Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,144,381 | G→C | 7.1% | V244L (GTG→CTG) | lpxK → | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,144,381 | 0 | G | C | 7.1% | 175.5 / 3.9 | 56 | V244L (GTG→CTG) | lpxK | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/25); new base C (2/2); total (29/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 |
TGAGGCTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCTTCAGCCCGCCACTGCCGCTGGTC > NC_002947/2144233‑2144518 | tGAGGCTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCgg > 8:270369/1‑149 (MQ=255) ttgCTGACGCGGGGCTGTTCAACGGCGCCAGGGTAGACCGCACCGATTGTTTCGGGTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGGGAGCGCCGT‑‑‑GCGGTCGAACATTTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGt < 1:28322/147‑1 (MQ=255) ggCTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCACCGGCCACCGCATGCAGGCGCTgg > 3:303859/1‑149 (MQ=255) gACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCgg < 1:247740/149‑1 (MQ=255) aCGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCCGCGCCTGCATGCGGTGGCCgg > 2:269011/1‑148 (MQ=255) cgcgGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCACCGCATGCAGGCGCTGGCCggcg < 4:41778/149‑3 (MQ=255) gcgGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCACCGGCCACCGCATGCAGGCGCTGGCCggcgg < 4:303859/149‑4 (MQ=255) ggTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGGACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCg > 1:26437/1‑149 (MQ=255) aCGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCg < 4:208561/138‑1 (MQ=255) aCGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCg > 3:208561/1‑138 (MQ=255) cAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTttct > 1:297593/1‑149 (MQ=255) aGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCgg < 1:91769/131‑1 (MQ=255) aGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCgg > 2:91769/1‑131 (MQ=255) aGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTttctt < 3:129932/149‑1 (MQ=255) gCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTttcttc < 3:16846/149‑1 (MQ=255) gCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTttcttc < 2:34674/149‑1 (MQ=255) gAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCaa < 2:297593/149‑1 (MQ=255) aTGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTgggg > 6:235838/1‑149 (MQ=255) ggtttcggtttcTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGc > 5:216740/1‑148 (MQ=255) ggtttcggtttcTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGc > 1:95911/1‑148 (MQ=255) gtttcTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACAcc < 8:231113/131‑1 (MQ=255) gtttcTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TATCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACAcc > 7:231113/1‑131 (MQ=255) ggcAGCGGTCGGGCCTTGTCACCGTTGGGACTGGCGAGTGCCGTCTACCCCGCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCg < 1:269011/148‑1 (MQ=255) cAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGcc < 1:87784/149‑1 (MQ=255) gCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCg < 8:216658/85‑1 (MQ=255) gCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCg > 7:216658/1‑85 (MQ=255) ccTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGGCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCg < 7:270369/149‑1 (MQ=255) gTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGa > 3:139525/1‑149 (MQ=255) aCGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCAt < 5:235838/149‑1 (MQ=255) gcACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATc < 1:192711/129‑1 (MQ=255) gcACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATc > 2:192711/1‑129 (MQ=255) aCTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTCCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGtt > 3:91909/1‑149 (MQ=255) gCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCg > 6:130964/1‑132 (MQ=255) gCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCg < 5:130964/132‑1 (MQ=255) gAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGc > 7:160528/1‑149 (MQ=255) gcgcCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACGCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGccc < 4:139525/149‑1 (MQ=255) cgcCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCg < 2:26437/149‑1 (MQ=255) cGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAg > 4:244563/1‑149 (MQ=255) cGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGAGCTCAACTGGCAGCCGGTGCCTCAAACCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAg > 4:13831/1‑149 (MQ=255) gcTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTgg > 1:16543/1‑149 (MQ=255) cTCGACCT‑TTTCCGCGCCGTCCAGCGCCTGCATGCTGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGc < 4:91909/149‑1 (MQ=255) aCCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCtt > 4:137042/1‑148 (MQ=255) aCCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCtt > 4:154855/1‑148 (MQ=255) ccA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGtt < 1:111793/126‑1 (MQ=255) ccA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGtt > 2:111793/1‑126 (MQ=255) cA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCTTCAg < 8:160528/149‑1 (MQ=255) tCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCTTCAGCCCg > 3:222358/1‑149 (MQ=255) cccGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCTTCAGCCCGc > 3:142224/1‑148 (MQ=255) ccgccgGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCTTCAGCCCGCCa > 7:285831/1‑149 (MQ=255) accgGCCACCGCATGCAGGCGCTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCTTCAGCCCGCCACt > 1:132996/2‑149 (MQ=255) ccgGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCTTCAGCCCGCCACTg > 2:222889/1‑149 (MQ=255) gcgcCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCTTCAGCCCGCCACTGCCGCTgg < 2:110948/149‑1 (MQ=255) gcCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCTTCAGCCCGCCACTGCCGCTGGTc < 6:331499/149‑1 (MQ=255) gCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCTTCAGCCCGCCACTGCCg > 7:179196/1‑139 (MQ=255) gCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCTTCAGCCCGCCACTGCCg < 8:179196/139‑1 (MQ=255) cATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGc < 4:256779/119‑1 (MQ=255) cATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGc > 3:256779/1‑119 (MQ=255) | TGAGGCTGACGCGGTGCTGTTCAACGGCGCCAGCGAAGACCGCACCGATGGTTTCGGTTTCTGCCTGCAGCCGTCGGCCCTGGTCAACGTGCGCACTGGCGAGCGCCGT‑‑‑GCGCTCGACCA‑TTTCCCCGCCGGCCAGCGCCTGCATGCGGTGGCCGGTATCGGCAACCCGCAACGTTTCTTCAACACCCTGCTGGGGCTAAACTGGCAGCCGGTGCCGCATCCCTTCGCCGACCATGCGCAGTTCAGTGCCCGGAGCCTGGCCTTCAGCCCGCCACTGCCGCTGGTC > NC_002947/2144233‑2144518 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |