Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,112,033 | G→A | 6.9% | N751N (AAC→AAT) ‡ | PP_1882 ← | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,112,033 | 0 | G | A | 6.9% | 171.0 / 2.1 | 58 | N751N (AAC→AAT) ‡ | PP_1882 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/23); new base A (2/2); total (33/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.63e-01 |
AGCCAGGTCTCGGTCTTGCCACTGATGGCCCGTGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGCAGCCAGTCGGTAACGCTCTCCTGTATCC > NC_002947/2111890‑2112181 | aGCCAGGTCTCGGTCTTGCCACTGATGGCCCGTGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGc < 2:104217/148‑1 (MQ=255) gCCAGGTCTCGGTCTTGCCACTGATGGCCCGTGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCg < 7:67628/149‑1 (MQ=255) tcGGTCTTGCCACTGATGGCCCGTGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTc > 1:133772/1‑149 (MQ=255) ggTCTTGCCACTGATGGCCCGTGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTcc < 6:256574/148‑1 (MQ=255) gTCTTGCCACTGATGGCCCGTGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAg > 2:179656/1‑149 (MQ=255) gCCACTGATGGCCCGTGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCggg > 8:91413/1‑139 (MQ=255) gCCACTGATGGCCCGTGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCggg < 7:91413/139‑1 (MQ=255) cACTGATGGCCCGTGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTtg > 5:252159/1‑149 (MQ=255) cTGATGGCCCGTGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTG < 7:187645‑M1/149‑1 (MQ=255) cGTGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCAc < 6:252159/149‑1 (MQ=255) gTGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCAcg < 2:302787/149‑1 (MQ=255) tGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCAcgt > 1:7456/1‑149 (MQ=255) gCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCGGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGCTTTCAGTCTCCCGCCTGCTCGCCAGCTGTACCGAAGCGGGCCCTGGTGATCGGCGTTGCGGATCGGGTCCAGATCGTTGTGCTGCTCCCcgtc > 8:210727/1‑149 (MQ=255) cTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTCCGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTATCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCAAcgtcgt > 1:155575/1‑149 (MQ=255) ggATCGGACGTTCATGCCGGTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGa < 4:146111/149‑1 (MQ=255) tCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCaccatcggcccggacgacgtg > 3:265776‑M1/1‑127 (MQ=255) cGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGACCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGATGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGt > 8:232148/1‑149 (MQ=255) gACGGTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGCGCCGA‑‑TGGTgc > 6:300346‑M2/1‑147 (MQ=255) tGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCaccatcggcccggacgacgtggagcagcacaac < 1:179656‑M1/149‑34 (MQ=255) tGCCGTTGCGGTTCACCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCATCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGCTGATCGGCGTTGCCGATCGGCTCCAGTACGTAGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGc > 4:160367/1‑149 (MQ=255) cGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCACCA‑‑TCGGCCCGGACGACGTGGAgcagcacaacgtactgga > 4:265776‑M2/1‑131 (MQ=255) ggTTCAGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAg > 7:291302/1‑149 (MQ=255) gCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑tcgtcg > 6:310405/1‑149 (MQ=255) aCCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCaccatcggcccggacgacgtggagcagcacaa > 3:134292‑M1/1‑99 (MQ=255) aCCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCaccatcggcccggacgacgtggagcagcacaa < 4:134292‑M1/131‑33 (MQ=255) gggATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGttttt > 3:238529/1‑149 (MQ=255) ggATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGcc > 3:287116/1‑126 (MQ=255) ggATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGcc < 4:287116/126‑1 (MQ=255) cAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTAcc < 5:310405/148‑1 (MQ=255) aGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAg > 2:71993/1‑149 (MQ=255) gTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCg < 7:216308/93‑1 (MQ=255) gTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCg > 8:216308/1‑93 (MQ=255) gTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAgg < 4:238529/149‑1 (MQ=255) ccGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTa < 2:65451/125‑1 (MQ=255) ccGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTa > 1:65451/1‑125 (MQ=255) ccGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAg > 8:24857/1‑149 (MQ=255) tcGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTActgct > 4:187717/1‑149 (MQ=255) cTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAGCTCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCtt < 1:71993/149‑1 (MQ=255) cTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑tcgtcg < 8:302814/108‑1 (MQ=255) cTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑tcgtcg > 7:302814/1‑108 (MQ=255) tGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTg > 8:213247/1‑148 (MQ=255) tAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGc < 7:213247/147‑1 (MQ=255) gCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGCAGc < 8:86863/148‑1 (MQ=255) gCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGCAGc > 7:86863/1‑148 (MQ=255) cGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGCAGc > 7:304254/1‑147 (MQ=255) aaTGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGCAGCCAGt < 7:232148/149‑1 (MQ=255) gcCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGCAGCCAGTCg < 7:208636/145‑1 (MQ=255) gcCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGCAGCCAGTCg > 8:208636/1‑145 (MQ=255) cccgATCGGCAACGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGc > 2:299194/4‑131 (MQ=255) cccgATCGGCAACGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGc < 1:299194/128‑1 (MQ=255) gTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAg < 6:58325/82‑1 (MQ=255) gTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAg > 5:58325/1‑82 (MQ=255) tGATCGGGGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACGGCGTTTTTGTTACGAGGTGCAGGTACTGCCGGGCTTGCAGCCAGTCGGTAACGCtctc < 2:155575/149‑1 (MQ=255) gATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGCAGCCAGTCGGTAACGCTCTcc > 6:259586/1‑149 (MQ=255) gATCGGCAACGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCggg < 8:198649/53‑1 (MQ=255) gATCGGCAACGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCggg > 7:198649/1‑53 (MQ=255) tCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACATCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGCAGCCAGTCGGTAACGCTCTCCTg > 5:178262/1‑149 (MQ=255) gCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGCAGCCAGTCGGTAACGCTCTCCTGTAt > 5:131112/1‑149 (MQ=255) gTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGCAGCCAGTCGGTAACGCTCTCCTGTATcc < 8:291302/149‑1 (MQ=255) | AGCCAGGTCTCGGTCTTGCCACTGATGGCCCGTGCCTGGCGGGTGGATCGGACGTTCATGCCGTTGCGGTTCTGCACCTGGGGTCGGGATTTCAGTCTCCCGCCTTCTCGCCAGCTGTAGCGAATGGCGCCCTGGTGATCGGCGTTGCCGATCGGGTCCAGTACGTTGTGCTGCTCCACGTCGTCCGGGCCGA‑‑TGGTGCAGCATTGCTCGCCCCAG‑TCGTCGTACCGCGTTTTTGTTACCAGGTGCAGGTACTGCTGGGCTTGCAGCCAGTCGGTAACGCTCTCCTGTATCC > NC_002947/2111890‑2112181 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |