| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 766,621 | T→G | 9.0% | V38G (GTG→GGG) | metB → | cystathionine gamma‑synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 766,621 | 0 | T | G | 9.0% | 165.6 / 4.9 | 55 | V38G (GTG→GGG) | metB | cystathionine gamma‑synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/26); new base G (3/2); total (27/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TCGGTGTACACAACTCAGCTGGGCGGGAACCGG‑ATATGAACAACAACGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGTCGCCACGCTGGAAGCAAAACTGGCCGAGCTGGAG > NC_002947/766474‑766757 | tgggTGTTCACTACTCAGCTGGGCGGGAACCGG‑ATATGAACAACAACGAAAATTTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGGGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTAGAACGCCACGCAGACCCCGATCGTg < 2:324179/147‑1 (MQ=255) gctgttACACAACTCACCTGTGCTGTAACCGT‑ATATCAACAACTCCTAAAACTTCGTGGGGACTGCTGGGGCCGGTGTGGGGTCGCGGGTCGTGGGGAGCCGGGAGCACGCACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGCTCGTg < 6:7241/143‑1 (MQ=255) acaACTCAGCTGGGCGGGAACCGGAATATGAACAACAACGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAgcgc > 7:200487/1‑149 (MQ=255) aaCTCAGCTGGGCGGGAACCGG‑ATATGAACAACAACGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGTTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGcgccgc < 1:220162/149‑1 (MQ=255) aGCTTGGCGTGAACCGG‑ATATGAACAACAACGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGTGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTAt < 3:133797/148‑1 (MQ=255) ggCGGGAACCGG‑ATATGAACAACAACGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTa > 6:169782/1‑148 (MQ=255) gAACCGG‑ATATGAACAACAACGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGa < 6:140585/149‑1 (MQ=255) ccGG‑ATATGAACAACAACGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACAt > 4:235212/1‑149 (MQ=255) cGG‑ATATGAACAACAACGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTg > 2:138246/1‑119 (MQ=255) cGG‑ATATGAACAACAACGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTg < 1:138246/119‑1 (MQ=255) gAACAACAACGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATg < 2:213645/146‑1 (MQ=255) gAACAACAACGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATg > 1:213645/1‑146 (MQ=255) aacaacaacGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTg > 2:279535/1‑149 (MQ=255) caacaacGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGt < 1:279535/149‑1 (MQ=255) gAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGt > 2:266248/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) ggggAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGt < 1:320946/149‑1 (MQ=255) gCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGc < 1:118984/127‑1 (MQ=255) gCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGc > 2:118984/1‑127 (MQ=255) ggTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGa < 1:85164/128‑1 (MQ=255) ggTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGa > 2:85164/1‑128 (MQ=255) aGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGTCGCCACGCTgg > 6:122037/1‑147 (MQ=255) ccGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAg < 3:129515/84‑1 (MQ=255) ccGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAg > 4:129515/1‑84 (MQ=255) cAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAg > 6:164933/1‑105 (MQ=255) cAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAg < 5:164933/105‑1 (MQ=255) aaCGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGTCGCCACGCTGGAAGCAAAACTGGc < 5:122037/149‑1 (MQ=255) gCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCg > 1:45691/1‑87 (MQ=255) gCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCg < 2:45691/87‑1 (MQ=255) ccACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGTCGCCACGCTGGAAGCAAAACTGGCCGAg > 5:250054/1‑149 (MQ=255) cACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGTCGCCACGCTGGAAGCAAAACTGGCCGAGc > 3:89083/1‑149 (MQ=255) gcGCTGACCACGATCGGGGTCTGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGTCGCCACGCTGGaa > 6:213373/2‑132 (MQ=255) gcGCTGACCACGATCGGGGTCTGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGTCGCCACGCTGGaa < 5:213373/131‑1 (MQ=255) cGCTGACCACGATCGGGGTCTGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGTCGCCACGCt < 7:206372/127‑1 (MQ=255) cGCTGACCACGATCGGGGTCTGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGTCGCCACGCt > 8:206372/1‑127 (MQ=255) cGCTGACCACGATCGGGGTCTGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGTCGCCACGCTGGAAGCAAAACTGGCCGAGCTg > 7:148877/1‑149 (MQ=255) aGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGTCGCCACGCTGGAAGCAAAACTGGCCGAGCTGGAg > 8:130295/1‑149 (MQ=255) aGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGTCGCCACGCTGGAAGCAAAACTGGCCGAGCTGGAg < 3:286862/149‑1 (MQ=255) aTCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCAt < 6:176931/92‑1 (MQ=255) aTCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCAt > 5:176931/1‑92 (MQ=255) | TCGGTGTACACAACTCAGCTGGGCGGGAACCGG‑ATATGAACAACAACGAAAAATTCGAGGGCAATGCTGCGGCCGGTGTGGGGACGCGGGTCGTGTGGAGCGGGGAGCAGGTACAGCACCCGTACAACGCCACGCAGACCCCGATCGTGGTCAGCGCCGCTTATGGCTACAACGACATCGATGCCTGGTACGACGTGGCGCAGGGCAAGCAGCCGGGCTTCATCTACAGCCGCATGAGCAACCCCACGGTCGCCACGCTGGAAGCAAAACTGGCCGAGCTGGAG > NC_002947/766474‑766757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |