Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,397,172 | A→C | 8.5% | F829V (TTC→GTC) | PP_2100 ← | two‑component system sensor protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,397,172 | 0 | A | C | 8.5% | 183.2 / 7.2 | 61 | F829V (TTC→GTC) | PP_2100 | two‑component system sensor protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/26); new base C (2/3); total (32/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
TGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGAC > NC_002947/2397040‑2397320 | tGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGGTTGaa < 6:142586/133‑1 (MQ=255) tGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGaa > 5:142586/1‑133 (MQ=255) tCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGc < 5:162602/147‑1 (MQ=255) gcgcACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAggt < 3:279136/149‑2 (MQ=255) agctccagTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCg > 4:137757/1‑149 (MQ=255) gctgcagTACGGCTGGTGTGCTGGTTCGGTCATCCAGCGGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACGGTGCGCGGGGAGCTTGATGGCGTTGCTGACCAGGTGGGACGGCACCTGCTTGCGGCGGCGCGGGTCAAGCAGGACCTGgcggcgg > 4:232779/1‑148 (MQ=255) gctccagTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGt > 4:216616/1‑149 (MQ=255) tccagTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTgt > 5:258946/1‑148 (MQ=255) cagTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCgg > 1:99014/1‑149 (MQ=255) ggCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGTGGCCgggg < 6:258946/149‑1 (MQ=255) ggCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCgggg < 2:99014/149‑1 (MQ=255) gtgtGCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATc > 6:287580/1‑149 (MQ=255) tgCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTg < 7:27523/148‑1 (MQ=255) cTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGc > 3:240731/1‑127 (MQ=255) cTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGc < 4:240731/127‑1 (MQ=255) tGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCAcc > 4:235399/1‑149 (MQ=255) ttCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACATGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTc > 2:223066/1‑148 (MQ=255) cGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAgg < 4:50268/149‑1 (MQ=255) gTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAggg > 5:255792/1‑149 (MQ=255) aTCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAgg > 5:66054/1‑145 (MQ=255) aTCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAgg < 6:66054/145‑1 (MQ=255) agcagcCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAg < 7:81095/101‑1 (MQ=38) agcagcCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAg > 8:81095/1‑101 (MQ=38) gcagcCTGACGCTGATGCGCACCTGTCCGTGCTCGGTGAACTTGATGGGATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCt < 2:299970/149‑1 (MQ=255) agcCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCttt < 3:232779/149‑1 (MQ=255) ccTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCt > 6:72746/1‑149 (MQ=255) ccTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCt > 6:302640/1‑149 (MQ=255) cTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGc < 1:145244/84‑1 (MQ=255) cTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGc > 2:145244/1‑84 (MQ=255) aCGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCcg > 2:115546/1‑149 (MQ=255) tGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTc > 1:193781/1‑140 (MQ=255) tGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTc < 2:193781/140‑1 (MQ=255) aTGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTg < 5:287580/149‑1 (MQ=255) gcgcACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCgg < 6:306452/75‑1 (MQ=255) gcgcACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCgg > 5:306452/1‑75 (MQ=255) gcACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTAACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGACAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCa > 5:85454/1‑149 (MQ=255) cACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCAt > 1:207156/1‑149 (MQ=255) aCCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGTACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAg < 3:310719/125‑1 (MQ=255) aCCTGACCGTGCTCGGTGAAATTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAg > 4:310719/1‑125 (MQ=255) gACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCACCTGACCATCGaa > 8:302337/1‑148 (MQ=255) aCCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGaaa < 3:235399/148‑1 (MQ=255) gTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCAc < 3:216616/149‑1 (MQ=255) aCTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGa < 6:120820/148‑1 (MQ=255) aTGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCTCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGa < 7:302337/148‑1 (MQ=255) aTGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGAc < 7:171741/149‑1 (MQ=255) tGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGAc > 1:185337/1‑148 (MQ=255) ggCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGAcc < 1:115546/148‑1 (MQ=255) cATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAgc < 3:137757/149‑1 (MQ=255) aTTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAgcg > 8:257545/1‑149 (MQ=255) aTTGCTCACCAGGTTGCACAGCACCTGCTTGAAGCCCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGTCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTATCTGCCGCGACTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCCATTCGACCAgcg > 5:257253/1‑149 (MQ=255) cAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGt < 2:207156/149‑1 (MQ=255) gTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATTGCAGCGTGCGGCGGGGGCGATCTTCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCTCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGa < 6:257253/149‑1 (MQ=255) gTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGa > 1:136453/1‑149 (MQ=255) gTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGAGCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTg > 5:100762/1‑102 (MQ=255) gTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGACCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTg < 6:100762/102‑1 (MQ=255) ggACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTc < 1:32247/126‑1 (MQ=255) ggACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTc > 2:32247/1‑126 (MQ=255) cACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCg > 2:118028/1‑149 (MQ=255) cTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAg < 4:105586/72‑1 (MQ=25) cTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAg > 3:105586/1‑72 (MQ=25) cTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCgggg > 1:72363/1‑149 (MQ=255) cTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCgggg > 1:308071/1‑149 (MQ=255) cTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCa < 2:136453/149‑1 (MQ=255) aGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGAc < 2:72363/149‑1 (MQ=255) | TGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATCCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGAC > NC_002947/2397040‑2397320 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |