Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,465,872 | T→A | 11.6% | K440M (AAG→ATG) ‡ | algG ← | poly(beta‑D‑mannuronate) C5 epimerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,465,872 | 0 | T | A | 11.6% | 112.4 / 5.5 | 43 | K440M (AAG→ATG) ‡ | algG | poly(beta‑D‑mannuronate) C5 epimerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/17); new base A (3/2); total (24/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 |
GCCCAGCACACCATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTACGCACGCGGATGCCGTGGCGGCG > NC_002947/1465724‑1466020 | gCCCAGCACACCATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCt > 7:172973/1‑149 (MQ=255) ccAGCACACCATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTg > 4:20304/1‑149 (MQ=255) cacaCCATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCAAGgtgt > 1:65088/1‑149 (MQ=255) acCATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCAAGGTGTCgc < 2:65088/149‑2 (MQ=255) gCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑c > 1:103129/1‑147 (MQ=255) gCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCg < 8:172973/148‑1 (MQ=255) ccGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGCCACCAAGGTGTCgctg > 5:213176/1‑132 (MQ=255) cGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACGTTGTACAGCTCGACCGACTGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATg < 3:50379/149‑1 (MQ=255) aGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGGGGTCGGTGTCGGACAg > 7:236531/1‑149 (MQ=255) aGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAg < 5:73623/149‑1 (MQ=255) cATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGt < 5:168960/149‑1 (MQ=255) gACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCtt < 7:127830/148‑1 (MQ=255) gACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCAGACAGGTCttt < 3:20304/149‑1 (MQ=255) acacCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCttt > 8:257900/1‑148 (MQ=255) gCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGta > 8:245192/1‑148 (MQ=255) gacAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGAc < 7:245192/149‑1 (MQ=255) tcgatcgaCAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGc < 8:79745/149‑1 (MQ=255) atcgaCAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCAt > 6:242388/1‑149 (MQ=255) aCAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGc > 3:108355/1‑148 (MQ=255) aCAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGc > 6:231513/1‑148 (MQ=255) cAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGa > 5:78540/1‑149 (MQ=255) ccGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTc < 5:242388/149‑1 (MQ=255) ccGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTc < 7:257900/149‑1 (MQ=255) ggAGCCGTTGGACGACAGCTCGCCACACACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCg > 3:306008/1‑148 (MQ=255) aGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTTGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTa > 4:283929/1‑148 (MQ=255) ttGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCg > 8:196538/1‑149 (MQ=255) ggCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGAc < 2:220362/111‑1 (MQ=255) gCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGAt < 5:231513/149‑1 (MQ=255) gCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGAt > 5:96681/1‑149 (MQ=255) ccGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATg > 6:185553/1‑149 (MQ=255) cGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGt < 4:304300/149‑1 (MQ=255) cTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTc < 6:248473/129‑1 (MQ=255) cTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTc > 5:248473/1‑129 (MQ=255) gCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGt > 5:284118/1‑149 (MQ=255) gCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGt > 5:289193/1‑149 (MQ=255) acccaccACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTac < 8:236531/149‑1 (MQ=255) ccaccaCGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGTGCGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTacg > 1:215567/1‑149 (MQ=255) caccacGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTacgca > 8:148759/1‑149 (MQ=255) cacGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTacgcacgc > 4:251982/1‑149 (MQ=255) cgttcGACACCAAGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTACGCACGCGGATg > 2:107136/5‑149 (MQ=255) gCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGTGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTACGCACGCGGATGCCg > 2:227174/1‑149 (MQ=255) gCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTACGCACGCGGATGCCg < 4:108355/149‑1 (MQ=255) gACACGTTGGTGTCGAACTGGT‑CGAGGGCTATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCGGTTGGCCATTGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTAGGCACGCGGATGCCGTg < 4:306008/149‑1 (MQ=255) gACACCAAGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTACGCACGCGGATGCCGTg < 1:107136/149‑1 (MQ=255) ttGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCTTGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTACGCACGCGGATGCCGTGgcggcg > 3:91428/1‑149 (MQ=255) | GCCCAGCACACCATTGAGGCTGATGCCGCTGGCCTTGCGCGGGGCGAGCATGGACACCTTGTACAGCTCGACCGACAGCGGCGAGTCGATCGACAGCGGGCCGGAGCCGTTGGCCGACAGCTCGCCACCCACCACGATCAGCGACACCTTGGTGTCGAACGGGT‑CGAGGGCGATGTCGCGGTCGGTGTCGGACAGGTCTTTGATGTGGCCGTATACGCCGACCAGTCCGTTGGCCATGGCGACGTTTTCGTACAGGCGGATGTTCACGCTGTTACGCACGCGGATGCCGTGGCGGCG > NC_002947/1465724‑1466020 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |