Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,837,953 | A→C | 8.5% | D191A (GAC→GCC) ‡ | PP_1642 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,837,953 | 0 | A | C | 8.5% | 165.6 / 7.2 | 59 | D191A (GAC→GCC) ‡ | PP_1642 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/28); new base C (2/3); total (28/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.84e-01 |
TGGCCAAGCACGGCAACCAGTTGGGCGGGTTGTCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAAT > NC_002947/1837806‑1838099 | tGGCCAAGCACGGCAACCAGTTGGGCGGGTTGTCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGAc > 6:40435/1‑149 (MQ=255) cAAGCAGGGCAACCAGTTGGGCGGGTTGTCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACAGATGACATGGCAGCGGCTTTTATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTgg < 7:205157/149‑1 (MQ=255) gCACGGCAACCAGTTGGGCGGGTTGTCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAATGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGAAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGctc > 7:227208/1‑149 (MQ=255) gCACGGCAACCAGTTGGGCGGGTTGTCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCCACCAGCCAGGTCGCGCTGGctg < 7:49117/149‑2 (MQ=255) ggCAACCAGTTGGGCGGGTTGTCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGt < 5:40435/149‑1 (MQ=255) gCAACCAGTTGGGCGGGTTGTCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGGTCGCGCTGGctggtt > 4:51417/1‑143 (MQ=255) gCAACCAGTTGGGCGGGTTGTCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGGTCGCGCTGGctggtt < 3:51417/147‑5 (MQ=255) aaCCAGTTGGGCGGGTTGTCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTgca < 1:61113/149‑1 (MQ=255) gTTGGGCGGGTTGTCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGTAGCAgg < 7:186393/149‑1 (MQ=255) gTTGGGCGGGTTGTCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAgg > 4:83359/1‑149 (MQ=255) gCGGGTTGTCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTc < 3:83359/149‑1 (MQ=255) tCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGt < 7:83237/148‑1 (MQ=255) gcgcCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCa > 2:317821/1‑149 (MQ=255) cACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAAc > 8:175142/1‑137 (MQ=255) cACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATg > 6:67587/1‑147 (MQ=255) ggTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCa > 6:229408/1‑146 (MQ=255) gTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCagaga < 7:34606/149‑1 (MQ=255) ttGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAgcgg > 5:48141/1‑149 (MQ=255) aaGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCa < 5:44755/149‑1 (MQ=255) gACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTg > 5:218739/1‑116 (MQ=255) gACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTg < 6:218739/116‑1 (MQ=255) acacGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGTCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGTCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTg > 8:286141/1‑149 (MQ=255) cGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCg < 3:81495/149‑1 (MQ=255) gTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCgg > 3:227993/1‑149 (MQ=255) gTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCgg > 6:231228/1‑149 (MQ=255) ttCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGt < 1:317821/149‑1 (MQ=255) cATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGa > 8:167867/1‑149 (MQ=255) aTCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGa < 6:121033/148‑1 (MQ=255) cccGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGc > 5:171227/1‑149 (MQ=255) cgaccgaTGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGTAGGTGATCGTCATGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGt < 1:126430/138‑1 (MQ=255) aTGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCGTGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGca > 6:213683/1‑148 (MQ=255) gACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGGTCGCGCTGGctggt < 5:229794/72‑4 (MQ=37) gACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGGTCGCGCTGGctggt > 6:229794/1‑69 (MQ=37) gACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGTATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCacac > 1:32289/1‑149 (MQ=255) aCATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACAcc < 7:167867/149‑1 (MQ=255) gCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGTATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCaa < 2:32289/149‑1 (MQ=255) gCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCaa < 5:229408/149‑1 (MQ=255) gCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCa < 5:67587/148‑1 (MQ=255) aGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGAAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAAcc < 8:227208/149‑1 (MQ=255) cgTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCGTGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGa < 5:213683/149‑1 (MQ=255) gATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCt > 5:27268/1‑149 (MQ=255) cgcAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTgtgt > 7:153781/1‑149 (MQ=255) cAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTtgtg < 1:133595/146‑1 (MQ=255) cAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTtgtg > 2:133595/1‑146 (MQ=255) cAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTg < 5:169938/149‑1 (MQ=255) aTCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTc < 6:27268/149‑1 (MQ=255) aCAAGCAGCCAACCAGCCAGGGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAAGCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCgg < 3:314543/149‑1 (MQ=255) aCAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCAtt < 7:118350/123‑1 (MQ=255) aCAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCAtt > 8:118350/1‑123 (MQ=255) aCAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCgg < 4:227993/149‑1 (MQ=255) aCAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCgg > 3:280032/1‑149 (MQ=255) cAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCagg > 1:162212/1‑149 (MQ=255) aaGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCTCGGGc < 7:286141/149‑1 (MQ=255) agcCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCT‑GTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGcc > 3:96602/1‑149 (MQ=255) aaCCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGc > 3:79093/1‑149 (MQ=255) agcGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTCGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAg > 2:262184/1‑149 (MQ=255) gcgcGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCacac > 7:68116/1‑93 (MQ=255) gcgcGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCacac < 8:68116/93‑1 (MQ=255) cgACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAAt < 6:48141/149‑1 (MQ=255) | TGGCCAAGCACGGCAACCAGTTGGGCGGGTTGTCGGCGCCACGGTTCTTGCGCATGGTCGGCAAGGACACGTTCATCCCGACCGATGACATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAAT > NC_002947/1837806‑1838099 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |