Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,120,902 | T→A | 8.5% | W115R (TGG→AGG) | PP_0982 → | YjgP/YjgQ family permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,120,902 | 0 | T | A | 8.5% | 136.5 / 3.3 | 47 | W115R (TGG→AGG) | PP_0982 | YjgP/YjgQ family permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/25); new base A (2/2); total (20/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
TGGGGCTGTTCCTCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAA > NC_002947/1120756‑1121048 | gggggCTGTTCCTCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCCGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCggg < 7:24807/148‑1 (MQ=255) gggCTGTTCCTCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGc < 6:313696/148‑1 (MQ=255) ggCTGTTCCTCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGct > 4:276772/1‑148 (MQ=255) tCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCAGGctcaggctcagc > 4:136256/1‑149 (MQ=255) cATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCAGGCTCAGGCTCAGCCAgg < 3:136256/149‑1 (MQ=255) aTCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCAGGCTCAGGCTCAGCCAGGc < 2:22591/149‑1 (MQ=255) tGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTg > 5:267031/1‑149 (MQ=255) cGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGtt < 5:166171/148‑1 (MQ=255) cGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTg < 3:104539/149‑1 (MQ=255) cgcCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCa < 1:154131/149‑1 (MQ=255) gcCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAg < 7:240835/149‑1 (MQ=255) gcCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAg > 5:128943/1‑149 (MQ=255) tACCTTGAAAGCGATATGACCGTGCTGGCGTCCACTGGCATGATCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGGTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTgc < 5:255253/148‑1 (MQ=255) tACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTgc < 3:276772/148‑1 (MQ=255) tACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTgc < 3:84337/148‑1 (MQ=255) cTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTg < 6:222285/136‑1 (MQ=255) cTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTg > 5:222285/1‑136 (MQ=255) cTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCAACGCCCAggggggcca < 6:158391/149‑8 (MQ=255) cTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGACCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCATGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGAGATGCCCAGGTgcag > 5:104937/1‑147 (MQ=255) gAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTgcag > 3:61960/1‑144 (MQ=255) gAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGa < 6:128943/148‑1 (MQ=255) aaGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGatca < 8:165748/149‑1 (MQ=255) gaTGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATcagc > 6:285123/1‑148 (MQ=255) gACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATcagccag > 4:315423/1‑148 (MQ=255) cTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGc < 6:267031/149‑1 (MQ=255) gTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGccc > 1:3148/1‑149 (MQ=255) ccACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGAcc < 4:61960/149‑1 (MQ=255) tGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGt > 1:256518/1‑149 (MQ=255) gCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCTGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCATGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTc < 6:287322/149‑1 (MQ=255) gCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGtt < 5:285123/148‑1 (MQ=255) ccAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGGGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCt > 2:257223/1‑149 (MQ=255) cagcatCGACTGCTGGTCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTTAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCtt < 4:178118/149‑1 (MQ=255) gctgGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGcc > 8:111269/1‑149 (MQ=255) tgGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCggg < 3:30120/145‑1 (MQ=255) ggCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGtt < 6:85057/78‑1 (MQ=255) ggCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGtt > 5:85057/1‑78 (MQ=255) 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gCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTaa < 3:106787/148‑1 (MQ=255) ccTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGACCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATAATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGCCACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGATCGCGGGTAAcc > 5:7782/1‑148 (MQ=255) caggggggCCAGGCTCAGGCTCAGCCAGGCCACCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCtata > 2:231075/7‑149 (MQ=255) gCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTg > 2:163181/1‑121 (MQ=255) gCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTg < 1:163181/121‑1 (MQ=255) ccTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCaa < 3:315423/149‑1 (MQ=255) | TGGGGCTGTTCCTCGGCATCCTCCTGGCTTACGGGCGCCTGTACCTGGAAAGCGAGATGACCGTGCTGTCGGCCACTGGCATGAGCCAGCAGCGCCTGCTGGGCATGACCATGGCGCCGGCTGCCCTGGTTGCCCTGCTGGTGGCCTGGCTGAGCCTGAGCCTGGCCCCCCTGGGCGTTGCCCAGGTGCAGCAGATCATCAGCCAGCAGGATGCCCTGACCGAGTTCGACACCTTGGTGCCGGGCCGCTTCCAGACCTTGCGTGATGGCTCGCGGGTAACCTATACCGAGCAA > NC_002947/1120756‑1121048 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |