Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,755,086 | G→C | 8.3% | G471A (GGG→GCG) ‡ | czcA‑II → | cation efflux system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,755,086 | 0 | G | C | 8.3% | 152.5 / 4.1 | 48 | G471A (GGG→GCG) ‡ | czcA‑II | cation efflux system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/23); new base C (2/2); total (23/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 |
CCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGC > NC_002947/2754939‑2755232 | cccATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCggg > 1:79607/1‑149 (MQ=255) ccATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCgggg > 4:207849/1‑149 (MQ=255) gCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTc > 3:128730/1‑147 (MQ=255) agcGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTCGACCCCGGTC‑AGGGC‑aaa < 5:266920/149‑2 (MQ=25) gcCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTCGACCCCGGTC‑AGGGC‑aaagat < 5:50481/149‑5 (MQ=25) gcCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCTCGACCCCGGTC‑AGGGC‑a > 6:50481/1‑144 (MQ=25) ggTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTTGAGGGC‑AAGATGTTCCa < 8:156250/149‑1 (MQ=255) ggTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCa > 2:34723/1‑149 (MQ=255) gTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCAc < 2:269938/149‑1 (MQ=255) gCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCAccc > 4:83028/1‑148 (MQ=255) cATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTa > 3:183738/1‑149 (MQ=255) tGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGcc > 5:12000/1‑149 (MQ=255) aCCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCtt > 4:55599/1‑149 (MQ=255) ccGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTa > 8:182117/1‑149 (MQ=255) cggcgAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCg < 3:55599/149‑1 (MQ=255) gAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAggg < 5:49877/116‑1 (MQ=255) gAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAggg > 6:49877/1‑116 (MQ=255) aaCGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTc < 3:207849/149‑1 (MQ=255) cGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCAt > 4:92981/1‑149 (MQ=255) gTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATgg < 7:182117/149‑1 (MQ=255) ttCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATg < 7:50144/117‑1 (MQ=255) ttCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATg > 8:50144/1‑117 (MQ=255) ttCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGc > 8:76899/1‑149 (MQ=255) aTGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTg < 5:261288/149‑1 (MQ=255) aGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTg < 2:30887/149‑1 (MQ=255) tttGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGgcgc > 3:301847/1‑149 (MQ=255) tttGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGgcgc < 7:76899/149‑1 (MQ=255) ccGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCgatg < 5:168379/149‑1 (MQ=255) cGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCgatga < 3:83028/149‑1 (MQ=255) cTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATc < 4:183738/149‑1 (MQ=255) cTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATc < 3:92981/149‑1 (MQ=255) gcgAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCg < 2:79607/149‑1 (MQ=255) cgAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCgg > 2:40187/1‑149 (MQ=255) cgAAGCACGCCGACCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCgg > 1:175547/1‑149 (MQ=255) agggCAGTTGATCATCATGGTCGACTACCAGCCGAACTTTGACCT‑GACCGGGGTCAAGGCC‑AAGATGTTCCACACTATCGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCAGTTGGGCTCTAAGATCCTTACGGTCACTTTCATACCGGCAGCCAtt > 8:122201/2‑148 (MQ=255) aGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTg > 1:190769/1‑149 (MQ=255) atcatcATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACgttcgttc < 8:178626/127‑1 (MQ=255) atcatcATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACgttcgttc > 7:178626/1‑127 (MQ=255) atcatGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCAc < 2:190769/149‑1 (MQ=255) tcatGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCAcc > 1:180873/1‑149 (MQ=255) gtggttTACCTGCCTATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCaa < 7:122201/149‑1 (MQ=255) ggtgTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAgg < 2:180873/149‑1 (MQ=255) tACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCaa < 1:34723/149‑1 (MQ=255) cTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAagg > 6:260126/1‑148 (MQ=255) cGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGcc > 2:272133/1‑119 (MQ=255) atcttGCCCTCGACCCCGGTC‑AGGGCAAAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAaggaagagg > 4:260392/4‑148 (MQ=255) cTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGccc > 6:297675/1‑116 (MQ=255) cTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGccc < 5:297675/116‑1 (MQ=255) tGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAgg < 6:12000/147‑1 (MQ=255) cGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGc < 4:303651/149‑1 (MQ=255) | CCCATGCCCAGCAGCGCCACGGTCGCATGCTGACCCGCGGCGAACGGTTCCATGAGGTGTTTGCCGCTGCCCGCGAAGCACGCCGGCCGCTGATCTATGGGCAGTTGATCATCATGGTGGTGTACCTGCCGATCTTTGCCCT‑GACCGGGGTCGAGGGC‑AAGATGTTCCACCCTATGGCCTTTACCGTGGTCATGGCCCTGTTGGGCGCGATGATCCTTTCGGTCACGTTCGTTCCGGCAGCCATTGCCCTGTTCGTCACCGGCAAGGTCAAGGAAGAGGAAGGCCTGGTGATGC > NC_002947/2754939‑2755232 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |