Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,076,738 | G→C | 11.3% | Q39H (CAG→CAC) | mreC → | cell shape‑determining protein MreC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,076,738 | 0 | G | C | 11.3% | 115.0 / 6.0 | 44 | Q39H (CAG→CAC) | mreC | cell shape‑determining protein MreC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/21); new base C (2/3); total (20/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.45e-01 |
CTTCGCTGGGCGTTCGCCTGCTCGTTCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAGAAGCTGGCGGCCCTGACCGAGCAGAACGTGCGGCTGC > NC_002947/1076593‑1076880 | cTTCGCTGGGCGTTCGCCTGCTCGTTCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAg < 8:44694/146‑1 (MQ=255) cTTCGCTGGGCGTTCGCCTGCTCGTTCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAg > 7:44694/1‑146 (MQ=255) gTTCGCCTGCTCGTTCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAgg > 5:256424/1‑149 (MQ=255) ttCGCCTGCTCGTTCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGgt < 1:46270/149‑1 (MQ=255) ttCGCCGGCTCGTTCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGGTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAAGCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGgt < 7:2562/149‑1 (MQ=255) gCCTGCTCGTTCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGtgtg > 1:282371/1‑149 (MQ=255) gCCTGCTCGTTCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACACCTTGCCAGGCACGCtgtg > 6:311313/1‑149 (MQ=255) ccTGCTCGTTCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACACCTTGCCAGGCACGCTGTgg < 2:100103/149‑1 (MQ=255) ccTGCTCGTTCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACACCTTGCCAGGCACGCTGTgg < 5:311313/149‑1 (MQ=255) gCTCGTTCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTggccg < 6:41107/149‑1 (MQ=255) gTTCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTggccggc < 6:256424/147‑1 (MQ=255) ttCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGgtgt < 3:266865/139‑1 (MQ=255) ttCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGgtgt > 4:266865/1‑139 (MQ=255) tggtgATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCGTCGCTTCGACGTGCTCAAACCCTTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGCAGTCGTACTGGATAACCCATTTGCAACAGCGTGCATGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCg > 1:48854/1‑148 (MQ=255) ggtgATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTTTGGCCGGCCAGTTCggaa > 8:55390/1‑147 (MQ=255) gtgATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTa < 3:116138/148‑1 (MQ=255) tgATGGCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGc < 3:34892/149‑1 (MQ=255) gATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTggccgg > 4:160579/1‑135 (MQ=255) gATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTggccgg < 3:160579/135‑1 (MQ=255) tcggtcgCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGCGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCAc < 3:113490/149‑1 (MQ=255) cggtcgCGTTGTTGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGTTGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTTGATCACCGATTTGCCAGAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCAc < 2:48854/148‑1 (MQ=255) aTGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGc > 2:9439/1‑149 (MQ=255) tGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGcc < 3:115620/149‑1 (MQ=255) ggTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACACCTTGCCAGGCACGCTGTgg < 2:80725/113‑1 (MQ=255) ggTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGACCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACACCTTGCCAGGCACGCTGTgg > 1:80725/1‑113 (MQ=255) ccggg‑cggTTCGCCGTTCTCAAAACCGTGCGCAGCCAGAAGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTTGATCCCCGATTTGCCACAGCGTGCCTTGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACgag < 7:55390/145‑1 (MQ=255) cGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGAcc > 3:204798/1‑148 (MQ=255) tCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGcc > 1:287279/1‑149 (MQ=255) aaCCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCctg < 2:287279/149‑1 (MQ=255) aaCCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCctg < 6:168385/149‑1 (MQ=255) ccAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCACGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGgc < 1:9439/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGGCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAg > 1:262541/1‑148 (MQ=255) cTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAAAGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAGAAGCTggc > 5:200523/1‑149 (MQ=255) aGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAGAAGCTGGCGGCCCTg < 5:86308/149‑1 (MQ=255) gTCGTACTGGATCACCGATTTGCGACAGCGTGCCTTGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAGAAGCTGGCGGCCCTGa < 8:123246/149‑1 (MQ=255) gTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAGAAGCTGGCGGCCCTGACCg < 2:282371/149‑1 (MQ=255) tACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAGAAGCTGGCGGCCCTGAcc > 5:132010/1‑147 (MQ=255) gATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAGAAGCTGGCGGCCCTGACCGAGCAg > 1:132962/1‑148 (MQ=255) gATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTCCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAGAAGCTGGCGGCCCTGACCGAGCAg > 2:138613/1‑148 (MQ=255) ccGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAGAAGCTGGCGGCCCTGACCGAGCAGAACGTg > 6:281095/1‑149 (MQ=255) ccGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAGAAGCTGGCGGCCCTGACCGAGCAGAACGTg > 2:193251/1‑149 (MQ=255) ccACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAg < 6:181714/72‑1 (MQ=255) cacaGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGc > 7:144143/1‑85 (MQ=255) cacaGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGc < 8:144143/85‑1 (MQ=255) aGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAGAAGCTGGCGGCCCTGACCGAGCAGAACGTGCGGCTgc < 6:170054/144‑1 (MQ=255) aGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAGAAGCTGGCGGCCCTGACCGAGCAGAACGTGCGGCTgc > 5:170054/1‑144 (MQ=255) | CTTCGCTGGGCGTTCGCCTGCTCGTTCTGGTGGTGATGTCGGTCGCGTTGATGGTTGTCGACGCG‑CGCTTCGACGTGCTCAAACCCGTGCGCAGCCAGATGGGCCTGGTGCTGATGGAGTCGTACTGGATCACCGATTTGCCACAGCGTGCCTGGCAAGGTGTGGCCGGCCAGTTCGGTAGCCGCACCGAGCTGATTGCCGAAAACGAGAAGCTCAAGACCGAAGCCCTGCTGCTGCAGGGGCGCCTGCAGAAGCTGGCGGCCCTGACCGAGCAGAACGTGCGGCTGC > NC_002947/1076593‑1076880 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |