Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,282,006 | C→A | 8.4% | F276L (TTC→TTA) | PP_2009 → | 1‑aminocyclopropane‑1‑carboxylate deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,282,006 | 0 | C | A | 8.4% | 160.0 / 2.0 | 54 | F276L (TTC→TTA) | PP_2009 | 1‑aminocyclopropane‑1‑carboxylate deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/23); new base A (2/3); total (28/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCCTGCCGTGGCGGTTTCGGAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGC > NC_002947/2281860‑2282150 | gCCTGCCGTGGCGGTTTCGGAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTc > 6:91074/1‑147 (MQ=255) gCCTGCCGTGGCGGTTTCGGAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTc > 5:186349/1‑147 (MQ=255) gCCTGCCGTGGCGGTTTCGGAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTc > 5:181832/1‑147 (MQ=255) ccGTGGCGGTTTCGGAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCg < 6:3292/149‑1 (MQ=255) ccGTGGCGGTTTCGGAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCg < 6:186349/149‑1 (MQ=255) ccGTGGCGGTTTCGGAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCg < 6:181832/149‑1 (MQ=255) gTGGCGGTTTCGGAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGc < 5:36560/149‑1 (MQ=255) tGGCGGTTTCGGAAAATTCGACGATGATCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGGACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCTAGGCTCTGCTTGCCTTGGGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCT‑AGCCCGGCa < 1:52433/149‑1 (MQ=255) gAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGCGGCTGCCGGGCTTGAAC‑AGCCCGGCAGCAACCTGATc < 7:269191/149‑1 (MQ=37) cgaTGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTacaca < 1:10868/149‑1 (MQ=255) gaTGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTacacac > 7:263594/1‑149 (MQ=255) gaTGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTacacac > 3:14658/1‑149 (MQ=255) gCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGCGGCTGCCGGGCTTGAAC‑AGCCCGGCAGCAACCTGATca < 7:191104/134‑2 (MQ=25) gCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGCGGCTGCCGGGC‑GTGAACAGCCCGGCAGCCACCTGAtga > 8:191104/1‑132 (MQ=255) ccTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCa < 5:91074/148‑1 (MQ=255) gACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCgg > 8:279158/1‑149 (MQ=255) aCTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGt < 5:92864/128‑1 (MQ=255) aCTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGt > 6:92864/1‑128 (MQ=255) tGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTa > 7:115220/1‑149 (MQ=255) gAGCGGCGCCCTGGCGTGCGGCTCGAAGCCCTCTTTACGGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACTCACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACtt < 6:98162/149‑1 (MQ=255) aGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTTGAAC‑AGCCCGGCAgcaac < 2:313166/101‑4 (MQ=37) aGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTTGAAC‑AGCCCGGCAgcaac > 1:313166/1‑98 (MQ=37) cggcgCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGCGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGt > 1:238265/1‑148 (MQ=255) gcACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGgc < 7:279158/149‑1 (MQ=255) tcctttctGCCGCGCGCACCCTTCTATACCGGCATGGCTGTGGTGGCTTTGGGTTATCTGGTTGCGGCGGGGGTTTTCA‑AGCCGGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGgca < 2:143993/141‑1 (MQ=255) gCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATg > 3:294412/1‑149 (MQ=255) gggCCGCTGGAAGCCCTCTATCCGGGCAAGGCGCTGGTGGCGTTGGGTTATTTGGTTGCGGCCGGGCTTTTCA‑AGCGGGGCTGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATgcg < 4:14658/147‑1 (MQ=255) gCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATgcgc > 7:196701/1‑148 (MQ=255) ccGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGgca > 1:143993/1‑139 (MQ=255) cGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCa > 7:23514/1‑78 (MQ=255) cGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCa < 8:23514/78‑1 (MQ=255) cTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAg > 7:170937/1‑149 (MQ=255) ctctATACCGGCATGGCTCTGGTGGCCTGGCGTGATCTGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTc < 8:115220/149‑1 (MQ=255) ctctATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTc > 3:125726/1‑149 (MQ=255) tataCCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTcg < 4:125726/147‑1 (MQ=255) ccGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGc < 4:294412/149‑1 (MQ=255) gCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGcaca > 2:281389/1‑149 (MQ=255) gCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTg < 8:170937/149‑1 (MQ=255) ctctGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTAc > 7:271564/1‑101 (MQ=255) agcagagCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATg < 4:262138/143‑1 (MQ=255) ttGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGccc > 3:260059/1‑149 (MQ=255) gCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCgg > 1:211966/1‑149 (MQ=255) gTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGc > 2:263906/1‑148 (MQ=255) tCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACTCGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGt < 1:263906/148‑1 (MQ=255) gTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTaa > 7:280138/1‑84 (MQ=255) gTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTaa < 8:280138/84‑1 (MQ=255) gTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGtgcatg > 3:201976/1‑149 (MQ=255) tgcCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACa < 1:56379/95‑1 (MQ=255) tgcCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACa > 2:56379/1‑95 (MQ=255) tgcCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGc > 1:256754/1‑149 (MQ=255) ccGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGTGACGCGGTTACTTGTAAGGAAGCATCCGAAACGGCGTGTGGTCGCGGTGCACATATGGTTGGTATAGCCGGGCCAGTCCATGCAGGcc > 6:71905/1‑148 (MQ=255) ccGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCACGCCg > 8:288285/1‑149 (MQ=255) gCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCa < 8:196701/149‑1 (MQ=255) tGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATg > 6:239614/1‑115 (MQ=255) ttCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGAt < 5:172700/143‑1 (MQ=255) ttCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGAt > 6:172700/1‑143 (MQ=255) ttCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGc > 6:193371/1‑147 (MQ=255) | GCCTGCCGTGGCGGTTTCGGAAAATTCGACGATGAGCTACTGACCTTCATCGCCGACTGCGAGCGGCGCACTGGCGTGCCGCTCGAAGCCCTCTATACCGGCAAGGCTCTGCTGGCCTTGCGTGATCAGGTTGCTGCCGGGCTGTTCA‑AGCCCGGCAGCCGCCTGATCTTCGTACACACGGGTGGCCTGCAGGGGCGACGCGGTTACTTGTAAGGCAGCATGCGCAACAGCGTGTTGTCGCGCTGCACATAGTGATGGTATAGCCCGGCCAGTGCATGCAAGCCGATCAGC > NC_002947/2281860‑2282150 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |