Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,694,350 | A→T | 7.0% | T106S (ACC→TCC) | wspC → | biofilm formation methyltransferase WspC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,694,350 | 0 | A | T | 7.0% | 160.5 / 3.0 | 57 | T106S (ACC→TCC) | wspC | biofilm formation methyltransferase WspC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/29); new base T (2/2); total (26/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.83e-01 |
CAGGCGCTGATCGAAGCGGTGATCGTCCCGGAAACCTGGTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTCGGTAGCCAAGGCCGGGCAGGCGGTATATGGGCGCAATGCGTTCCGGGG > NC_002947/1694203‑1694495 | cAGGCGCTGATCGTAGCGTTGATCGTCCCGTAATCCTGGTTTTTCCGTTACGCCGAATCCTTCACTGCGGTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGATGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGGGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTAc < 8:186326/149‑1 (MQ=255) gcTGATCGAAGCGGTGATCGTCCCGGAAACCTGGTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGc > 2:53640/1‑148 (MQ=255) gAAGCGGTGATCGTCCCGGAAACCTGGTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGcc < 5:255045/149‑1 (MQ=255) aGCGGTGATCGTCCCGGAAACCTGGTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCt < 4:281381/149‑1 (MQ=255) tCGTCCCGGAAACCTGGTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGccc > 6:67397/1‑140 (MQ=255) tCGTCCCGGAAACCTGGTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGccc < 5:67397/140‑1 (MQ=255) gTCCCGGAAACCTGGTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTgg < 8:6760/148‑1 (MQ=255) ccGGAAACCTGGTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCAt < 1:53640/149‑1 (MQ=255) cTGGTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGt > 6:148924/1‑149 (MQ=255) cTGGTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTCGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTgg > 8:42483/1‑148 (MQ=255) tGGTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGtt > 2:303773/1‑149 (MQ=255) tGGTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGtt > 4:271921/1‑149 (MQ=255) gTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTTGCGATTGCCTTGttt < 4:288444/148‑1 (MQ=255) gTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGttt < 5:232228/148‑1 (MQ=255) tacGTTACACCGAATCCTTCACTGCGCTTGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTAAACTGGCTGTCGCGCTCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGc < 7:32322/146‑1 (MQ=255) gTTACCCCGAATCCTTCAGTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGc < 1:122494/149‑1 (MQ=255) gTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTTCTCAGCCTGCCCTGCTATACCCGCGAGGAGCCCTATACCCTGGCCATGGCCTTGTTTGACCCCgg > 2:122494/1‑148 (MQ=255) aCCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCAt < 1:8976/148‑1 (MQ=255) cccGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGcc < 8:145848/110‑1 (MQ=255) cccGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGcc > 7:145848/1‑110 (MQ=255) cccGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGgc > 3:97202/1‑149 (MQ=255) ccGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGgcg > 7:18476/1‑149 (MQ=255) gAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGgcggc > 2:6970/1‑147 (MQ=255) cTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTTCCGGCgag < 8:194689/97‑1 (MQ=255) cTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTTCCGGCgag < 8:189633/97‑1 (MQ=255) cTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTTCCGGCgag > 7:194689/1‑97 (MQ=255) cTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTTCCGGCgag > 7:189633/1‑97 (MQ=255) cTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTgggg < 3:271921/149‑1 (MQ=255) cTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGACTgggg > 6:247889/1‑149 (MQ=255) ttCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTgggg > 6:179303/1‑148 (MQ=255) ttCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTggaga > 4:200408/1‑146 (MQ=255) cACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCa < 1:64079/148‑1 (MQ=255) cTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGt < 5:148924/149‑1 (MQ=255) cTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCGCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGt < 8:140961/149‑1 (MQ=255) gCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGatggaatgg < 1:303773/148‑1 (MQ=255) ccATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGatggaatg > 3:274085/1‑145 (MQ=255) ccATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGatggaatg < 4:274085/145‑1 (MQ=255) aaCGGCTGTCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGCTTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGc < 8:58527/149‑1 (MQ=255) aaCGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAg < 8:20582/148‑1 (MQ=255) ggctggctCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGccc > 5:329957/1‑148 (MQ=255) ctCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTCg > 8:292745/1‑149 (MQ=255) tCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTCgg > 4:153575/1‑149 (MQ=255) aaCTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGATCAGCCTGACGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGAGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTAgg > 4:209467/1‑147 (MQ=255) ggctggcGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTggg < 3:83977/103‑1 (MQ=255) ggctggcGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTggg > 4:83977/1‑103 (MQ=255) ctggcGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCATTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTCGGTAGCCAAg < 8:18476/149‑1 (MQ=255) gCTGCGAGTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTCGGTAGCCAAGGCCGGGCAGGCgg < 5:235850/149‑1 (MQ=255) gCGATTGCTAAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCGTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGTGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTCGGTAGCCAAGGCCGGGCAGGCGGtat < 3:209467/149‑1 (MQ=255) gATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAg < 2:93944/112‑1 (MQ=255) gATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAg > 1:93944/1‑112 (MQ=255) cTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTCGGTAGCCAAGGCCGGGCAGGCGGTATATGGgcg < 6:329957/149‑1 (MQ=255) cTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTCGGTAGCCAAGGCCGGGCAGGCGGTATATGGgc < 7:292745/148‑1 (MQ=255) cTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTCGGTAGCCAAGGCCGGGCAGGCGGTATATGGgc < 5:78797/148‑1 (MQ=255) tCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTCGGTAGCCAAGGCCGGGCAGGCGGTATATGGgcg > 3:247595/1‑148 (MQ=255) tGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTCGGTAGCCAAGGCCGGGCAGGCGGTATATGGGCGCAATGCg > 3:139382/1‑149 (MQ=255) gCTCTACCCGCGAGGCCCCCTAATCGCCGGCCCTGGCCTTGGTTGACGCCCGCATGGCGCCGGGGGCAATGCCTGTCCATGGAAAGGACATCAGCCCAAGTTCGGTAGCCAAGGCCGGGCAGGCGGTATATGGGCGCAATGCGTTCCgg < 5:215825/149‑1 (MQ=255) tACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTCGGTAGCCAAGGCCGGGCAGGCGGTATATGGGCGCAATGCGTTCCgggg > 5:91066/1‑147 (MQ=255) | CAGGCGCTGATCGAAGCGGTGATCGTCCCGGAAACCTGGTTTTTCCGTTACCCCGAATCCTTCACTGCGCTGGCCAGCCTGGCCCATAAACGGCTGGCTCAACTGGCTGGCGCGCGCCCGCTGCGATTGCTCAGCCTGCCGTGCTCTACCGGCGAGGAGCCCTATTCGCTGGCCATGGCCTTGTTTGACGCCGGCATGGCGCCTGGGGCATTCCTTGTCGATGGAATGGACATCAGCCCAAGTTCGGTAGCCAAGGCCGGGCAGGCGGTATATGGGCGCAATGCGTTCCGGGG > NC_002947/1694203‑1694495 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |