| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,098,126 | C→T | 6.0% | A151A (GCG→GCA) | kdsC ← | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,098,126 | 0 | C | T | 6.0% | 196.0 / 2.7 | 66 | A151A (GCG→GCA) | kdsC | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/35); new base T (2/2); total (29/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
CCAATGGCTACCAACAGGGCGGCTATCGCCCCCAGCAGCACAATGTTTCGGGCTTTCTTGCTGAGCATGGGCAGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGGGTGCCCTGGGCCTGCATGATCATTTCGCAGAATTCACGGGCCGCGCCTTCGCCGCCACGTGCCTGGGTCACGCCGTGGGCGTGCTGGCGTACGAACGGTGCGGCGTTGGCTACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAG > NC_002947/1097978‑1098273 | ccAATGGCTACCAACAGGGCGGCTATCGCCCCCAGCAGCACAATGTTTCGGGCTTTCTTGCTGAGCATGGGCAGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGGGTGCCCTGGGCCTGCATGATCATTTCGCAGAATTCACGGGcc < 4:291010/149‑1 (MQ=255) aTGGCTACCAACAGGGCGGCTATCGCCCCCAGCAGCACAATGTTTCGGGCTTTCTTGCTGAGCATGGGCGGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGGGTGCCCTGGGCCTGCATGATCATTTCGCAGAATTCACGGGCcgcg > 5:156933/1‑149 (MQ=255) aTGGCTACCAACAGGGCGGCTATCGCCCCCAGCAGCACAATGTTTCGGGCTTTCTTGCTGAGCATGGGCAGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGGGTGCCCTGGGCCTGCATGATCATTTCGCAGAATTCACGGGCcgcg > 8:175218/1‑149 (MQ=255) cAACAGGGCGGCTATCGCCCCCAGCAGCACAATGTTTCGGGCTTTCTTGCTGAGCATGGGCAGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGGGTGCCCTGGGCCTGCATGATCATTTCGCAGAATTCACGGGCCGCGCCTTcgcc > 2:274052/1‑149 (MQ=255) aCAGGGCGTCTATCGCCCCCAGCAGCTCAATGTTTCGGGCTTTCTTGCTGAGCATGGGCAGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGTGTGCCCTTGGCCTGCATGATCATTTCGCATAATTCACGGGCCGCGCCTTcgccgc < 2:25091/149‑1 (MQ=255) aCAGGGCGGCTATCGCCCCCAGCAGCACAATGTTTCGGGCTTTCTTGCTGAGCATGGGCAGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGGGTGCCCTGGGCCTGCATGATCATTTCGCAGAATTCACGGGCCGCGCCTTcgccgc > 7:214515/1‑149 (MQ=255) aCAGGGCGGCTATCGCCCCCAGCAGCACAATGTTTCGGGCTTTCTTGCTGAGCATGGGCAGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGGGTGCCCTGGGCCTGCATGATCATTTCGCAGAATTCACGGGCCGCGCCTTcgccgc < 7:175218/149‑1 (MQ=255) ggcggcTATCGCCCCCAGCAGCACAATGTTTCGGGCTTTCTTGCTGAGCATGGGCAGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGGGTGCCCTGGGCCTGCATGATCATTTCGCAGAATTCACGGGCCGCGCCTTcgc > 1:186554/1‑142 (MQ=255) 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tCGGGCTTTCTTGCTGAGCATGGGCAGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGGGTGCCCTGGGCCTGCATGATCATTTCGCAGAATTCACGGGCCGCGCCTTCGCCGCCACGTGCCTGGGTCACGCCGTGGGCGTGCTGGc < 6:308702/148‑1 (MQ=255) gggCTTTCTTGCTGAGCATGGGCAGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGGGTGCCCTGGGCCTGCATGATCATTTCGCAGAATTCACGGGCCGCGCCTTCGCCGCCACGTGCCTGGGTCACGACCGGGGCGGGCTGTCGTa > 7:132825/1‑149 (MQ=255) tCTTGCTGAGCATGGGCAGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGGGTGCCCTGGGCCTGCATGATCATTTCGCAGAATTCACGGGCCGCGCCTTCGCCGCCACGTGCCTGGGTCACGCCGTGGGCGTGCTGGCGTACGaa < 6:47552/147‑1 (MQ=255) ttGCTGAGCATGGGCAGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGGGTGCCCTGGGCCTGCATGATCATTTCGCAGAATTCACGGGCCGCGCCTTCGCCGCCACGTGCCTGGGTCACGCCGTGGGCGTGCTGGc < 4:161537/138‑1 (MQ=255) ttGCTGAGCATGGGCAGCCTTACAGGTAGTTGGCGTTGGCAGAGTCCAGGGTGCCCTGGGCCTGCATGATCATTTCGCAGAATTCACGGGCCGCGCCTTCGCCGCCACGTGCCTGGGTCACGCCGTGGGCGTGCTGGc > 3:161537/1‑138 (MQ=255) 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1:116164/1‑149 (MQ=255) tCATTTCGCAGAATTCACGGGCCGCGCCTTCGCCGCCACGTGCCTGGGTCACGCCGTGGGCGTGCTGGCGTACGAACGGTGCGGCGTTGGCTACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGccc < 5:108436/149‑1 (MQ=255) tCATTTCGCAGAATTCACGGGCCGCGCCTTCGCCGCCACGTGCCTGGGTCACGCCGTGGGCGTGCTGGCGTACGAACGCTGCGGCGTTGGCTACAGCCATGCCCCGCGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTAGGGCAGGTCGTCGcc > 7:271425/1‑148 (MQ=255) aaTTCACGGGCTGCGCCTTCGCCGCCACGTGCCTGGGTCACGCCGTGGGCGTGCTGGCGTACGAACGGTGCGGCGTTGGCTACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCAc < 5:53168/149‑1 (MQ=255) aaTTCACGGGCTGCGCCTTCGCCGCCACGTGCCTGGGTCACGCCGTGGGCGTGCTGGCGTACGAACGGTGCGGCGTTGGCTACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCAc < 5:48296/149‑1 (MQ=255) aaTTCACGGGCCGCGCCTTCGCCGCCACGTGCCTGGGTCACGCCGTGGGCGTGCTGGCGTACGAACGGTGCGGCGTTGGCTACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCAc > 5:55228/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |