Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,839,305 | C→T | 8.7% | A72T (GCC→ACC) | yfgD ← | arsenate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,839,305 | 0 | C | T | 8.7% | 128.5 / 2.5 | 46 | A72T (GCC→ACC) | yfgD | arsenate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/20); new base T (2/2); total (24/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01 |
GGGCGCGCTCACGGCAGGATCTCCAGCACCTTTTCCGGCGGGCGACCGACCACGGCCTTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTC > NC_002947/1839157‑1839452 | gggCGCGCTCACGGCAGGATCTCCAGCACCTTTTCCGGCGGGCGACCGACCACGGCCGTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGc > 3:1908/1‑149 (MQ=255) cgcgcTCACGGCAGGATCTCCAGCACCTTTTCCGGCGGGCGACCGACCACGGCCTTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAg < 4:174315/149‑1 (MQ=255) tCACGGCAGGATCTCCAGCACCTTTTCCGGCGGGCGACCGACCACGGCCTTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGtt > 4:238014/1‑147 (MQ=255) cAGGATCTCCAGCACCTTTTCCGGCGGGCGACCGACCACGGCCTTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCtt > 4:118945/1‑149 (MQ=255) cAGCACCTTTTCCGGCGGGCGACCGACCACGGCCTTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTc < 1:124590/147‑1 (MQ=255) gCACCTTTTCCGGCGGGCGACCGACCACGGCCTTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTcc > 6:199888/1‑149 (MQ=255) gcgggcgACCGACCACGGCCTTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGt > 2:212959/1‑135 (MQ=255) gcgggcgACCGACCACGGCCTTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGt < 1:212959/135‑1 (MQ=255) cgaccgacCACGGCCTTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGTCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCaa > 2:267537/1‑149 (MQ=255) gaccgaccACGGCCTTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAAc < 4:1908/149‑1 (MQ=255) ggtcggTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGc < 6:243428/144‑1 (MQ=255) ccTTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCg < 5:199888/149‑1 (MQ=255) cTTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGa > 5:30698/1‑149 (MQ=255) aaCCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGTCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGc < 1:267537/149‑1 (MQ=255) ggATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGc < 3:160427/149‑1 (MQ=255) tCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAgg > 5:159479/1‑149 (MQ=255) tCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGAGCCTGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTTCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTTCCGAGCAgg < 1:260320/149‑1 (MQ=255) gCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGcc > 8:45915/1‑149 (MQ=255) gTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCtt > 3:179033/1‑148 (MQ=255) gATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAggg > 5:236812/1‑149 (MQ=255) aTCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGcc < 3:300659/131‑1 (MQ=255) aTCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGcc > 4:300659/1‑131 (MQ=255) ggggTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCACTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTCCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGt > 2:5022/1‑149 (MQ=255) ggtggtGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTcg > 3:155682/1‑149 (MQ=255) ggTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTcg < 6:159479/149‑1 (MQ=255) gTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGTCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTcgg > 2:195673/1‑149 (MQ=255) cATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGcc < 6:88767/111‑1 (MQ=255) aTGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTc < 3:118945/149‑1 (MQ=255) tGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTcc < 6:236812/149‑1 (MQ=255) cTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAgg > 6:32609/1‑148 (MQ=255) cTCGATCAGTGGCGCGTCGGTCAGCGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGt < 1:323015/149‑1 (MQ=255) gATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGTCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAgc < 1:195673/149‑1 (MQ=255) gATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAgc > 2:96460/1‑149 (MQ=255) aTCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAgcg > 7:221585/1‑149 (MQ=255) tCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGt > 3:258007/1‑144 (MQ=255) tCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGt < 4:258007/144‑1 (MQ=255) gTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGc < 4:23235/101‑1 (MQ=255) gTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGc > 3:23235/1‑101 (MQ=255) gTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCAc > 4:266172/1‑148 (MQ=255) gTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCAc > 3:271029/1‑148 (MQ=255) tCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGNTCgg < 5:32609/149‑1 (MQ=255) tCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCgg < 8:221585/149‑1 (MQ=255) ggTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCgggg < 3:263800/149‑1 (MQ=255) aGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAg > 5:12796/1‑149 (MQ=255) gggTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCcgcg < 4:271029/149‑1 (MQ=255) gggTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGATTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGAGGGGTTTCCAGGTAGCGAACGATGGTCGGGGCCAGGCcgcg > 7:29472/1‑149 (MQ=255) gCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTc > 2:136682/1‑149 (MQ=255) | GGGCGCGCTCACGGCAGGATCTCCAGCACCTTTTCCGGCGGGCGACCGACCACGGCCTTGTCGCCGGCAACCAGGATCGGCCGTTCGATCAGTTTGGGGTGCTGGGCCATGGCCTCGATCAGTTGCGCGTCGGTCAGTGCCGGGTCGGCCAGGTTCAGCGCTTTATATTCGTCCTCGCCGCTGCGCAGCAACTGACGCGGGGCGATGCCCAGCTTGCCGAGCAGGGCCTTGAGGGTGTCCGCGTCGGGCGGGGTTTCCAGGTAGCGCACGATGGTCGGGGCCAGGCCGCGGGCTTC > NC_002947/1839157‑1839452 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |