Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,804,650 | C→A | 7.8% | intergenic (+55/‑117) | accA → / → tilS | acetyl‑CoA carboxylase carboxyltransferase subunit alpha/tRNA lysidine(34) synthetase TilS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,804,650 | 0 | C | A | 7.8% | 235.4 / 7.4 | 77 | intergenic (+55/‑117) | accA/tilS | acetyl‑CoA carboxylase carboxyltransferase subunit alpha/tRNA lysidine(34) synthetase TilS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/39); new base A (4/2); total (36/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.49e-01 |
GTGCAGCAGCTGGACATGCTCGGCAAGTTCGACAACGATGCGCTACTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTGGCTCAAC > NC_002947/1804509‑1804793 | gTGCCGCAGCTGGACATGCTCTGCAAGTTCGACAACGATGCGCTACTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGgt < 4:217789/148‑1 (MQ=255) gTGCAGCAGCTGGACATGCTCGGCAAGTTCGACAACGATGCGCTACTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGgtg < 2:64987/149‑1 (MQ=255) gTGCAGCAGCTGGACATGCTCGGCAAGTTCGACAACGATGCGCTACTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGgtg < 2:60417/149‑1 (MQ=255) gTGCAGCAGCTGGACATGCTCGGCAAGTTCGACAACGATGCGCTACTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGgtg > 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tACTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTcgc < 8:73820/111‑1 (MQ=255) aCTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCGAAGCCGgtgc > 8:213837/1‑105 (MQ=255) aCTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCGAAGCCGgtgc < 7:213837/106‑2 (MQ=255) gCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTCTTAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCt > 1:53733/1‑149 (MQ=255) cgtcgtTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTgcg > 4:279999/1‑149 (MQ=255) ttACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTa > 3:233423/1‑149 (MQ=255) 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atgaGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCgg < 5:94539/149‑1 (MQ=255) aGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGc < 6:105456/148‑1 (MQ=255) cGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGAATGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGc < 3:51846/147‑1 (MQ=255) ccTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGc > 3:142438/1‑86 (MQ=255) ccTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGc < 4:142438/86‑1 (MQ=255) ccTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTgcgc < 6:166342/121‑1 (MQ=255) ccTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTgcgc > 5:166342/1‑121 (MQ=255) ctc‑tAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGa < 2:203019/149‑1 (MQ=255) tc‑tAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGaa > 3:100817/1‑149 (MQ=255) c‑tAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGcc > 7:271126/1‑104 (MQ=255) c‑tAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGcc < 8:271126/104‑1 (MQ=255) c‑tAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAt > 3:134383/1‑149 (MQ=255) aaTTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCg < 2:295083/118‑1 (MQ=255) aaTTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCg > 1:295083/1‑118 (MQ=255) tCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCggg > 5:226624/1‑131 (MQ=255) tCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCggg < 6:226624/131‑1 (MQ=255) tGATTTTCCCCGGGGACGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCAGCGAATGCTTTCt > 1:134293/1‑149 (MQ=255) aTTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTg > 3:137578/1‑148 (MQ=255) ccccGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATc > 5:115412/1‑148 (MQ=255) cccGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATcga < 4:134383/149‑1 (MQ=255) ccGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAAt < 1:162035/145‑1 (MQ=255) ccGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAAt > 2:162035/1‑145 (MQ=255) ccGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATcgag < 4:303334/149‑1 (MQ=255) 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> 8:240621/5‑149 (MQ=39) gCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTgg < 4:137578/148‑1 (MQ=255) aCCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTGGCt > 4:187063/1‑148 (MQ=255) cGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTg > 4:183131/1‑143 (MQ=255) cGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTg < 3:183131/143‑1 (MQ=255) ggCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTGGCTCAAc < 1:37719/149‑1 (MQ=255) | GTGCAGCAGCTGGACATGCTCGGCAAGTTCGACAACGATGCGCTACTGGCCCGTCGTTACGAGCGCCTGATGAGCTACGGCCTC‑TAATTCTGATTTGCCCCGGGGCCGTTTTGCGGCCCTTGTGATTGATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTATTGCGCTGCCCTTGAGGCTTGCGCCGTAC‑GTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCTTTCTGGAATCGAGCGAGGGCTAGATGATCAACCTCACTCCTTGGCTCAAC > NC_002947/1804509‑1804793 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |