Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,726,160 | G→A | 8.1% | Q166* (CAG→TAG) | PP_2387 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,726,160 | 0 | G | A | 8.1% | 138.3 / 2.3 | 49 | Q166* (CAG→TAG) | PP_2387 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/23); new base A (2/2); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 |
CGTTTTTCCGGGGGCGACAGTGGCCAGCTGACCGGGGGCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCGAGTTGGCCAAGGCGGTGCTGGTGGGTCAGGAACATCATCAATTC > NC_002947/2726015‑2726304 | cGTTTTTCCGGGGGCGACAGTGGCCAGCTGACCGGGGGCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTa < 2:1288/149‑1 (MQ=255) ccGGGGGCGACAGTGGCCAGCTGACCGGGGGCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTg > 2:36155/1‑149 (MQ=255) cGGGGGCGACAGTGGCCAGCTGACCGGGGGCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTg < 2:2500/148‑1 (MQ=255) cgatctccAGCTGACCGGGGGCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCg < 3:213434/143‑1 (MQ=255) gCCAGCTGACCGGGGGCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCg > 5:176723/1‑149 (MQ=255) gCCAGCTGACCGGGGGCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCg > 4:13463/1‑149 (MQ=255) cAGCTGACCGGGGGCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGTCGTGCTGCg > 4:213434/1‑142 (MQ=255) gggggCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGc < 6:324987/149‑1 (MQ=255) ggggCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCg < 6:176723/149‑1 (MQ=255) gggCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTACCAGGCCtttc > 8:107298/1‑120 (MQ=255) gggCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTACCAGGCCtttc < 7:107298/122‑3 (MQ=255) ggCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGtgctgc > 5:218936/1‑129 (MQ=255) ggCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGtgctgc < 6:218936/129‑1 (MQ=255) gcgcGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAg > 8:59068/1‑113 (MQ=255) gcgcGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAg < 7:59068/113‑1 (MQ=255) gcgGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTgg < 2:262941/118‑1 (MQ=255) gcgGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTgg > 1:262941/1‑118 (MQ=255) gCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTc < 6:135062/149‑1 (MQ=255) ccACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTca < 6:3539/149‑1 (MQ=255) ggaggGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAg < 1:36155/149‑1 (MQ=255) gaggGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTGCCTGCGAGGACTTCACACAgg > 4:175818/1‑149 (MQ=255) gggTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCt > 8:94762/1‑149 (MQ=255) gTCAGCGCTTGTCCGCTGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTc > 5:175182/1‑149 (MQ=255) gTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTc < 1:51050/149‑1 (MQ=255) gcgcTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTgg < 6:175182/149‑1 (MQ=255) gcTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGc > 5:215265/1‑149 (MQ=255) gcTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGc > 1:87294/1‑149 (MQ=255) gcgcCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTgg > 5:18347/1‑76 (MQ=255) gcgcCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTgg < 6:18347/76‑1 (MQ=255) cgccgcCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGa < 7:94762/148‑1 (MQ=255) ccgccACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGc > 3:152752/1‑149 (MQ=255) ccgccACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGc > 8:214616/1‑149 (MQ=255) ccACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAg > 8:87804/1‑144 (MQ=255) ccACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAg < 7:87804/144‑1 (MQ=255) tGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGcaccac > 1:230655/1‑149 (MQ=255) gCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGcaccac > 2:17544/1‑148 (MQ=255) ccGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGcaccac < 2:230655/147‑1 (MQ=255) cgacgaGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGcaccacca > 7:270119/1‑148 (MQ=255) gtggtgCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCg < 6:215265/149‑1 (MQ=255) tggtgCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGcc > 8:239652/1‑147 (MQ=255) gcAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCGAGTTGGc > 1:98032/1‑149 (MQ=255) tGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCGAGTTGGCCAAGGCGGTGc > 7:103287/1‑149 (MQ=255) gCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCGGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCGAGTTGGCCAAGGCGGTGCtggtgg < 1:128051/148‑1 (MQ=255) aaaCTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCGAGTTGGCCAAGGCGGTGCTGGTGGGTc < 8:270119/147‑1 (MQ=255) ttGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCGAGTTGGCCAAGGCGGTGCTGGTGGGTCAGGAAca < 6:143834/148‑1 (MQ=255) gaAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCGAGTTGGCCAAGGCGGTGCTGGTGGGTCAGGAAcatcat > 5:80564/1‑148 (MQ=255) ccaaGGCCTACCAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCGAGTTGGCCAAGGCGGTGCTGGTGGGTCAGGAAc > 5:179960/3‑143 (MQ=255) ccaaGGCCTACCAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCGAGTTGGCCAAGGCGGTGCTGGTGGGTCAGGAAc < 6:179960/141‑1 (MQ=255) aaaGGCATGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGGCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCGAGTTGGCCAAGGCGGTGCTGGTGGGTCAGGAACatcatc < 3:13463/148‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCGAGTTGGCCAAGGCGGTGCTGGTGGGTCAGGAACATCATCAAt < 7:239652/149‑1 (MQ=255) gCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCGAGTTGGCCAAGGCGGTGCTGGTGGGTCAGGAACATCATCAATTc < 2:98032/149‑1 (MQ=255) | CGTTTTTCCGGGGGCGACAGTGGCCAGCTGACCGGGGGCGCGGCCACAGGAGGGGTCAGCGCTTGTCCGATGCGCCGCCACAGCGACTGCCGACGAGGTGGTGCGCAGGGCTGCATGCCTTCGCTAAAACTGTTGAGAAAGGCCTGGTAGGCCTTGGCGTGCTGCGGGTCGTTGGTACCTGCGAGGACTTCACACAGGGCTTCGTGGGCCAGGCTGTTGAGGCCACTGAGCACCACCACATGGCCGAGTTGGCCAAGGCGGTGCTGGTGGGTCAGGAACATCATCAATTC > NC_002947/2726015‑2726304 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |