Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,233,076 | A→T | 10.8% | intergenic (+36/+195) | PP_1971 → / ← PP_t63 | hypothetical protein/tRNA‑Asn |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,233,076 | 0 | A | T | 10.8% | 112.1 / 2.2 | 43 | intergenic (+36/+195) | PP_1971/PP_t63 | hypothetical protein/tRNA‑Asn |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/15); new base T (2/3); total (25/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AACTGGTGGAGCTGGCGGTGCCGCATGTGATCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTCCAGC > NC_002947/2232943‑2233219 | aaCTGGTGGAGCTGGCGGTGCCGCATGTGATCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAcc > 1:19876/1‑149 (MQ=255) ggtggAGCTGGCGGTGCCGCATGTGATCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTAGAACAGGGTGGACTAATAAACAATAAAAAAAATTGATTGAGGCCTCGGTTGGCGATGCCGGCTTGTGCGAGGGTAAACCCGATCATCCACCGGAt > 6:158354/1‑149 (MQ=255) tggAGCTGGCGGTGCCGCATGTGATCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTTTACCCGcgaag > 3:137784/1‑134 (MQ=255) tggAGCTGGCGGTGCCGCATGTGATCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTTTACCCGcgaag < 4:137784/138‑5 (MQ=255) gTGCCGCATGTGATCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGgtgg‑tg < 8:224204/144‑1 (MQ=255) gTGCCGCATGTGATCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGgtgg‑tg > 7:224204/1‑144 (MQ=255) tgttCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCTTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTATCCCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCggtg < 5:309350/145‑1 (MQ=255) aTCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGAcacaca < 7:118420/140‑1 (MQ=255) aTCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACACGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGAcacaca > 8:118420/1‑140 (MQ=255) tCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTTAACCCCCAGCCAAACCGGATGGGGTG‑GGGCAACACAACGGTGGTTg > 5:221147/1‑149 (MQ=255) ggggAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGtt > 1:221154/1‑143 (MQ=255) ggggAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGtt < 2:221154/143‑1 (MQ=255) gggTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGc > 7:251590/1‑149 (MQ=255) ttgtgTAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCgg < 6:329147/148‑1 (MQ=255) tgtgGCGCCGGGGGGCTTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGAGGGTATACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCggg < 5:158354/149‑1 (MQ=255) ggAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGtt > 8:271960/1‑148 (MQ=255) gAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacac < 4:61315/90‑1 (MQ=255) gAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacac > 3:61315/1‑90 (MQ=255) gAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGGTTa > 5:192259/1‑149 (MQ=255) aGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTAc < 2:192430/149‑1 (MQ=255) 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gCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCcgcccgcc > 1:252268/1‑149 (MQ=255) gCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAAACCCCTCCTAAAACGGAAGGGTGGTTGGAC‑CACAAAAGTGGTTGAACACAGGGCGGCGTATGAACGGGTTTACCCGCGAAAGGGGCCGGCCTGCTGGCCAAAATCcccccgcc > 6:207725/1‑149 (MQ=19) ctctGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGt < 7:271960/149‑1 (MQ=255) ctGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCcgtcgt > 6:168770/1‑91 (MQ=255) ctGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCcgtcgt < 5:168770/91‑1 (MQ=255) gATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACAGATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGc > 8:77230/1‑149 (MQ=255) aTGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCt > 5:98491/1‑149 (MQ=255) gCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACTGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCaa < 6:98491/149‑1 (MQ=255) gagcgGGTTTACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTc > 6:84959/3‑149 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGGTTGGACACACATCGGTGGTTGAACACGGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTcc > 1:43362/1‑149 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGACCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTCCAgc > 2:119336/1‑149 (MQ=255) | AACTGGTGGAGCTGGCGGTGCCGCATGTGATCGACGGGGAGGAATGGCTTGGGGTGTGGAGCCGGGGGGCGTTTTACCCGATTGGGCGCAGTGATTGAGGCCTCTGTTGGCGATGCCGGCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGATCGGTGG‑TGGACACACATCGGTGGTTGAACACAGGCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCGCCCGCCGTTCACCGTTGCTGGCCAATAATTCCAGC > NC_002947/2232943‑2233219 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |