Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,376,709 | G→A | 7.8% | intergenic (+70/‑135) | PP_2083 → / → PP_2084 | lipase/ribonuclease activity regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,376,709 | 0 | G | A | 7.8% | 146.5 / 2.6 | 51 | intergenic (+70/‑135) | PP_2083/PP_2084 | lipase/ribonuclease activity regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/25); new base A (2/2); total (24/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.63e-01 |
GTGGAGCGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATT > NC_002947/2376562‑2376853 | gtggAGCGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCtgtg < 7:56310/148‑1 (MQ=255) tggAGCGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCtgtg < 4:264153/147‑1 (MQ=255) tggAGCGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCtgtg > 3:264153/1‑147 (MQ=255) cgcTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAAc < 1:235503/149‑1 (MQ=255) cgcTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAAc > 2:302582/1‑149 (MQ=255) ggctgCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGt > 5:218434/1‑149 (MQ=255) ggctgCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGt > 2:309619/1‑149 (MQ=255) ccGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGaa > 4:157511/1‑149 (MQ=255) gctgctGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAgg < 5:301370/149‑1 (MQ=255) ctgcCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGc < 5:232586/147‑1 (MQ=255) gTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTcatg < 6:218185/130‑1 (MQ=255) gTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTcatg > 5:218185/1‑130 (MQ=255) tGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAgg < 1:309619/149‑1 (MQ=255) gCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAg > 5:78674/1‑116 (MQ=255) gCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAgg < 8:278869/148‑1 (MQ=255) ccATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAg < 6:78674/115‑1 (MQ=255) aTGCGTCCACTGTAGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATg < 3:157511/149‑1 (MQ=255) cTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAAt < 5:329641/149‑1 (MQ=255) tGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGaa < 5:220877/123‑1 (MQ=255) tGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAAt > 7:226615/1‑148 (MQ=255) tGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGAGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGaa > 6:220877/1‑123 (MQ=255) tCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGAc > 3:71921/1‑149 (MQ=255) cTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCg > 7:199295/1‑149 (MQ=255) tgcctgccAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGa < 1:247984/148‑1 (MQ=255) cctgccAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGccc > 4:287447/1‑137 (MQ=255) cctgccAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGccc < 3:287447/137‑1 (MQ=255) cctgccAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGa < 8:226615/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTAc < 4:71921/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTAc < 3:257699/149‑1 (MQ=255) cAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACg < 1:302582/149‑1 (MQ=255) aGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGa > 3:314291/1‑149 (MQ=255) gTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCga > 7:108675/1‑99 (MQ=255) gTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCga < 8:108675/99‑1 (MQ=255) ccTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGgtgt < 8:250474/148‑1 (MQ=255) cTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCt > 6:137356/1‑138 (MQ=255) cTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCt < 5:137356/138‑1 (MQ=255) aTGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTTGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCtt < 2:308745/148‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGcc > 4:294419/1‑149 (MQ=255) ctctTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGa > 7:14497/1‑149 (MQ=255) tctTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGAt < 5:25248/113‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGAt > 6:25248/1‑113 (MQ=255) tctTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGa > 1:68443/1‑148 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGAt > 7:64992/1‑83 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGAt < 8:64992/83‑1 (MQ=255) tCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATAcc > 6:116100/1‑149 (MQ=255) gggTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCt > 4:100614/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTtgt > 2:66886/1‑149 (MQ=255) ccgTTCCTGCACAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGc > 2:123667/2‑140 (MQ=255) ccgTTCCTGCACAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGc > 2:118975/2‑140 (MQ=255) ccgTTCCTGCACAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGc < 1:123667/139‑1 (MQ=255) ccgTTCCTGCACAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGc < 1:118975/139‑1 (MQ=255) cgTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATgca < 3:235117/149‑1 (MQ=255) cgTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATgca < 2:68443/149‑1 (MQ=255) cTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCTATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCAtt < 1:66886/149‑1 (MQ=255) | GTGGAGCGCTGGCTGCACAACCCGCTGCTGCCGGTGCATGCGTCCACTGTCGTTGCGGAACCTGTGCCTGCCAGCTGAGTTTGCTGTACCTGTCATGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACTGGATAACGCGCGTTCCTGTGCAGGAACGGGTCATGCATGGAAGGGCCGAGACAGGATGAATACAAATGACTGCCCGGTCCCGGATGACTACGACAGCCTCCAAGGTGTAGCCTTGGCCGATACCCGCTTTCGTTGTGACTGACAGGAGCTTCCCATGCAGCATT > NC_002947/2376562‑2376853 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |