Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,330,563 | T→G | 12.5% | intergenic (+94/‑213) | PP_5SE → / → PP_1157 | 5S ribosomal RNA/acetolactate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,330,563 | 0 | T | G | 12.5% | 103.3 / 7.0 | 40 | intergenic (+94/‑213) | PP_5SE/PP_1157 | 5S ribosomal RNA/acetolactate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/17); new base G (3/2); total (21/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 |
ATCGCCGATGGTAGTGTGGGGTTTCCCCATGTGAGAGTA‑GGTCATCGTCAAGATTCATTTCGCAAAACCCCTATCTGCGCACGCAGGTAGGGGTTTTGTCTTTGTGGGCAAAAAATTGGACCTGCTCGAGAGCGGAGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGAGGATGGTGCGAAGCCAGGCTAGAATGGCCTCAACGCAGCATTAACGTGACTTTCCCGCACCCCCCCTACGTCAAGACTTTGGTTCGGGGCACTTTTGCTCCTGGACCTGG > NC_002947/1330415‑1330708 | aTCGCCGATGGTAGTGTGGGGTTTCCCCATGTGAGAGTA‑GGTCATCGTCAAGATTCATTTCGCAAAACCCCTATCTGCGCACGCAGGTAGGGGTTTTGTCTTTGTGGGCAAAAAATTGGACCTGCTCGAGAGCGGAGATGGCACCGGCt > 7:238785/1‑149 (MQ=255) ccGATGGTAGTGTGGGGTTTCCCCATGTGAGAGTA‑GGTCATCGTCAAGATTCATTTCGCAAAACCCCTATCTGCGCACGCAGGTAGGGGTTTTGTCTTTGTGGGCAAAAAATTGGACCTGCTCGAGAGCGGAGATGGCACCGGCTTCGc < 7:43568/149‑1 (MQ=255) ggTAGTGTGGGGTTTCCCCATGTGAGAGTATGGTCATCGTCAAGATTCATTTCGCAAAACCCCTATCTGCGCACGCAGGTAGGGGTTTTGTCTTTGTGGGCAAAAAATTGGACCTGCTCGAGAGCGGAGATGGCACCGGCGAAGCCGgt > 1:192486/1‑149 (MQ=17) tAGTGTGGGGTTTCCCCATGTGAGAGTA‑GGTCATCGTCAAGATTCATTTCGCAAAACCCCTATCTGCGCACGCAGGTAGGGGTTTTGTCTTTGTGGGCAAAAAATTGGACCTGCTCGAGAGCGGAGATGGCACCGGCGAAGCCGgtgcc < 2:192486/149‑3 (MQ=255) a‑GGTCTTCGTGAAGATTGTTTTCGCAAAACCCCTATGTTCGTACGCAGGTAGGGGTTTTGTCTTTGTGGGCAAAAAATTTGACCTGCTCGAGAGCGGAGATGGCTCCGGGTTCGGCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATAgg < 8:256171/148‑1 (MQ=21) ggTCATCGTCAAGATTCATTTCGCAAAACCCCTATCTGCGCACGCAGGTAGGGGTTTTGTCTTTGTGGGCAAAAAATTGGACCTGCTCGAGAGCGGAGATGGCACCGGCGAAGCCGgtgcc > 4:30424/1‑119 (MQ=255) ggTCATCGTCAAGATTCATTTCGCAAAACCCCTATCTGCGCACGCAGGTAGGGGTTTTGTCTTTGTGGGCAAAAAATTGGACCTGCTCGAGAGCGGAGATGGCACCGGCGAAGCCGgtgcc < 3:30424/121‑3 (MQ=255) gTCATCGTCAAGATTCATTTCGCAAAACCCCTATCTGCGCACGCAGGTAGGGGTTTTGTCTTTGTGGGCAAAAAATTGGACCTGCTCGAGAGCGGAGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGAGGATg < 7:158600/149‑1 (MQ=255) gTCAAGATTCATTTCGCAAAACCCCTATCTGCGCACGCAGGTAGGGGTTTTGTCTTTGTGGGCAAAAAATTGGACCTGCTCGAGAGCGGAGATGGCACCGGTTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGAGGACGGTGCg < 1:234099/148‑1 (MQ=255) 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6:292387/1‑149 (MQ=255) cTGCTCGAGAGCGGAGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGAGGATGGTGCGAAGCCAGGCTAGAATGGCCTCAACGCAGCATTAACGTGACTTTCCCGCACCCCCCCTACGTCAAGACTTTGGTTCg > 3:138269/1‑149 (MQ=255) cTGCTCGAGAGCGGAGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGAGGATGGTGCGAAGCCAGGCTAGAATGGCCTCAACGCAGCATTAACGTGACTTTCCCGCACCCCCCCTACGTCAAGACTTTGGTTCg > 1:144874/1‑149 (MQ=255) gagaGCGGAGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGAGGATGGTGCGAAGCCAGGCTAGAATGGCCTCAACGCAGCATTAACGTGACTTTCCCGCACCCCCCCTACGTCAAGACTTTGGTTCGGGGCAc < 8:238785/149‑1 (MQ=255) gagaGCGGAGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGAGGATGGTGCGAAGCCAGGCTAGAATGGCCTCAACGCAGCATTAACGTGACTTTCCCGCACCCCCCCTACGTCAAGACTTTGGTTCGGGGCAc > 2:120305/1‑149 (MQ=255) gagaTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGAGGATGGTGCGAAGCCAGGCTAGAATGGCCTCAACGCAGCATTAACGTGACTTTCCCGCACCCCCCCTACGTCAAGACTTTGGTTCGGGGCACTTTTGCt > 1:219386/1‑149 (MQ=255) 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gCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGAGGATGGTGCGAAGCCAGGCTAGAAAGGCCTCAACGCAGCATTAACGTGACTTTCCCGCACCCACCCTACGTCAAGACTTTGGTTCGGGGCACTTTTGCTCCTg > 6:2396/1‑147 (MQ=255) ccGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGAGGATGGTGCGAAGCCAGGCTAGAATGGCCTCAACGCAGCATTAACGTGACTTTCCCGCACCCCCCCTACGTCAAGACTTTGGTTCGGGGCACTTTTGCTCCTGGACCt > 4:252622/1‑149 (MQ=255) ggCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGAGGATGGTGCGAAGCCAGGCTAGAATGGCCTCAACGCAGCATTAACGTGACTTTCCCGCACCCCCCCTACGTCAAGACTTTGGTTCGGGGCACTTTTGCTCCTGGACCTgg < 2:219386/149‑1 (MQ=255) ggCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGAGGATGGTGCGAAGCCAGGCTAGAATGGCCTCAACGCAGCATTAACGTGACTTTCCCGCACCCCCCCTACGTCAAGACTTTGGTTCGGGGCACTTTTGCTCCTGGACCTgg < 5:292387/149‑1 (MQ=255) | ATCGCCGATGGTAGTGTGGGGTTTCCCCATGTGAGAGTA‑GGTCATCGTCAAGATTCATTTCGCAAAACCCCTATCTGCGCACGCAGGTAGGGGTTTTGTCTTTGTGGGCAAAAAATTGGACCTGCTCGAGAGCGGAGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGAGGATGGTGCGAAGCCAGGCTAGAATGGCCTCAACGCAGCATTAACGTGACTTTCCCGCACCCCCCCTACGTCAAGACTTTGGTTCGGGGCACTTTTGCTCCTGGACCTGG > NC_002947/1330415‑1330708 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |