| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,403,591 | T→C | 17.0% | intergenic (‑57/+24) | PP_1227 ← / ← PP_1228 | membrane protein/methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,403,591 | 0 | T | C | 17.0% | 91.4 / 14.2 | 49 | intergenic (‑57/+24) | PP_1227/PP_1228 | membrane protein/methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/18); new base C (5/3); total (27/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
ACAGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGT‑‑GCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATGCC > NC_002947/1403453‑1403734 | aCAGGGTGGCGGCGATCGAGGGGCGTAATAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGGTGGAATAGGCATAAGGTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGT‑‑GCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCACGCCCGCGAag < 3:188082/149‑1 (MQ=39) cAGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGA‑‑GCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCACACCCGCGaa > 1:61674/1‑147 (MQ=255) cAGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGA‑‑GCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCACACCCGCGAaga < 2:61674/149‑1 (MQ=255) 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tCAAGAATAACGATGGTGCGGT‑‑GCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAg < 6:199641/125‑1 (MQ=255) gAATAACGATGGTGCGGT‑‑GCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCg < 8:153380/149‑1 (MQ=255) aaTAACGTTGGTGCGGT‑‑GCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCgg < 1:145704/115‑1 (MQ=255) aaTAACGATGGTGCGGT‑‑GCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCGAGCAGCGAAACTGCACCCACAGCGCCAGCTGCAGGTTGGGCGGCCGGATCAGGGCGTGGCTGATGCGT‑GCCGAATGATCgg > 2:171412/1‑149 (MQ=25) tAACGATGGTGCGGT‑‑GCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGcc > 6:61746/1‑149 (MQ=255) aCGATGGTGCGGT‑‑GCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATGAATCGGcac < 7:248670/148‑3 (MQ=255) gATGGTGCGGT‑‑GCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGCCTGcc > 7:213419/1‑149 (MQ=255) gcggt‑‑gcCTGTCAGGGCCGCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGCCTGCccagcca < 6:194935/149‑1 (MQ=255) gcCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTCGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGa < 1:24424/149‑1 (MQ=255) ccTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGAt < 5:61746/148‑1 (MQ=255) gTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTg > 3:258369/1‑149 (MQ=255) gggCCTCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCAc > 8:169071/1‑149 (MQ=255) ctctTCGC‑‑GGGCACGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGc > 6:2078/1‑121 (MQ=255) ctctTCGC‑‑GGGCACGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGc < 5:2078/121‑1 (MQ=255) ctTCGC‑‑GGGCACGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGtctc > 1:271144/1‑148 (MQ=255) ttCGC‑‑GGGCACGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCg > 2:118148/1‑148 (MQ=255) ttCGC‑‑GGGCACGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCg > 8:75907/1‑148 (MQ=255) gc‑‑gGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATg > 2:164749/1‑149 (MQ=255) gggCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATGcc < 2:92591/149‑1 (MQ=255) | ACAGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGT‑‑GCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGT‑GCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATGCC > NC_002947/1403453‑1403734 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |