| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,963,796 | A→T | 11.7% | N3I (AAT→ATT) | yegE → | phosphodiesterase domain‑containing diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,963,796 | 0 | A | T | 11.7% | 152.0 / 11.4 | 60 | N3I (AAT→ATT) | yegE | phosphodiesterase domain‑containing diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/29); new base T (3/4); total (27/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
CCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCCGTCGTGGTCCTTCAGGTGGCGCT > NC_002947/1963658‑1963943 | ccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGc > 4:195840/1‑149 (MQ=255) cgcgAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATg < 7:5421/140‑1 (MQ=255) cgcgAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATg > 8:5421/1‑140 (MQ=255) cgAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGTAGGCCATTTGCCATCGCtgt < 1:59482/149‑1 (MQ=25) gAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGTAGGCCATTTGCCATCGCtgtg < 8:293050/149‑1 (MQ=25) acGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAGGTACCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTAAGCTGTGCTTg > 1:107730/1‑149 (MQ=37) gggCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTc > 4:253015/1‑149 (MQ=255) cGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTgg > 6:61220/1‑149 (MQ=255) gAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACACCGTCCCCGAGGCCGGGTCAAAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTggg > 1:104738/1‑149 (MQ=37) gAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTggg < 5:64713/149‑1 (MQ=255) cGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCCACAGCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGAt < 1:107951/149‑1 (MQ=39) gTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGAttt < 3:253015/149‑1 (MQ=255) ccATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTAc < 4:252906/148‑1 (MQ=255) ccATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACg < 5:61220/149‑1 (MQ=255) ccATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACg < 5:111005/149‑1 (MQ=255) aTCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGcc > 5:278308/1‑149 (MQ=255) tCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGTAGGCCATTTGCCATCGCtgt < 8:292163/125‑1 (MQ=37) tCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGTAGGCCATTTGCCATCGCtgt > 7:292163/1‑125 (MQ=37) aCCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTAt < 3:55477/149‑1 (MQ=255) tgtATTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCTCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGGCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGctct < 3:38900/149‑1 (MQ=255) tcttctTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCtgt < 4:175591/149‑1 (MQ=255) ttcttcGCGGGTAAC‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTTTCTGCTCTGTGa > 3:29140/1‑149 (MQ=255) ttcttcGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGa > 3:180128/1‑149 (MQ=255) tcGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAgg > 7:23137/1‑149 (MQ=255) cgcgGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACa < 6:321175/146‑1 (MQ=255) ggTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCATTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTCTATGCTATTTGACAGGGACTc > 8:258796/1‑149 (MQ=255) gTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGAt > 6:233300/1‑117 (MQ=255) gTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGAt < 5:233300/117‑1 (MQ=255) aaa‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAgg > 4:227206/1‑141 (MQ=255) aaa‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAgg < 3:227206/141‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATg > 3:72431/1‑147 (MQ=255) cctcTCCTACAATATCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACATCGATGGCAAATGGCCTACGCTGAGCTTGTCTGGGTCGATTTACGc < 7:201688/114‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCAGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGc > 8:201688/1‑117 (MQ=255) cGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAgg < 1:298403/149‑1 (MQ=255) aTAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGca > 3:298170/1‑148 (MQ=255) tAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGcaca < 3:195840/149‑1 (MQ=255) ccAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTc < 4:180128/149‑1 (MQ=255) aTACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAgcgc < 3:271042/149‑1 (MQ=255) aTACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAgcgc > 7:161591/1‑149 (MQ=255) gCTGTAGTAATTCGCCGATTCCTTGTCATAATAATCCCGTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTTCGGTGTTCTTGTATGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGTGACTCGATGAATTGAGATCGCACACTCGAAGGGCCatt < 4:29140/149‑3 (MQ=255) gCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGcc > 3:194666/1‑92 (MQ=255) gCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGcc < 4:194666/92‑1 (MQ=255) gCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCaaa < 6:248991/149‑1 (MQ=255) aaaTTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTc < 6:278308/149‑1 (MQ=255) aaaTTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTc < 4:298170/149‑1 (MQ=255) ccGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCa > 7:57468/1‑149 (MQ=255) ttGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTGTGTGACAGGGACTACATGATGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCt > 3:39229/1‑149 (MQ=255) tCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCttt < 8:161591/148‑1 (MQ=255) aTAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCa > 4:229100/1‑120 (MQ=255) aTAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCa < 3:229100/120‑1 (MQ=255) aTAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCAt > 8:76797/1‑149 (MQ=255) aaaaaTCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCg > 5:200874/1‑149 (MQ=255) cccTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCcgtcgt < 4:150985/149‑1 (MQ=255) ccTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCCGTCGTg < 6:200874/149‑1 (MQ=255) tCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCCGTCGTGGt > 3:272703/1‑149 (MQ=255) agcacaGCGTAGGCCATTTGCCATCGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCCGTCGTGGt > 7:179866/3‑149 (MQ=255) gcacaGCGTAGGCCATTTGCCATCGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGc < 6:215324/138‑1 (MQ=255) gcacaGCGTAGGCCATTTGCCATCGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGc > 5:215324/2‑139 (MQ=255) aGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCCGTCGTGGTCCTTc < 8:57468/149‑1 (MQ=255) aGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCCGTCGTGGTCCTTc < 2:104738/149‑1 (MQ=255) aaTGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCCGTCGTGGTCCTTCAGGTGGCGCt < 8:23137/149‑1 (MQ=255) aaTGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCCGTCGTGGTCCTTCAGGTGGCGCt < 4:72431/149‑1 (MQ=255) | CCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCGCGGTGTCTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAATAGCCAGCGCATACGCTGTACAAATTCCCCGATTCCTTGTCATAAAAATCCCCTCCACAGCGATGGCAAATGGCCTACGCTGTGCTTGTCTGGGTCGATTTACGCCTTATCTGCTCTGTGACAGGGACTCCATGAAGGGACATCGCACACTCGAAGCGCCAAAGTTGCTCGGCATCACCTGGCCTTTCATCGCCGTCGTGGTCCTTCAGGTGGCGCT > NC_002947/1963658‑1963943 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |