Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,249,852 | C→G | 10.4% | K229N (AAG→AAC) ‡ | PP_1984 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,249,852 | 0 | C | G | 10.4% | 134.9 / 7.2 | 48 | K229N (AAG→AAC) ‡ | PP_1984 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/21); new base G (2/3); total (24/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.33e-01 |
CGCATTCGATAGCGTACGCTCCGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGAC > NC_002947/2249708‑2249999 | cGCATTCGATAGCGTACGCTCCGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGa > 2:140152/1‑149 (MQ=255) gCATTCGATAGCGTACGCTCCGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGAt < 6:318001/149‑1 (MQ=255) gCATTCGATAGCGTACGCTCCGTGTGCAGAATGTAGACTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGAt < 8:124172/149‑1 (MQ=255) cATTCGATAGCGTACGCTCCGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACAATCATCTTGATg > 7:276753/1‑149 (MQ=255) aTTCGATAGCGTACGCTCCGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCAAGATGATgg > 2:151444/1‑149 (MQ=255) aTTCGATAGCGTACGCTCCGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCAAGATGATgg > 2:156305/1‑149 (MQ=255) gATAGCGTACGCTCCGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTc > 6:85137/1‑149 (MQ=255) gATAGCGTACGCTCCGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTc < 1:140152/149‑1 (MQ=255) gATAGCGTACGCTCCGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCAAGATGATGGtgt < 1:151444/148‑3 (MQ=255) gATAGCGTACGCTCCGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCAAGATGATGGtgt < 1:156305/148‑3 (MQ=255) gATAGCGTACGCTCCGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCAAGATGATGGTGTc < 6:145684/149‑1 (MQ=255) cTCCGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGATGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGAGTGGCACAACGCTCCAGTCCAGCACGATCGACACCATCATCTTCATCGATTCCAGGTAGTAgg > 2:45151/1‑149 (MQ=255) cGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTg < 1:41973/148‑1 (MQ=255) gtgtGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGt > 8:252359/1‑146 (MQ=255) gtgtGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGt < 7:252359/146‑1 (MQ=255) cAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATgg > 6:75199/1‑149 (MQ=255) aGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGAGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTc > 1:220968/1‑149 (MQ=255) aCATCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCTTCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTTGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTgg < 1:45151/149‑1 (MQ=255) aCAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTgg < 8:65515/149‑1 (MQ=255) cTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCttt < 5:75199/149‑1 (MQ=255) cTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCttt < 8:190074/149‑1 (MQ=255) cTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGAGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCttt < 2:220968/149‑1 (MQ=255) tGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGaa > 3:51674/1‑148 (MQ=255) tAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCt < 4:51674/149‑1 (MQ=255) aaGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTg < 5:207990/148‑1 (MQ=255) aaGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTg > 3:157149/1‑148 (MQ=255) gCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGc > 4:141480/1‑117 (MQ=255) gCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGc < 3:141480/117‑1 (MQ=255) aTGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGaa > 8:256889/1‑134 (MQ=255) aTGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGaa < 7:256889/134‑1 (MQ=255) cAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATAtggtgg > 1:83727/1‑149 (MQ=255) aaCCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTggg > 7:304523/1‑149 (MQ=255) aCCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAat > 7:166438/1‑140 (MQ=255) aCCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAat < 8:166438/140‑1 (MQ=255) aCCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACAGTCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGGTCATGGCGAGGTTGGGCGTCAGGCCGTGGCTTGCGACCAGGGGCTGGCCAATTTgggggg > 6:194387/1‑148 (MQ=255) cTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTa > 6:309251/1‑148 (MQ=255) tGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAAc < 2:174551/123‑1 (MQ=255) tGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAAc > 1:174551/1‑123 (MQ=255) gTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTg < 8:181072/83‑1 (MQ=255) gAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTgc < 2:83727/149‑1 (MQ=255) gAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTgc > 2:191865/1‑149 (MQ=255) gAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTgc > 3:61802/1‑149 (MQ=255) tGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGACAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCTCCGGGa < 8:304523/149‑1 (MQ=255) aCGCTGCATGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCgg < 5:194387/149‑1 (MQ=255) ggccaggccGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTggcggg < 4:61802/149‑1 (MQ=255) caggccGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGa > 4:149495/1‑149 (MQ=255) gccGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGt > 8:9848/1‑149 (MQ=255) catcatCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGa > 2:286345/1‑149 (MQ=255) tcTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGAc > 6:308137/1‑149 (MQ=255) | CGCATTCGATAGCGTACGCTCCGTGTGCAGAATGTAGCCTAGCTGGCGCGACAGCTGTATGCCGGGTAAAGCGATGGGTGCAACCTGTTCGTCGAGCATGGTGCGTGGCAGCACGCTCCAGGCCAGGCCGATCGACACCATCATCTTGATGGTTTCCAGGTAGTTGGTGCTCATGGCGATGTTCGGCGTCAAGCCCTGGCTTTCGAACAGGCGCTGGACAATATGGTGGGTAAAGGTGTTGCCGCCGGGAAATACCGCCGGGTGGCGGGCGATGTCAGCCAGGCTGACCGAC > NC_002947/2249708‑2249999 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |