| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,495,654 | T→G | 8.4% | L28R (CTG→CGG) ‡ | mdeA → | methionine gamma‑lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,495,654 | 0 | T | G | 8.4% | 163.2 / 7.5 | 60 | L28R (CTG→CGG) ‡ | mdeA | methionine gamma‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/28); new base G (2/3); total (29/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
TATTTTGGAAAAAATCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGAGCAGCGCATGGCTTCGCT > NC_002947/1495507‑1495801 | tATTTTGGAAAAAATCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTg > 8:22524/1‑149 (MQ=255) ttttGGAAAAAATCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTgg < 7:305455/148‑1 (MQ=255) ttttGGAAAAAATCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGt < 5:29437/149‑1 (MQ=255) ggAAAAAATCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGCTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCt > 3:43801/1‑142 (MQ=255) ggAAAAAATCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACAACAAGAGGCTGTTGACATGCGCGACTCCCACAACAACAACGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATAATGGCTATGAACAGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTgagatcg > 3:47965/1‑143 (MQ=255) aaaaaTCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCg < 3:251295/149‑1 (MQ=255) aaaaTCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGCCTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCgg > 1:224872/1‑149 (MQ=255) aaaTCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCC‑CGGTGGCACCAGGGCGCCAccatgg < 1:31060/149‑5 (MQ=255) gggCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTAc < 4:92707/148‑1 (MQ=255) cATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTAt < 7:22524/149‑1 (MQ=255) ctAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTAt < 1:115733/147‑1 (MQ=255) tAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGc < 3:51752/149‑1 (MQ=255) cAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTg > 1:255103/1‑149 (MQ=255) aCCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCg < 2:84094/149‑1 (MQ=255) gagGCTGTTTCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACgg > 7:298095/1‑149 (MQ=255) gTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCAc < 6:298311/97‑1 (MQ=255) gTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCAc > 5:298311/1‑97 (MQ=255) tGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGATGCCTGCTTc > 7:284781/1‑149 (MQ=255) gcgACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGcc > 3:144624/1‑149 (MQ=255) gcgACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGcc < 2:255103/149‑1 (MQ=255) gcgACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGcc > 1:165066/1‑149 (MQ=255) cgACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCg > 7:33743/1‑149 (MQ=255) tCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCggg > 3:237098/1‑147 (MQ=255) tCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCACCAGGGCGCCa < 6:164094/81‑1 (MQ=255) tCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCACCAGGGCGCCa > 5:164094/1‑81 (MQ=255) ccaccaCAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCAGTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGggag > 6:89125/1‑148 (MQ=255) caacaCCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTg > 8:97051/1‑149 (MQ=255) caacaCCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTg > 5:207722/1‑149 (MQ=255) aacaCCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTgg < 2:224872/149‑1 (MQ=255) aacaCCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTgg > 8:138118/1‑149 (MQ=255) tttttCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGggag > 8:150556/1‑133 (MQ=255) tttCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTa < 4:135840/148‑1 (MQ=255) cACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGcc > 5:281646/1‑149 (MQ=255) aCGCGGGCCATTAATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCTCCCTGGTGCCACAGGTGTACCAGACGGCTACCTAAGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGACTGCTTCGCCCGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCg > 4:194474/1‑149 (MQ=255) cgcgGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGc < 6:65384/149‑1 (MQ=255) ccATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTcc < 7:138118/149‑1 (MQ=255) ttCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTa < 2:239136/133‑1 (MQ=255) ttCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTa > 1:239136/1‑133 (MQ=255) ttCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCaa < 8:119086/148‑1 (MQ=255) ttCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCaa > 7:119086/1‑148 (MQ=255) atGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGGGGCGCCCTGGTGCCAGCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACg < 8:284781/149‑1 (MQ=255) gCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTg < 6:207722/149‑1 (MQ=255) cTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGcc > 2:171177/1‑128 (MQ=255) cTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGcc < 1:171177/128‑1 (MQ=255) tATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCggg > 1:191147/1‑102 (MQ=255) tATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCggg < 2:191147/102‑1 (MQ=255) tATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAAccc > 5:273711/1‑140 (MQ=255) tATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAAccc < 6:273711/140‑1 (MQ=255) gACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCtt > 7:41985/1‑149 (MQ=255) cccGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCAtt > 6:203476/1‑113 (MQ=255) cccGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCAtt < 5:203476/113‑1 (MQ=255) tttCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTGCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGag < 3:194474/149‑1 (MQ=255) ccATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGagcagc > 7:263679/1‑149 (MQ=255) ccATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGagcagc > 8:303504/1‑149 (MQ=255) ccATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGAAGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGGCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAAGCCCACGCTGGCCTTGCTGGagcagc < 8:298095/149‑1 (MQ=255) gtggCACCAGGGCGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGAGCAGCGCATg > 6:215912/1‑149 (MQ=255) gtggCACCAGGGCGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGAGCAGCGCATg < 5:215912/149‑1 (MQ=255) cccTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGAGCAGCGCATGGCTTCg < 8:263679/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGAGCAGCGCATGGCTTCGc < 5:27501/149‑1 (MQ=255) cTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGAGCAGCGCATGGCTTCGCt < 7:97051/149‑1 (MQ=255) cTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGAGCAGCGCATGGCTTCGCt < 8:33743/149‑1 (MQ=255) | TATTTTGGAAAAAATCGGGCAGCTCGGTGGCATAAGCTTATAGCAAACCACAAGAGGCTGTTGCCATGCGCGACTCCCACCACAACACCGGTTTTTCCACGCGGGCCATTCATCATGGCTATGACCCGCTTTCCCATGGTGGCGCCCTGGTGCCACCGGTGTACCAGACGGCTACCTATGCCTTCCCCACTGTCGAGTACGGTGCTGCCTGCTTCGCCGGGGAGGAGCCTGGGCATTTCTACAGCCGCATTTCCAACCCCACGCTGGCCTTGCTGGAGCAGCGCATGGCTTCGCT > NC_002947/1495507‑1495801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |