Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,640,007 | A→T | 7.4% | V217D (GTC→GAC) | PP_2310 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,640,007 | 0 | A | T | 7.4% | 163.1 / 3.4 | 54 | V217D (GTC→GAC) | PP_2310 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/23); new base T (2/2); total (29/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
TGTGGTGCACGGTCGCCGACATTTCGTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCACGTGCAGCATCACGTCCTTGAGGGTGTTGA > NC_002947/2639861‑2640154 | tgtgGTGCACGGTCGCCGACATTTCGTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACg < 1:214461/149‑1 (MQ=255) gCACGGTCGCCGACATTTCGTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGTCGGTGCt > 4:147571/1‑148 (MQ=255) gCACGGTCGCCGACATTTCGTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGTCGGTGCt > 4:142707/1‑148 (MQ=255) gCACGGTCGCCGACATTTCGTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCt > 3:255677/1‑148 (MQ=255) aCGGTCGCCGACATTTCGTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGAc > 8:27345/1‑149 (MQ=255) gTCGCCGACATTTCGTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCAc < 4:235018/149‑1 (MQ=255) tCGCCGACATTTCGTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCAcg > 4:22395/1‑149 (MQ=255) aCATTTCGTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGa > 4:226274/1‑149 (MQ=255) aTTTCGTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATa < 4:255677/149‑1 (MQ=255) cGTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGt < 2:107990/148‑1 (MQ=255) gTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTgg < 7:27345/149‑1 (MQ=255) gTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTg > 5:268791/1‑148 (MQ=255) ttGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGa < 8:178822/149‑1 (MQ=255) gCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCa < 7:126872/148‑1 (MQ=255) aGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATgg > 5:273624/1‑149 (MQ=255) tGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGc > 6:211561/1‑149 (MQ=255) gTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCt < 5:211561/148‑1 (MQ=255) tCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTcc > 2:217823/1‑149 (MQ=255) tctGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCt < 7:90033/97‑1 (MQ=255) tctGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCt > 8:90033/1‑97 (MQ=255) tgctgGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGcc > 7:233083/1‑149 (MQ=255) cATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGc > 5:22292/1‑149 (MQ=255) aTGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGcc > 7:120500/1‑149 (MQ=255) gCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCAc > 4:239837/1‑149 (MQ=255) gCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCAc > 8:271245/1‑149 (MQ=255) gCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCAc > 5:121621/1‑149 (MQ=255) gTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGc > 4:110521/1‑149 (MQ=255) tACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCg > 5:284478/1‑149 (MQ=255) gTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTa < 7:271245/149‑1 (MQ=255) cGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTAcg > 5:139574/1‑149 (MQ=255) tCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGTGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCgg > 5:55658/1‑149 (MQ=255) tCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCgg > 4:280409/1‑149 (MQ=255) tCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCgg > 4:22935/1‑149 (MQ=255) gcggcCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGTCGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACa < 3:142707/148‑1 (MQ=255) gcggcCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGTCGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACa < 3:147571/148‑1 (MQ=255) gcCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTc > 4:47615/1‑149 (MQ=255) cAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGc < 3:280409/149‑1 (MQ=255) gCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCgg > 1:121405/1‑149 (MQ=255) gTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAg > 8:186769/1‑83 (MQ=255) gTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGtt < 3:22395/149‑1 (MQ=255) cAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGTGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGttttt < 6:55658/149‑1 (MQ=255) aGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGtttttt < 6:284478/149‑1 (MQ=255) cccGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCAc > 7:61910/1‑149 (MQ=255) cccGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCAc < 8:233083/149‑1 (MQ=255) cccGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCAc < 1:217823/149‑1 (MQ=255) aGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCACGTgc < 3:226274/149‑1 (MQ=255) cAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCACGTgcagc < 6:273624/148‑1 (MQ=255) gcgcTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCACGTGCAGCATCACGTCCtt > 7:6466/1‑149 (MQ=255) cTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCACGTGCAGCATCACGTCCTTGAg < 6:17349/149‑1 (MQ=255) tgtgGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCACGTGCAGCATCACGTCCTTGAgg > 1:6631/1‑149 (MQ=255) ggCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCACGTGCAGCATCACGTCCTTGAGGgtg < 8:6466/148‑1 (MQ=255) gCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCACGTGCAGCATCACGTCCTTGAGGGTGtt < 6:22292/149‑1 (MQ=255) gCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCACGTGCAGCATCACGTCCTTGAGGGTGtt < 8:61910/149‑1 (MQ=255) gACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCTGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCACGTGCAGCATCACGTCCTTGAGGGTGTTGa < 3:22935/149‑1 (MQ=255) | TGTGGTGCACGGTCGCCGACATTTCGTTGATGGCAGTGGCGGCCTGGTCGGTTTCACTCTGCTGGCCGAGCATGCCATGGCGTACGTCGCTCATGCTGGCGGCCAGGCGTGCAGCGCCCGAGTCCAGCTGTGCTGCGCTGTGGGCGACGGTGCTGACCACGCGGTGATAGGTGGACTGCATGGCGTTGAAGGCTCCGGCCATCTGGCCGACCTCGTCGCCACTGGCTAGCGGTACGCGGGCCGACAGGTCGCCGGTTTTTTCCACGTGCAGCATCACGTCCTTGAGGGTGTTGA > NC_002947/2639861‑2640154 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |