Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,736,751 | T→A | 10.3% | N297Y (AAC→TAC) | dapD ← | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑succinyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,736,751 | 0 | T | A | 10.3% | 102.1 / 4.0 | 39 | N297Y (AAC→TAC) | dapD | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑succinyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/18); new base A (2/2); total (19/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 |
CAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCAC > NC_002947/1736606‑1736897 | cAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCgttgtt > 4:127843/1‑149 (MQ=255) aGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTtc > 5:278243/1‑149 (MQ=255) ttGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTtctc < 4:89749/149‑1 (MQ=255) gCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAgg > 3:25604/1‑149 (MQ=255) tCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCgttgt > 8:96954/1‑123 (MQ=255) tCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCgttgt < 7:96954/123‑1 (MQ=255) aGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGc < 6:278243/148‑1 (MQ=255) gATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGCCCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCgg > 8:108347/1‑149 (MQ=255) aCTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTg > 1:321631/1‑131 (MQ=255) aCTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTg < 2:321631/131‑1 (MQ=255) cTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGGCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGgt < 4:25604/148‑1 (MQ=255) ccGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGAGCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTg < 7:117310/149‑1 (MQ=255) ccGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGgtg < 7:108347/146‑1 (MQ=255) cgcCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCgg < 8:187850/149‑1 (MQ=255) gcCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGt > 7:239868/1‑149 (MQ=255) gcggcgGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAatac > 6:103686/1‑149 (MQ=255) gcggcgGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTAGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAatac > 4:187949/1‑149 (MQ=255) gcggcgGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTAGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAatac > 4:191865/1‑149 (MQ=255) tcggtcTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGagggc > 3:67313‑M1/1‑144 (MQ=255) gtcTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGcc < 8:239868/149‑1 (MQ=255) ggccggccAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTc > 7:45521/1‑62 (MQ=255) ggccggccAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTc < 8:45521/62‑1 (MQ=255) gccggccAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGAt > 1:310191/1‑147 (MQ=255) cggccAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAgg > 7:288861/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAg < 8:288861/149‑1 (MQ=255) ggTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGccc > 2:29160/1‑149 (MQ=255) gTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCt > 4:32116/1‑149 (MQ=255) cgcgGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTcg < 1:280213‑M2/149‑3 (MQ=255) gcgGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTcg > 2:280213‑M2/1‑146 (MQ=255) gggCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTcgcc < 8:240695‑M2/148‑5 (MQ=255) gCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGagggctgcctgatcggcgccaacgccggt < 4:67313‑M1/149‑30 (MQ=255) cTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGagggctgcctgatcggcgccaacgccggtat < 5:257680‑M1/149‑32 (MQ=255) cTTGACCACTTTGACCAGTTCGTAGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACtt < 3:187949/149‑1 (MQ=255) cTTGACCACTTTGACCAGTTCGTAGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACtt < 3:191865/149‑1 (MQ=255) gACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTtga > 5:100398/1‑149 (MQ=255) aCCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTtgat > 5:295046/1‑149 (MQ=255) aCCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTtgat < 5:103686/149‑1 (MQ=255) aCCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTtga < 3:127843/148‑1 (MQ=255) cACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGagggctgcctgatcggcgccaacgccggtatcgg < 6:72214‑M1/146‑35 (MQ=255) cACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGagggctgcctgatcggcgccaacgccggtatcgg > 5:72214‑M1/1‑112 (MQ=255) tGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCTCCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATAGCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGAt < 7:223445/148‑1 (MQ=255) cAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTgc > 7:46775/1‑149 (MQ=255) gttgttCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCAc < 6:100398/149‑1 (MQ=255) | CAGTTGTGAGCGTGCAGCGCTTCGTTCAGCTCGATGGCCGACTTGTGGGTCTTGCATTCTACCGCGCCGTTCAGCGAGTTGCGGCGGAACAGCAGGTCGGTCTGGCCGGCCAGGTCGCGGGCCTTGACCACTTTGACCAGTTCGTTGTTCTCGTCCAGCAGGTTCACCTTGGTGCCCGCGGTGATGTACAGGCCGGCTTCGACGGTGTTGCGGTCGCCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCAC > NC_002947/1736606‑1736897 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |