Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,056,910 | G→C | 9.1% | L388V (CTC→GTC) | PP_0914 ← | GGDEF domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,056,910 | 0 | G | C | 9.1% | 130.6 / 5.4 | 44 | L388V (CTC→GTC) | PP_0914 | GGDEF domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/19); new base C (2/2); total (23/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.48e-01 |
TTCCAGTTCGCGACGGCGACGCATCTCGCTGTCGACGCTGGCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTC > NC_002947/1056764‑1057051 | ttccctttCCCGTCGGCGACGCATCTCGCTTTAGACGGTGGCGATATACTACTTGTATGGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAgg < 4:178922/142‑1 (MQ=255) tCCAGTTCGCGACGGCGACGCATCTCGCTGTCGACGCTGGCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAggg < 8:190073/148‑1 (MQ=255) ccAGTTCGCGACGGCGACGCATCTCGCTGTCGACGCTGGCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGt > 7:97333/1‑148 (MQ=255) cAGTTCGCGACGGCGACGCATCTCGCTGTCGACGCTGGCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTg < 7:4563/148‑1 (MQ=255) gacggcgacgCATCTCGCTGTCGACGCTGGCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATg > 6:111352/1‑149 (MQ=255) aTCTCGCTGTCGACGCTGGCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGc > 8:196459/1‑133 (MQ=255) aTCTCGCTGTCGACGCTGGCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGc < 7:196459/133‑1 (MQ=255) tCGACGCTGGCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTg > 7:226382/1‑149 (MQ=255) gACGCTGGCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCt > 2:286751/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGt < 8:13743/149‑1 (MQ=255) gCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTggtc > 3:147202/1‑149 (MQ=255) gCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTggtc < 1:286751/149‑1 (MQ=255) gCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTggtc < 7:16479/149‑1 (MQ=255) taGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTggtcgaggtc < 4:298293/149‑1 (MQ=255) aGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAagag > 7:67227/1‑100 (MQ=255) aGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAagag < 8:67227/100‑1 (MQ=255) aGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTggtcgaggtc > 1:148132/1‑148 (MQ=255) aaCTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGaa < 5:111352/149‑1 (MQ=255) ttGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGAt < 8:105307/92‑1 (MQ=255) ttGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGAt > 7:105307/1‑92 (MQ=255) cgcgAGCGGGACTTGTCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGTGGAAGAGGGTGATGCCGATGTTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGgtc > 6:168628/1‑149 (MQ=255) gCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGgtc < 1:212691/144‑1 (MQ=255) gCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGgtc > 2:212691/1‑144 (MQ=255) cGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGgtcgtc > 4:298646/1‑146 (MQ=255) cGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCaa < 2:148132/148‑1 (MQ=255) taTGGTCTGTTCGGCTTTCTTCAGCAGTTTTTCGTTTCTTTCACCTTCTTCGGGGAAGAGGGTTATGCAGATGTTAGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGATGTTTAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGt < 5:168628/147‑1 (MQ=255) aTGGTGTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTc < 7:271463/149‑1 (MQ=255) gTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGa < 4:301191/129‑1 (MQ=255) gTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGa > 3:301191/1‑129 (MQ=255) cagcagTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGgctgct > 6:28900/1‑149 (MQ=255) tttCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATAtt < 8:97333/148‑1 (MQ=255) tttCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTACAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTg > 7:216936/1‑149 (MQ=255) ggTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCt < 4:147202/149‑1 (MQ=255) gcatCACCCTCTTCCCCGAAGACGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTCCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTAc > 4:133730/4‑149 (MQ=255) gcatCACCCTCTTCCCCGAAGACGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTCCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTAc > 4:138614/4‑149 (MQ=255) gTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAggg > 8:33742/1‑126 (MQ=255) gTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAggg < 7:33742/126‑1 (MQ=255) gTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCt > 2:73423/1‑143 (MQ=255) gTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCt < 1:73423/143‑1 (MQ=255) gTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTAc > 7:26988/1‑147 (MQ=255) tCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGTTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCa < 1:241175/148‑1 (MQ=255) tCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTg > 2:256855/1‑143 (MQ=255) tCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTg < 1:256855/143‑1 (MQ=255) tCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAg > 4:211193/1‑149 (MQ=255) aCCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAggg > 1:91804/1‑149 (MQ=255) cTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAAc > 1:293100/1‑149 (MQ=255) ccgAAGACGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTCCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTc < 3:133730/147‑1 (MQ=255) ccgAAGACGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTCCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTc < 3:138614/147‑1 (MQ=255) | TTCCAGTTCGCGACGGCGACGCATCTCGCTGTCGACGCTGGCGATATAGAACTGGTAGCGGTTGCGCGAGCGGGCCTTGGCCAGGGTCATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTC > NC_002947/1056764‑1057051 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |