Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,170,135 | G→A | 7.7% | R132C (CGC→TGC) | PP_1923 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,170,135 | 0 | G | A | 7.7% | 151.5 / 3.1 | 52 | R132C (CGC→TGC) | PP_1923 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/25); new base A (2/2); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
CAGACCTTAGAGCAAACGCATCGCGATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGGTCGTCTTCCTTTCTCTTGAAGAAGCCGTCCTTGCGAGGGCTGTCCCAGAGAAGCCGCTC > NC_002947/2169991‑2170282 | cAGACCTTAGAGCAAACGCATCGCGATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGc < 4:213372/148‑1 (MQ=255) aGACCTTAGAGCAAACGCATCGCGATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGa > 2:322263/1‑149 (MQ=255) ttAGAGCAAACGCATCGCGATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTAc > 4:301055/1‑149 (MQ=255) gagCAAACGCATCGAGATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTc < 5:30678/148‑1 (MQ=255) gCAAACGCATCGCGATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAg < 3:251030/149‑1 (MQ=255) aaCGCATCGCGATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGttt > 4:172760/1‑149 (MQ=255) cGCATCGCGATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGttttt < 1:164419/149‑1 (MQ=255) cATCGGGATTCGCGACCAGGGCTAAGATGCAGAATTGGTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGTGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTc < 1:150985/149‑1 (MQ=255) cATCGCGATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTc < 1:322263/149‑1 (MQ=255) aTCGCGATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTcc > 8:302947/1‑149 (MQ=255) aTCGCGATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTcc > 6:281815/1‑149 (MQ=255) tCGCGATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCct > 1:45364/1‑149 (MQ=255) gcgATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCctc < 3:172760/148‑1 (MQ=255) cgATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTTAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCtctc < 5:281815/149‑1 (MQ=255) cgATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCtctc < 3:301055/149‑1 (MQ=255) aTTCGGGACCCCGGCTATGATGCAGTATTGCTGGTAGGTAAGAGTGTCGGCTTTCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCTGGCTGGAAGTCTGTCTTGAAGACGAGGGTGGTGAAGAACCGGGCTATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGt < 4:46525/149‑1 (MQ=255) cgACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTcc > 5:109938/1‑149 (MQ=255) ccACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCtcgtgctcgtgc > 2:46622/1‑149 (MQ=255) gCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAag > 4:20270/1‑147 (MQ=255) ttGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGc > 1:32005/1‑149 (MQ=255) gtaggtaAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGa < 2:32005/149‑1 (MQ=255) taggtaAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGaa < 3:20270/149‑1 (MQ=255) gtaAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCttt < 1:294155/123‑1 (MQ=255) gtaAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCttt > 2:294155/1‑123 (MQ=255) gtaAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGAt > 1:280081/1‑149 (MQ=255) taAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCt > 8:46537/1‑140 (MQ=255) taAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCt < 7:46537/140‑1 (MQ=255) gagTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCAGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGc < 6:185605/124‑1 (MQ=255) gagTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCAGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGc > 5:185605/1‑124 (MQ=255) tcGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGa < 6:96173/79‑1 (MQ=255) tcGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGa > 5:96173/1‑79 (MQ=255) tcGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCATCAcc > 5:203863/1‑149 (MQ=255) cGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCaa < 1:256082/120‑1 (MQ=255) cGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCaa > 2:256082/1‑120 (MQ=255) tCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGagag > 4:127379/1‑149 (MQ=255) aGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTg > 5:136874/1‑149 (MQ=255) aGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGgtc < 2:45364/149‑1 (MQ=255) aGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGgtc < 3:127379/149‑1 (MQ=255) ttGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGGTCGTCTTc < 1:46622/149‑1 (MQ=255) gCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCt < 5:203731/108‑1 (MQ=255) gCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCt > 6:203731/1‑108 (MQ=255) gCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGGTCGTCTTCCtt > 8:57546/1‑149 (MQ=255) ggTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGGTCGTCTTCCTTTCTCTTGAAGAAGCCGTcc < 7:302947/148‑1 (MQ=255) gTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGGTCGTCTTCCTTTCTCTTGAAGAAGCCGTCCtt < 7:57546/149‑1 (MQ=255) aGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGGTCGTCTTCCTTTCTCTTGAAGAAGCCGTCCTTGCGAggg > 1:35624/1‑149 (MQ=255) aCGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGGTCGTCTTCCTTTCTCTTGAAGAAGCCGTCCTTGCGAGGGCt < 2:280081/149‑1 (MQ=255) ttGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGGTCGTCTTCCTTTCTCTTGAAGAAGCCGTCCTTGCGAGGGCTGTCCCa < 6:136874/149‑1 (MQ=255) gTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGGTCGTCTTCCTTTCTCTTGAAGAAGCCGTCCTTGCGAGGGCTGTCCCa > 8:290085/1‑146 (MQ=255) aagCAGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCtt > 6:296532/1‑64 (MQ=255) aagCAGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCtt < 5:296532/64‑1 (MQ=255) agCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGGTCGTCTTCCTTTCTCTTGAAGAAGCCGTCCTTGCGAGGGCTGTCCCAGAGAAGCCGc < 2:35624/149‑1 (MQ=255) cGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGGTCGTCTTCCTTTCTCTTGAAGAAGCCGTCCTTGCGAGGGCTGTCCCAGAGAAGCCGCTc > 8:24142/1‑149 (MQ=255) gggCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTc < 4:253477/70‑1 (MQ=255) gggCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTc > 3:253477/1‑70 (MQ=255) | CAGACCTTAGAGCAAACGCATCGCGATTCGCGACCACGGCTAAGATGCAGAATTGCTGGTAGGTAAGAGTCTCGGCGATCGCGAGCAGGTGATTGGCCTCAGCGGGCTGGAAGTCGGTCTTGAAGACGAGGTTGGTGAAGAAGCGGGCGATGTACTCCAGTTTTTTCCTCTCGTGCTCCTGCTTTGCGGCAAGCAGCACGCCTTCGAAGATTTCCTCACCTGGAGAGGGTTGGTCGTCTTCCTTTCTCTTGAAGAAGCCGTCCTTGCGAGGGCTGTCCCAGAGAAGCCGCTC > NC_002947/2169991‑2170282 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |