Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,874,502 | G→A | 7.4% | A271A (GCG→GCA) | cobU → | nicotinate‑nucleotide‑‑dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,874,502 | 0 | G | A | 7.4% | 156.0 / 2.3 | 54 | A271A (GCG→GCA) | cobU | nicotinate‑nucleotide‑‑dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/26); new base A (2/2); total (26/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCTGCATGGCCTGCGTGCTGAAGACCCGTTGCAGGCACTGGCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAGGCCGAGCCCTTGCTGGCCTTGGGCTTGCGCCTGGGTG > NC_002947/1874355‑1874638 | ccTGCATGGCCTGCGTGCTGAAGACCCGTTGCAGGCACTGGCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTgcgc > 4:227837/1‑149 (MQ=255) gCTGAAGACCCGTTGCAGGCACTGGCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCt > 6:72073/1‑149 (MQ=255) cTGAAGACCCGTTGCAGGCACTGGCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTc < 2:142373/149‑1 (MQ=255) gAAGACCCGTTGCAGGCACTGGCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCaa > 7:84875/1‑149 (MQ=255) gACCCGTTGCAGGCACTGGCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAAccc > 3:163240/1‑149 (MQ=255) aCCCGTTGCAGGCACTGGCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCg < 5:290806/149‑1 (MQ=255) gTTGCAGGCACTGGCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAgt < 5:142592/149‑1 (MQ=255) cAGGCACTGGCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGt < 1:115999/128‑1 (MQ=255) cAGGCACTGGCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGt > 2:115999/1‑128 (MQ=255) gCACTGGCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGc > 6:181527/1‑149 (MQ=255) gCACTGGCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGc < 5:181527/149‑1 (MQ=255) gcctgtgGTGGCGGTTTCCACACCGCGGCGGTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGc < 6:127192/145‑1 (MQ=255) gCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAgt > 1:256914/1‑136 (MQ=255) gCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAgt < 2:256914/136‑1 (MQ=255) gCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCt < 5:72073/149‑1 (MQ=255) ttGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCtgt > 7:8943/1‑149 (MQ=255) ttGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCtgt > 6:251385/1‑149 (MQ=255) tgtTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCtgttgt < 1:280587/149‑1 (MQ=255) ttGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGAAGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGTCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGCCTGTTGTTc > 4:240849/1‑149 (MQ=255) ggCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTgttgttgg < 3:240849/148‑3 (MQ=255) ggCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCg < 6:231419/148‑1 (MQ=255) gagaTCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTgttgtt < 8:278179/137‑1 (MQ=255) gagaTCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTgttgtt > 7:278179/1‑137 (MQ=255) gagaTCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAggg > 5:282560/1‑149 (MQ=255) gagaTCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAgg < 7:188316/148‑1 (MQ=255) agaTCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGTTCACCAgggg < 3:60740/149‑1 (MQ=255) gaTCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAggggg < 8:8943/149‑1 (MQ=255) gaTCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAggggg > 6:261911/1‑149 (MQ=255) tCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCt > 6:249958/1‑149 (MQ=255) gcggcgTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCt > 6:238000/1‑147 (MQ=255) cggcgTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAg > 8:195091/1‑149 (MQ=255) ggcgTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGc > 6:140775/1‑149 (MQ=255) ttGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTgttgtt < 3:84184/125‑1 (MQ=255) ttGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTgttgtt > 4:84184/1‑125 (MQ=255) ttGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTgg > 6:223757/1‑149 (MQ=255) tGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTggg < 5:261911/149‑1 (MQ=255) tGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTggg < 5:251385/149‑1 (MQ=255) ggggCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACaa < 5:236167/149‑1 (MQ=255) ccTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGAcc < 5:249958/149‑1 (MQ=255) cgcgcAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTgctgcgc < 4:163240/149‑1 (MQ=255) gcgcAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGTGCACAAGACCTTGCTTgctgcgct > 6:111913/1‑149 (MQ=255) gcgcAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTgctgcgct > 3:206583/1‑149 (MQ=255) gtgtCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAGGCCGAg < 8:84875/149‑1 (MQ=255) tgtCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCACTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAg < 7:220955/142‑1 (MQ=255) tgtCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCACTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAg < 7:225186/142‑1 (MQ=255) tgtCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCACTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAg > 8:220955/1‑142 (MQ=255) tgtCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCACTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAg > 8:225186/1‑142 (MQ=255) cACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAGGCCGAGCCCt > 2:185206/1‑149 (MQ=255) ggTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAGGCCGAGCCCTTGc > 8:8509/1‑149 (MQ=255) gtggATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCTCTGCAGGCCGAGCCCTTGCTGGCCtt > 6:269621/1‑149 (MQ=255) gtggATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAGGCCGAGCCCTTGCTGGCCtt > 7:278282/1‑149 (MQ=255) gATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAGGCCGAGCCCTTGCTGGCCTTgg < 5:269621/148‑1 (MQ=255) tATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAGGCCGAGCCCTTGCTGGCCTTGGGCTTgcgc < 5:140775/148‑1 (MQ=255) cAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAGGCCGAGCCCTTGCTGGCCTTGGGCTTGCGCCTGGGt < 5:238000/148‑1 (MQ=255) cAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAGGCCGAGCCCTTGCTGGCCTTGGGCTTGCGCCTGGGTg < 3:227837/149‑1 (MQ=255) | CCTGCATGGCCTGCGTGCTGAAGACCCGTTGCAGGCACTGGCTTGTGTTGGCGGTTTCGAGATCGCGGCGTTGGCGGGGGCCTACCTCGGTTGCGCGCAGGCGGGTGTCACGGTGCTGGTGGATGGCTTTATCTGCAGTGTCGCTGCGCTCGTGGCAGTGCGCCTCAACCCGCAGTGTCGAGCCTGGCTGTTGTTCGCTCACCAGGGGGCTGAGCCTGGGCACAAGACCTTGCTTGCTGCGCTGCAGGCCGAGCCCTTGCTGGCCTTGGGCTTGCGCCTGGGTG > NC_002947/1874355‑1874638 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |