| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,804,648 | T→G | 7.8% | intergenic (+53/‑119) | accA → / → tilS | acetyl‑CoA carboxylase carboxyltransferase subunit alpha/tRNA lysidine(34) synthetase TilS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,804,648 | 0 | T | G | 7.8% | 239.5 / 10.1 | 77 | intergenic (+53/‑119) | accA/tilS | acetyl‑CoA carboxylase carboxyltransferase subunit alpha/tRNA lysidine(34) synthetase TilS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/39); new base G (4/2); total (36/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
GTGCAGCAGCTGGACATGCTCGGCAAGTTCGACAACGATGCGCTACTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTGGCTCAAC > NC_002947/1804509‑1804793 | gTGCCGCAGCTGGACATGCTCTGCAAGTTCGACAACGATGCGCTACTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGgt < 4:217789/148‑1 (MQ=255)gTGCAGCAGCTGGACATGCTCGGCAAGTTCGACAACGATGCGCTACTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGgtg < 2:64987/149‑1 (MQ=255)gTGCAGCAGCTGGACATGCTCGGCAAGTTCGACAACGATGCGCTACTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGgtg < 2:60417/149‑1 (MQ=255)gTGCAGCAGCTGGACATGCTCGGCAAGTTCGACAACGATGCGCTACTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGgtg > 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ccTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTgcgc > 5:166342/1‑121 (MQ=255) ctc‑tAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGa < 2:203019/149‑1 (MQ=255) tc‑tAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGaa > 3:100817/1‑149 (MQ=255) c‑tAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGcc > 7:271126/1‑104 (MQ=255) c‑tAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGcc < 8:271126/104‑1 (MQ=255) c‑tAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAt > 3:134383/1‑149 (MQ=255) 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> 8:240621/5‑149 (MQ=39) gCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTgg < 4:137578/148‑1 (MQ=255) aCCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTGGCt > 4:187063/1‑148 (MQ=255) cGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTg > 4:183131/1‑143 (MQ=255) cGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTg < 3:183131/143‑1 (MQ=255) ggCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTGGCTCAAc < 1:37719/149‑1 (MQ=255) | GTGCAGCAGCTGGACATGCTCGGCAAGTTCGACAACGATGCGCTACTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTGGCTCAAC > NC_002947/1804509‑1804793 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |