Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,033,813 | T→A | 8.9% | F145I (TTC→ATC) | PP_0891 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,033,813 | 0 | T | A | 8.9% | 163.1 / 5.9 | 56 | F145I (TTC→ATC) | PP_0891 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/24); new base A (3/2); total (30/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 |
AGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAGCGCGGTGCTGATCTTCACTGCGCGCT > NC_002947/1033665‑1033960 | aGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTTACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCt < 8:200215/149‑1 (MQ=255) aaGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTc > 7:228757/1‑147 (MQ=255) aGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAg > 1:13006/1‑149 (MQ=255) acaGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAgg‑tgg > 3:266754/1‑149 (MQ=255) acaGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCACCTGGAAGCGCCGCGCATCCAgg‑cgg < 2:188976/149‑1 (MQ=255) ccTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTg < 6:294904/149‑1 (MQ=255) cTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGa < 6:44840/149‑1 (MQ=255) cAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGcc < 2:257927/149‑1 (MQ=255) cAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGCATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGGGACCCTAGCGcc > 6:164493/1‑149 (MQ=255) cGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTg < 5:155230/149‑1 (MQ=255) cGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTg < 3:113639/149‑1 (MQ=255) gATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTgg > 6:277764/1‑149 (MQ=255) aTCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGt > 5:86181/1‑149 (MQ=255) aTGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGtgctg < 5:277764/149‑1 (MQ=255) cTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTg > 2:263383/1‑138 (MQ=255) cTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTg < 1:263383/138‑1 (MQ=255) aCGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGAt > 8:66250/1‑149 (MQ=255) gTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGAtttt < 2:98848/149‑1 (MQ=255) acaGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCt > 6:157161/1‑149 (MQ=255) tCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTtgctg > 6:81764/1‑149 (MQ=255) cTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCt < 8:228757/149‑1 (MQ=255) aCGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTgc < 6:86181/148‑1 (MQ=255) ccTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCg > 3:10778/1‑149 (MQ=255) gCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGc > 6:116314/1‑147 (MQ=255) ccAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTg > 4:261180/1‑148 (MQ=255) ccAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTCCGCCAGGTTg > 5:153585/1‑148 (MQ=255) cAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGTCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGaa < 7:66250/149‑1 (MQ=255) aGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAg < 4:266754/149‑1 (MQ=255) aGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAg > 4:121123/1‑149 (MQ=255) aGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAg > 6:91434/1‑149 (MQ=255) gCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCAACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGCCCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGACGTCCa > 5:194036/1‑149 (MQ=255) tACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAAccc > 5:210019/1‑149 (MQ=255) tACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAAccc > 8:46218/1‑149 (MQ=255) aTGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCg < 6:210019/149‑1 (MQ=255) cTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGTTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGaa < 4:300599/128‑1 (MQ=255) cTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGTTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGaa > 3:300599/1‑128 (MQ=255) ttGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCg < 5:116314/147‑1 (MQ=255) gCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGt > 5:316556/1‑147 (MQ=255) cTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAg < 5:91434/149‑1 (MQ=255) gCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAgcgc > 1:224998/1‑149 (MQ=255) ccACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAGcgcg < 5:81764/149‑1 (MQ=255) cACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAGCGCgg < 4:10778/149‑1 (MQ=255) cccGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAGCGCGGTg < 3:261180/149‑1 (MQ=255) ccaccTGGAAGCGCCGCGCATCCAGGCGGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAGCGCGGTg > 2:265211/4‑149 (MQ=255) ccGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCg > 7:130333/1‑79 (MQ=255) ccGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCg < 8:130333/79‑1 (MQ=255) ccGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAGCGCGGTGc > 2:143747/1‑149 (MQ=255) ccGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAGCGCGGTGc > 5:162541/1‑149 (MQ=255) gCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTTCTGCCGGGGCTGGACAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAGCGCGGTGCTg < 7:208839/149‑1 (MQ=255) gCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTg > 2:284819/1‑110 (MQ=255) gCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTg < 1:284819/110‑1 (MQ=255) gCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAGCGCGGTGCTg < 3:121123/149‑1 (MQ=255) ccTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTg > 2:80419/1‑109 (MQ=255) ccTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTg < 1:80419/109‑1 (MQ=255) ccTGGAAGCGCCGCGCATCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCaa > 7:274062/1‑120 (MQ=255) ccTGGAAGCGCCGCGCATCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCaa < 8:274062/120‑1 (MQ=255) cTGGAAGCGCCGCGCATCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAGCGCGGTGCTGAt > 7:139389/1‑149 (MQ=255) ttCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAGCGCGGTGCTGATCTTCCCTGCGCGCt > 1:308760/1‑148 (MQ=255) | AGTGAAGGCACAGATCGACCTGCAGCCGATCAATGACCTGGCCGACGGTGCACAGATCGAATTGCGCCTGCCGCTGACGGTCACCCTGCATGGCCAGTCGCACAGCTACAATGTCCTGTTGCTGGCCACCCGCCTGGATGCGCGGCGCTTCCAGG‑TGGTGACCCTTGAGCCTCTGGTGCTGCGCGCCGAAGATTTTGGCTTGCTGCCGGGGCTGGAAAGCCTGCGCAAGTTCGCCAGGTTGAAGTCCATCAACCCGTCGGTACCGGTTAGCGCGGTGCTGATCTTCACTGCGCGCT > NC_002947/1033665‑1033960 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |