Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,448,070 | T→C | 7.7% | K1005E (AAG→GAG) | PP_2146 ← | SNF2/RAD54 family helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,448,070 | 0 | T | C | 7.7% | 146.0 / 2.8 | 53 | K1005E (AAG→GAG) | PP_2146 | SNF2/RAD54 family helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/24); new base C (2/2); total (27/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.63e-01 |
TAATCAGCTTGAACACGAACACCGGTTTGTCCTGGCCGATGCGGTAGGCACGGTCGGTAGCCTGGTTTTCGCTCGCCGGGTTCCACCAGGGGTCGAAGTGGATCACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGCGGATCTTGCGCTTCTCGAGCTCCTGCTCGATCAGCGCCAGCATCGAGGTGA > NC_002947/2447923‑2448213 | tAATCAGCTTGAACACGAACACCGGTTTGTCCTGGCCGATGCGGTAGGCACGGTCGGTAGCCGGGTTTTCGCTCGACGGGTTCCACCAGGGGTCGAAGTGTATCACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTg < 1:211775/149‑1 (MQ=255) aTCAGCTTGAACACGAACACCGGTTTGTCCTGGCCGATGCGGTAGGCACGGTCGGTAGCCTGGTTTTCGCTCGCCGGGTTCCACCAGGGGTCGAAGTGGATCACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAg < 8:17627/149‑1 (MQ=255) aacacgaacacCGGTTTGTCCTGGCCGATGCGGTAGGCACGGTCGGTAGCCTGGTTTTCGCTCGCCGGGTTCCACCAGGGGTCGAAGTGGATCACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTACAGCCTACGCCCCCACCCTAGAGGCTGAT‑CAg > 8:120659/1‑149 (MQ=255) cacgaacacCGGTTTGTCCTGGCCGATGCGGTAGGCACGGTCGGTAGCCTGGTTTTCGCTCGCCGGGTTCCACCAGGGGTCGAAGTGGATCACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAgg 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accaGGGGTCGAAGTGGATCACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAgg < 7:100813/149‑1 (MQ=255) accaGGGGTCGAAGTGGATCACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAgg > 3:22421/1‑149 (MQ=255) caGGGGTCGAAGTGGATCACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTcgc > 1:177/1‑127 (MQ=255) caGGGGTCGAAGTGGATCACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTcgc < 2:177/127‑1 (MQ=255) caGGGGTCGAAGTGGATCACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCt < 6:9889/149‑1 (MQ=255) gTCGAAGTGGATCACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGc > 2:290406/1‑149 (MQ=255) aTCACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGCGGATCTTgc < 4:22421/148‑1 (MQ=255) cACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGCGGATCTTGCGCt > 7:235117/1‑149 (MQ=255) tCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGCGGATCTTGCGCTTCTCGa < 3:21611/148‑1 (MQ=255) tCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGCGGATCTTGCGCTTCTCGAg > 6:258050/1‑149 (MQ=255) ccgccgTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTCGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGCGGATCTTGCGCTTCTCGAGCTcc > 2:314860/1‑149 (MQ=255) tCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGCGGATCTTGCGCTTCTCGAGCTCCTGCTc > 6:44602/1‑148 (MQ=255) tCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGCGGATCTTGCGCTTCTCGAGCTCCTGCTc > 7:92868/1‑148 (MQ=255) aaGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGATGCAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCGGTAGCGGATCTTGCGCTTCTCGAGCTCCTGCTCGATCAgcg > 1:24320/1‑149 (MQ=255) gCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGCGGATCTTGCGCTTCTCGAGCTCCTGCTCGATCAgcgc > 2:231152/1‑147 (MQ=255) cGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCAGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGCGGATCTTGCGCTTGTCGAGCTCCTGCTCGATCAGCGCCAGCATc < 3:6542/149‑1 (MQ=255) 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cTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGCGGATCTTGCGCTTCTCGAGCTCCTGCt < 6:203570/122‑1 (MQ=255) cTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCCAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGCGGATCTTGCGCTTCTCGAGCTCCTGCt > 5:203570/1‑122 (MQ=255) | TAATCAGCTTGAACACGAACACCGGTTTGTCCTGGCCGATGCGGTAGGCACGGTCGGTAGCCTGGTTTTCGCTCGCCGGGTTCCACCAGGGGTCGAAGTGGATCACGGTGTCCGCCGCCGTCAGGTTCAAGCCTACGCCCCCAGCCTTGAGGCTGAT‑CAGGAACACTTCGCTTTCACCTTGCTGGAACTGCTGCACTGGCGTGCGACGGTCGCGAGTGTCGCCGGTCAGCAGGCTGTAGCGGATCTTGCGCTTCTCGAGCTCCTGCTCGATCAGCGCCAGCATCGAGGTGA > NC_002947/2447923‑2448213 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |