Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,238,669 | A→T | 7.5% | R119R (CGT→CGA) | argF ← | ornithine carbamoyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,238,669 | 0 | A | T | 7.5% | 154.9 / 2.2 | 53 | R119R (CGT→CGA) | argF | ornithine carbamoyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/25); new base T (2/2); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
GGAGTTGCACATGTTGAAGCCATCGCCGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCAATTGGCTCGCCGCGGCCCAGCTGGGTGTCGCGGGGCGACAGGAAGATGGCCT > NC_002947/1238528‑1238817 | ggAGTTGCACATGTTGAAGCCATCGCCGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑t > 2:249687/1‑149 (MQ=255) ccacaTGTTGAAGCCATCGCCGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTggcg < 7:102510/147‑1 (MQ=255) cacaTGTTGAAGCCATCGCCGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTggcggc > 5:125745/1‑149 (MQ=255) acaTGTTGAAGCCATCGCCGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGAGCACGGGCACACGCGAC‑TTggcggc > 8:180627/1‑148 (MQ=255) aTGTTGAAGCCATCGCCGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGaa < 5:45385/149‑1 (MQ=255) gTTGAAGCCATCGCCGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTCGCGGCGAACt > 8:174985/1‑149 (MQ=255) cATCGCCGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAgg < 3:144259/149‑1 (MQ=255) aTCGCCGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAggg > 6:145069/1‑149 (MQ=255) aTCGCCGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAggg < 3:45138/149‑1 (MQ=255) aTCGCCGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACCCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAggg > 3:99948/1‑149 (MQ=255) ccGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCt > 8:68441/1‑149 (MQ=255) cGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCtg > 3:294442/1‑149 (MQ=255) gggcccGGGCTTGCCCTGACTCGAGCCGCGGTGTTCAACGACGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGGTGGCACGGGGGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGt < 6:272253/144‑1 (MQ=255) ggTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTcc < 4:78771/149‑1 (MQ=255) gCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGatc < 1:43736/148‑1 (MQ=255) gCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGatc < 4:294442/148‑1 (MQ=255) ccTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGatcatc > 8:112968/1‑149 (MQ=255) tGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATcac > 4:279035/1‑149 (MQ=255) aaTCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATcac < 5:191693/147‑1 (MQ=255) aaTCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATcac < 6:125745/147‑1 (MQ=255) aaTCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATcac < 7:180627/147‑1 (MQ=255) aaTCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATcac < 5:145069/147‑1 (MQ=255) cGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGATGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACAt < 7:112968/149‑1 (MQ=255) gAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACAt > 3:150398/1‑148 (MQ=255) gCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGACTTTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCa < 1:249687/149‑1 (MQ=255) gcgGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCa < 3:255183/149‑1 (MQ=255) cgGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCAt > 5:186335/1‑149 (MQ=255) cgGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCAt < 7:174985/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTggg < 2:133422/94‑1 (MQ=255) gCCAGCAGTTGGAACTGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGCC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCATGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCCCATAACCCATGCTAGCCAGCACGATGGCGCGGTCAc > 4:177939/1‑148 (MQ=255) cagcagTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACTCGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCaa > 6:188492/1‑149 (MQ=255) cagcagTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACTCGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCaa > 6:192989/1‑149 (MQ=255) cagcagTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCATCCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCaa > 4:80376/1‑149 (MQ=255) cagcagTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCaa > 2:136128/1‑149 (MQ=255) agcagTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACa > 1:30977/1‑127 (MQ=255) agcagTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACa < 2:30977/127‑1 (MQ=255) ggCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCAATTGGCTcg > 1:156083/1‑149 (MQ=255) aCGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCCTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCCCCAATTGGCTcgccg > 3:223779/1‑149 (MQ=255) tcgGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCAATTGGCTCGCCGCGGCCCAGCTgg < 4:267931/147‑1 (MQ=255) tcgGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCAATTGGCTCGCCGCGGCCCAGCTgg > 3:267931/1‑147 (MQ=255) ggCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCAATTGGCTCGCCGCGGCCCAGCTGGGTGTCGCgg < 6:186335/149‑1 (MQ=255) cGTTTATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTCGGCGAGGGTCCGGCTCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCAATTGGCTCGCCGCGGCCCAGCTGGGTGTCGCGGGGc > 5:225196/1‑149 (MQ=255) aTCACGGGCACTCGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCAATTGGCTCGCCGCGGCCCAGCTGGGTGTCGCGGGGCGACAg < 5:192989/149‑1 (MQ=255) aTCACGGGCACTCGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCAATTGGCGCGCCGCGGCCCAGCTGGGTGTCGCGGGGCGACAg < 5:188492/149‑1 (MQ=255) aTCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCAATTGGCTCGCCGCGGCCCAGCTGGGTGTCGCGGGGCGACAg > 1:134604/1‑149 (MQ=255) tCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCAATTGGCTc > 7:33914/1‑115 (MQ=255) tCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCAATTGGCTc < 8:33914/115‑1 (MQ=255) acGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCAATTGGCTCGCCGCGGCCCAGCTGGGTGTCGCGGGGCGACAGGAAGAtggcct < 5:197745/149‑1 (MQ=255) | GGAGTTGCACATGTTGAAGCCATCGCCGATCCAGGTCACGGTCTTGCCCTGAATCGAGCCGCGGTGTTCAACGAAGGTCTGCATGTCGGCCAGCAGTTGGCACGGGTGCGATTCGTCGGACAGGCCGTTGATCACGGGCACACGCGAC‑TTGGCGGCGAACTCGGTCAGGGTGCTGTGGGCGTGGGTCCGGATCATCACCACATCAACCATGCTCGACAGCACGATGGCGCTGTCACCAATTGGCTCGCCGCGGCCCAGCTGGGTGTCGCGGGGCGACAGGAAGATGGCCT > NC_002947/1238528‑1238817 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |