Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 744,162 | C→T | 8.7% | G58G (GGG→GGA) | PP_0636 ← | cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 744,162 | 0 | C | T | 8.7% | 128.6 / 2.4 | 46 | G58G (GGG→GGA) | PP_0636 | cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/22); new base T (2/2); total (22/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCAAAAGTGAAAATGGTGTCGAAACCACGTGCCTTCGAATCTCTTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAGGCATGAAGCTGCGCACGACGCCTGAGGTGA > NC_002947/744016‑744304 | ccAAAAGTGAAAATGGTGTCGAAACCACGTGCCTTCGAATCTCTTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGc < 3:257921/147‑1 (MQ=255) cAAAAGTGAAAATGGTGTCGAAACCACGTGCCTTCGAATCTCTTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCt > 8:78780/1‑149 (MQ=255) aaGTGAAAATGGTGTCGAAACCACGTGCCTTCGAATCTCTTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCtt < 4:283727/147‑1 (MQ=255) aaGTGAAAATGGTGTCGAAACCACGTGCCTTCGAATCTCTTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCtt > 3:283727/1‑147 (MQ=255) gTGAAAATGGTGTCGAAACCACGTGCCTTCGAATCTCTTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCaaa < 6:176076/149‑1 (MQ=255) aaaaTGGTGTCGAAACCACGTGCCTTCGAATCTCTTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGc < 1:135420/149‑1 (MQ=255) tGGTGTCGAAACCACGTGCCTTCGAATCTCTTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTact > 4:51368/1‑149 (MQ=255) gAAACCACGTGCCTTCGAATCTCTTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCTCTCCCCTGGTTTTCCCTTCACTGCTCTTTATCCTTTCTGACCCGGCTGTCATTCAAATGCTActgcctgca > 4:247132/1‑148 (MQ=255) gAAACCACGTGCCTTCGAATCTCTTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGcc > 7:73568/1‑149 (MQ=255) gAAACCACGTGCCTTCGAATCTCTTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCACCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGTCCTTCAAATGCTACTGACTGc > 4:251414/1‑148 (MQ=255) ccACGTGCCTTCGAATCTCTTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATc < 3:51368/149‑1 (MQ=255) tctTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGctct > 3:244791/1‑142 (MQ=255) tctTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGctct < 4:244791/142‑1 (MQ=255) ctTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGctc > 7:163898/1‑140 (MQ=255) ctTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGctc < 8:163898/140‑1 (MQ=255) aTTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGa > 5:156248/1‑149 (MQ=255) aGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGt > 7:142939/1‑149 (MQ=255) gTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACaaaa < 7:253907/136‑1 (MQ=255) gTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACaaaa > 8:253907/1‑136 (MQ=255) ccTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTc > 1:186342/1‑71 (MQ=255) ccTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTc < 2:186342/71‑1 (MQ=255) aGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCtt < 6:58066/149‑1 (MQ=255) gCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTgg < 7:78780/149‑1 (MQ=255) cGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGa < 4:76463/149‑1 (MQ=255) ggCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAg < 2:20107/149‑1 (MQ=255) ggCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAg < 8:142939/149‑1 (MQ=255) tCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCaaa > 8:286903/1‑149 (MQ=255) cccTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAAcc > 8:285891/1‑149 (MQ=255) cTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAAcccc < 7:285891/149‑1 (MQ=255) ttGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGAtgt > 2:50827/1‑97 (MQ=255) ttGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGAtgt < 1:50827/97‑1 (MQ=255) aCCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCTTATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTTGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAAccc < 8:20341/140‑1 (MQ=255) aCCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAgg > 2:55568/1‑149 (MQ=255) cTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAGGCa > 1:256581/1‑149 (MQ=255) cTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAGGCa < 6:156248/149‑1 (MQ=255) cTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAGGCa > 5:269829/1‑149 (MQ=255) gCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAGGCATGAAGCt > 7:172450/1‑149 (MQ=255) ctctGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAGGCa > 7:280899/1‑141 (MQ=255) ctctGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAGGCa < 8:280899/141‑1 (MQ=255) tGTATCCTTTCGGACCCGGCTGTCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACCGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAGGCATGAAGCTgcgc < 3:247132/149‑1 (MQ=255) tGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCa < 5:54543/134‑1 (MQ=255) tGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCa > 6:54543/1‑134 (MQ=255) tGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAGGCATGAAGCTgcg > 4:264611/1‑148 (MQ=255) tATCCTTTCGGACCCGGCTGTCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAGGCATGAAGCTgcgc < 3:251414/147‑1 (MQ=255) tATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCGTTGGTTGAAGCCAAACGCGTTCTCAGGTATGAAGCTgggc < 8:73568/147‑1 (MQ=255) tCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAGGCATGAAGCTGCGCACGACGc < 1:55568/147‑1 (MQ=255) cGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAGGCATGAAGCTGCGCACGACGCCtgaggtga < 6:269829/149‑1 (MQ=255) | CCAAAAGTGAAAATGGTGTCGAAACCACGTGCCTTCGAATCTCTTGTCCATATGAAATGATTCGGAGACTCGTAGGCGTAGCCTGGAGGCGGTGGGCGCTCCCCTGGTTTGACCTTCACTGCTCTGTATCCTTTCGGACCCGGCTGCCCTTCAAATGCTACTGACTGCCCATCGAACAGCTCTCCTCCCTCTACGTTTTTGATGTGGACAAAATAGCTGCGTCCATCATCTCCTTGGATGAAGCCAAACCCCTTCTCAGGCATGAAGCTGCGCACGACGCCTGAGGTGA > NC_002947/744016‑744304 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |