Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,255,850 | C→T | 9.3% | A64A (GCC→GCT) | mrp → | ATP‑dependent Fe‑S cluster transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,255,850 | 0 | C | T | 9.3% | 143.8 / 3.0 | 54 | A64A (GCC→GCT) | mrp | ATP‑dependent Fe‑S cluster transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/25); new base T (3/2); total (27/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 |
AGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGTGCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAACATCATCGCCGTGGCCTCGGGCAAGGGCGGTGTGGGCAAAT > NC_002947/1255702‑1255998 | aGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGTGCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGgcc > 6:165043/1‑149 (MQ=255) aGTACAACGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGTGCGAGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGgcc > 7:204647/1‑149 (MQ=255) cTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGTGCGAGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGa < 8:204647/149‑1 (MQ=255) cccGGTCAGCGCCGGCTGCGTGCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTg < 7:251292/149‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGCTGCGTGCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCt > 8:239577/1‑148 (MQ=255) aGCGCCGGCTGCGTGCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCa < 7:182380/149‑1 (MQ=255) aGCGCCGGCTGCGTGCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCAGTGACCCCCTCGAGGCTGCCAATGgcggcct < 4:175194/149‑5 (MQ=38) gcgcCGGCTGCGTGCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAg > 4:81086/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTg > 1:320138/1‑112 (MQ=255) cAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTg < 2:320138/112‑1 (MQ=255) aGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGca > 2:323397/1‑148 (MQ=255) gggcgggcAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTtcgat < 8:216395/126‑1 (MQ=255) gggcgggcAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTtcgat > 7:216395/1‑126 (MQ=255) cgggcAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGGTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAagg < 5:165043/149‑1 (MQ=255) ggTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAaggcccagg < 1:323397/149‑1 (MQ=255) gTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAaggcccaggc > 3:103885/1‑149 (MQ=255) gTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAaggcccaggc < 7:239577/149‑1 (MQ=255) gTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAaggcccaggc > 8:53540/1‑149 (MQ=255) gCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGgcccaggcccag < 5:290822/149‑1 (MQ=255) gTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGt > 1:144693/1‑149 (MQ=255) ttgcagttgGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGccatc > 4:47594/1‑149 (MQ=255) cagttgGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGccatccat > 1:213123/1‑149 (MQ=255) gTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCaa > 1:15786/1‑148 (MQ=255) gTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCaa < 2:15786/148‑1 (MQ=255) tATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATGGATGGcacctgg > 1:193084/1‑143 (MQ=255) aTGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATGGATGGcacctgg < 2:193084/148‑7 (MQ=255) tGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCa < 7:53540/149‑1 (MQ=255) tGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCa < 2:144693/149‑1 (MQ=255) gCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCa < 3:47594/148‑1 (MQ=255) cGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGa < 3:81086/149‑1 (MQ=255) gCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGCTAGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAg > 1:58277/1‑148 (MQ=255) gCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGaa > 4:141239/1‑149 (MQ=255) aGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAAca < 3:46073/149‑1 (MQ=255) gCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAAcatca > 5:58413/1‑149 (MQ=255) tGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAACatcatc > 5:153113/1‑149 (MQ=255) ttCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAAcatcat < 7:86543/146‑1 (MQ=255) ttCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAAcatcat > 8:86543/1‑146 (MQ=255) gCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCTGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTAGCCGCGCACAAGgcccaggcccag < 6:266384/104‑1 (MQ=255) gCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCAGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTAGCCGCGCACAAGgcccaggcccag > 5:266384/1‑104 (MQ=255) ccAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAACATCATCGCCGTGGCCTCGGGCAAgg < 4:103885/149‑1 (MQ=255) ccAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCACCCATGGCCAACGTCAAGAACATCATCGCCGTGGCCTCGGGCAAgg > 4:226276/1‑149 (MQ=255) cAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAACATCATCGCCGTGGCCTCGGGCAAggg < 6:58413/149‑1 (MQ=255) cccctcgaGGCTGCCAATGGCGGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCGGAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAACATCATCGCCGTGGCCTCGGGCAAGGGCgg > 1:227275/8‑149 (MQ=255) ccctcgaGGCTGCCAATGGCGGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAACATCATCGCCGTGGCCTCGGGCAAGGGCGgt > 3:5523/7‑149 (MQ=255) ctcgaGGCTGCCAATGGCGGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGc < 2:2350/90‑1 (MQ=255) ctcgaGGCTGCCAATGGCGGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGc > 1:2350/5‑94 (MQ=255) gc‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAACATCATCGCCGTGGCCTCGGGCAAGGGCGGTGTgg > 5:109520/1‑149 (MQ=255) c‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAACATCATCGCCGTGGCCTCGGGCAAGGGCGGtgtg < 2:58277/147‑1 (MQ=255) c‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAACATCATCGCCGTGGCCTCGGGCAAGGGCGGTGTggg > 5:161035/1‑149 (MQ=255) c‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAACATCATCGCCGTGGCCTCGGGCAAGGGCGGTGTgg < 2:213123/148‑1 (MQ=255) cgccATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAACATCATCGCCGTGGCCTCGGGCAAGGGCGGTGTGGGCAAAt > 7:147943/1‑149 (MQ=255) | AGTACACCGACCCCTACCTGAACCAGGACCCGGTCAGCGCCGGCTGCGTGCGCGCCATCGATATCCAGGGCGGGCAGGTCAGCGTGCAGTTGCAGTTGGGTTATGCCGCAGGGCTGTTCAAGAACGGCTGGGCCCAGGTGCTGC‑AGGCCGCCATTGGCAGCCTCGAGGGGGTCACTGGCGCTCAGGTTTCGATCGATTGCGTGGTGGCCGCGCACAAGGCCCAGGCCCAGGTGCCATCCATGGCCAACGTCAAGAACATCATCGCCGTGGCCTCGGGCAAGGGCGGTGTGGGCAAAT > NC_002947/1255702‑1255998 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |