Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,134,271 | A→C | 9.5% | intergenic (‑37/+32) | PP_1892 ← / ← fadE | hypothetical protein/medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,134,271 | 0 | A | C | 9.5% | 121.0 / 4.1 | 42 | intergenic (‑37/+32) | PP_1892/fadE | hypothetical protein/medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/17); new base C (2/2); total (22/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
GGAACAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGG > NC_002947/2134123‑2134412 | ggAACAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGTAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGa < 1:47499/149‑1 (MQ=255) ggAACAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGa < 8:216019/149‑1 (MQ=255) gAACAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAg > 2:136816/1‑149 (MQ=255) gCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATTTTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCGTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGCGtataata > 7:198648/1‑146 (MQ=255) gCGGGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGCGTATAc < 8:198648/147‑1 (MQ=255) ttctGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGtt > 4:181930/1‑149 (MQ=255) tGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTtct > 7:251540/1‑149 (MQ=255) ctgctctgctTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGaa < 6:221227/149‑1 (MQ=255) ctctgctTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAgg > 3:16217/1‑148 (MQ=255) 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(MQ=255) gggggCGGCGTATACTCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTg > 6:42540/1‑130 (MQ=255) ggggCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCgg > 4:261387/1‑149 (MQ=255) | GGAACAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGG > NC_002947/2134123‑2134412 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |