Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,843,996 | T→G | 100% | E266D (GAA→GAC) | gacS ← | sensor protein GacS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,843,996 | 0 | T | G | 100.0% | 156.8 / NA | 47 | E266D (GAA→GAC) | gacS | sensor protein GacS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (25/22); total (25/22) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGG > NC_002947/1843856‑1844139 | ttttGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGt > 5:28220/1‑149 (MQ=255) tttGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGtt > 1:278598/1‑149 (MQ=255) gcagcaGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATCTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTc > 8:97222/1‑148 (MQ=255) aaGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCa < 6:28220/148‑1 (MQ=255) tGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTg < 8:269575/148‑1 (MQ=255) cagttgccGGATTTCGTGGGTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGGGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGt < 7:8852/139‑1 (MQ=255) gggTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATg < 7:225918/149‑1 (MQ=255) ggATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGAt < 7:44473/142‑1 (MQ=255) ggATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGAt > 8:44473/1‑142 (MQ=255) cGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGt > 4:144057/1‑149 (MQ=255) cGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCATTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTATCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGt > 5:266111/1‑149 (MQ=255) ccAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTc > 5:94488/1‑149 (MQ=255) cAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGtt < 6:221614/82‑1 (MQ=255) cAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGtt > 5:221614/1‑82 (MQ=255) cAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTgg > 8:143772/1‑94 (MQ=255) cAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTgg < 7:143772/94‑1 (MQ=255) aaCTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCa < 7:97222/148‑1 (MQ=255) tCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGt > 5:149949/1‑149 (MQ=255) tGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATg < 3:144057/149‑1 (MQ=255) cTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGc > 7:84030/1‑149 (MQ=255) tCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGc > 1:187394/1‑149 (MQ=255) tCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGcc > 3:99428/1‑149 (MQ=255) gTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTgg > 5:26451/1‑149 (MQ=255) ccTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGc < 6:26451/148‑1 (MQ=255) ccTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGc < 6:94488/148‑1 (MQ=255) tctTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGtt > 1:94043/1‑134 (MQ=255) tctTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGtt < 2:94043/134‑1 (MQ=255) tctTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGAt > 6:166338/1‑137 (MQ=255) tctTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGAt < 5:166338/137‑1 (MQ=255) cgcgcCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTc < 8:84030/149‑1 (MQ=255) gcgcCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTg < 1:233007/49‑1 (MQ=255) gcgcCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTg > 2:233007/1‑49 (MQ=255) ccA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGtt > 3:172285/1‑118 (MQ=255) ccA‑GCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGtt < 4:172285/118‑1 (MQ=255) cTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTGGTGGGCATTCTGGAGGGTTTCGGCGATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCGTGCTCATGGCTGc < 6:266111/149‑1 (MQ=255) ccGATCTTCTGGATGTCGATTTTTTCCAGGTTCTGTGGCAAGGCTTCTGTGGCGTGGGCGATGCTGTGGTTAAGTTCTTCGTGTGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTTATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATtgctgc < 8:241060/147‑1 (MQ=255) cGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTACGTGGGCATTCGGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCACATGGCTTcc > 8:39136/1‑148 (MQ=255) aTGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCg < 7:80544/129‑1 (MQ=255) aTGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGAAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCg > 8:80544/1‑129 (MQ=255) ggtgtGGATGGCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTGTTCGGTGGCCTGGTCGCTGCTGTGTTGCATTTATTCGTGGGCATTCTGCATGGTTTCGGCCATGCGGTTGTTGCCGTGGGCCAGGTCGGCCAGCTCCTGGCTGCCCATg < 2:187394/144‑1 (MQ=255) gatCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGCCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTAGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGACATGCGGTAGATGCCGTGGGCAAGTTCGTCCAGCTCAATGCTGCCCATgg > 3:140799/3‑149 (MQ=255) tCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTc > 2:111800/1‑149 (MQ=255) tGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATgg > 7:62661/1‑145 (MQ=255) tGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATgg < 8:62661/145‑1 (MQ=255) gATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATg < 3:196648/97‑1 (MQ=255) gATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATg > 4:196648/1‑97 (MQ=255) gATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCgg > 8:273863/1‑147 (MQ=255) | TTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCA‑GCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGG > NC_002947/1843856‑1844139 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |