Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,056,999 | T→C | 8.0% | E358G (GAA→GGA) | PP_0914 ← | GGDEF domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,056,999 | 0 | T | C | 8.0% | 140.5 / 2.9 | 50 | E358G (GAA→GGA) | PP_0914 | GGDEF domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/21); new base C (2/2); total (27/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
ATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTGGGCGCGTAGTCGATCGGCCAGGGCCAGCAGCAACTGGTCACCGACCTGGTAGCTGA > NC_002947/1056852‑1057146 | aTGGTGTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTc < 7:271463/149‑1 (MQ=255) cagcagTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGgctgct > 6:28900/1‑149 (MQ=255) tttCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATAtt < 8:97333/148‑1 (MQ=255) tttCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTACAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTg > 7:216936/1‑149 (MQ=255) ggTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCt < 4:147202/149‑1 (MQ=255) gcatCACCCTCTTCCCCGAAGACGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTCCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTAc > 4:138614/4‑149 (MQ=255) gcatCACCCTCTTCCCCGAAGACGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTCCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTAc > 4:133730/4‑149 (MQ=255) gTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAggg > 8:33742/1‑126 (MQ=255) gTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAggg < 7:33742/126‑1 (MQ=255) 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> 2:256855/1‑143 (MQ=255) tCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAg > 4:211193/1‑149 (MQ=255) aCCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAggg > 1:91804/1‑149 (MQ=255) cTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAAc > 1:293100/1‑149 (MQ=255) ccgAAGACGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTCCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTc < 3:133730/147‑1 (MQ=255) ccgAAGACGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTCCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTc < 3:138614/147‑1 (MQ=255) gCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCATGGCGAACTg > 7:1122/1‑132 (MQ=255) gCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTg < 8:1122/132‑1 (MQ=255) cGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGcc < 2:293100/149‑1 (MQ=255) tGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCaga < 8:226382/149‑1 (MQ=255) tGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCaga < 5:28900/149‑1 (MQ=255) tCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAgcg < 3:298646/149‑1 (MQ=255) tCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAgcg > 1:49985/1‑149 (MQ=255) cAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAggc < 8:26988/149‑1 (MQ=255) cTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTgg < 7:24698/148‑1 (MQ=255) tCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAggg > 4:297250/1‑71 (MQ=255) tCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTGGgc > 1:9582/1‑149 (MQ=255) ggtcgaggtcgaACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGTTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTGGGcgcg > 2:195544/1‑148 (MQ=255) 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cgaACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGc > 3:264015/1‑73 (MQ=255) aaCGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCACGCGGCCGCTGTGGGCGCGTAGTCGATCggc > 4:97459/1‑149 (MQ=255) aCGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGTTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTGGGCGCGTAGTCGATCggcc < 1:195544/149‑1 (MQ=255) aCGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTGGGCGCGTAGTCGATCggc > 1:1519/1‑148 (MQ=255) ccAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTGGgcgc < 7:104795/126‑1 (MQ=255) ccAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTGGgcgc > 8:104795/1‑126 (MQ=255) gAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTgg < 7:60201/68‑1 (MQ=255) gAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTgg > 8:60201/1‑68 (MQ=255) gAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTGGGCGCGTAGTCGATCGGCCAGGGCCAGCAGCAACTGGTCa > 2:131539/1‑149 (MQ=255) tttGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTGGGCGCGTAGTCGATCGGCCAGGGCCAGCAGCAACTGGTCACCGAcc > 7:282806/1‑149 (MQ=255) tttGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTGGGCGCGTAGTCGATCGGCCAGGGCCAGCAGCAACTGGTCACCGAcc > 4:58976/1‑149 (MQ=255) gcgcCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTGGGCGCGTAGTCGATCGGCCAGGGCCAGCAGCAACTGGTCACCGACCTgg > 5:2459/1‑149 (MQ=255) ttCGGCAGCCTCCTAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTGGGCGCGTAGTCGATCGGCCAGGGCCAGCAGCAACTGGTCACCGACCTGGTAGCTGa < 8:216936/149‑1 (MQ=255) | ATGGTCTGTTCGGCTTTCTGCAGCAGTTTTTCGGTGCTGTCACCGTCTTCGGGGAAGAGGGTGATGCCGATGGTCGCGCGCAGGCGGATTTGCTCGTGGTCGAGGTCGAACGGTACTTCCAGGTCGTCAAGAATGCTTTGCGCCAGTTCGGCAGCCTCATAGGGCTGCTCGATATTGGCCTGTACCAGGGCGAACTGGTCGCCGCCCAGCCGCGCCAGAGCGCCCAGGCGGCCGCTGTGGGCGCGTAGTCGATCGGCCAGGGCCAGCAGCAACTGGTCACCGACCTGGTAGCTGA > NC_002947/1056852‑1057146 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |