6:247682/149‑1 (MQ=255) aCGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTTCCCAGGAGCGGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTTGTCAGCGTTTCGGGGAGTTGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCTGCATACACCCTGCAAGTAATGCTCACAGTg < 8:12667/149‑1 (MQ=255) cgcgcgTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGT‑GGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGaa < 2:116533/149‑1 (MQ=255) gcgTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGt > 1:141749/1‑149 (MQ=255) ttCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTc > 6:307133/1‑136 (MQ=255) ttCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTc < 5:307133/136‑1 (MQ=255) tCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGga > 1:35567/1‑149 (MQ=255) cACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGgac < 7:7151/148‑1 (MQ=255) aCTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGgacga > 8:138373/1‑149 (MQ=255) cTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGga < 4:31439/145‑1 (MQ=255) cTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGga > 3:31439/1‑145 (MQ=255) ttCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGa > 8:95979/1‑90 (MQ=255) ttCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGa < 7:95979/90‑1 (MQ=255) cTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAAc < 2:153330/148‑1 (MQ=255) cTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACg > 2:161106/1‑149 (MQ=255) tACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACgg > 4:250235/1‑149 (MQ=255) aCAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGc > 7:188825/1‑149 (MQ=255) aCAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGc > 6:329950/1‑149 (MQ=255) ccTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGcgcg < 8:43943/94‑1 (MQ=255) ccTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGcgcg > 7:43943/1‑94 (MQ=255) cttaccaCCCAGCGGCTGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTGTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTa > 1:219660/7‑149 (MQ=255) cttaccaCCCAGCGGCTGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTAc > 3:63659/7‑149 (MQ=255) ttaccaCCCAGCGGCTGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTAc > 1:125754/6‑148 (MQ=255) ggTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGgac < 2:240417/130‑1 (MQ=255) ggTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGgac > 1:240417/1‑130 (MQ=255) ttACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAg < 7:138373/149‑1 (MQ=255) ccaCCCAGCGGCTGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGAGGAGGTCAA‑GGCCGTTCCCAgg > 1:2112/3‑148 (MQ=255) caCCCAGCGGCTGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGc < 7:125251/89‑1 (MQ=255) caCCCAGCGGCTGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGc > 8:125251/2‑90 (MQ=255) caCCCAGCGGCTGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCaa > 7:32595/2‑147 (MQ=255) caCCCAGCGGCTGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCaa < 8:32595/146‑1 (MQ=255) aCCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGAt > 6:175533/1‑149 (MQ=255) cccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAATAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTAGCAAGAt < 7:164989/148‑1 (MQ=255) ccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 4:301950/1‑148 (MQ=255) 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ccGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGaa > 2:284060/1‑149 (MQ=255) | CAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGT‑TCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAAGTGTGGGCGCTGGAAGCATACGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAGAA > NC_002947/541292‑541587 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |