Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,873,759 | A→C | 8.9% | intergenic (+65/+17) | cigR → / ← PP_2527 | membrane protein/membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,873,759 | 0 | A | C | 8.9% | 127.0 / 3.3 | 45 | intergenic (+65/+17) | cigR/PP_2527 | membrane protein/membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/21); new base C (2/2); total (22/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 |
AAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCACC > NC_002947/2873618‑2873905 | aggCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGcc < 8:133864/146‑1 (MQ=255) aaGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcagca > 3:90972/1‑145 (MQ=255) aaGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCgcagca < 4:90972/145‑1 (MQ=255) aaGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGccc > 7:133864/1‑149 (MQ=255) gcAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATGATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCt < 7:295555/149‑1 (MQ=255) gcAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGcc > 5:168986/1‑148 (MQ=255) cAGACCTTATTCTGGTCGCGGTGGCTACCGGTATCATGTATGAGGTGTTTAACGGGGCATTCGATTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCGCGGTCCCTGCTGGCGCTGGCGTGCCTGCTATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTa < 5:178524/149‑1 (MQ=255) gACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATc < 3:176743/149‑1 (MQ=255) ccTGATTCTGGTCGCCGTGGAGACCGTGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGAAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGTCGTGCCTGCGATTGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCaa < 2:242147/149‑1 (MQ=255) cTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAAc > 6:137507/1‑149 (MQ=255) ggTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACg < 7:260901/131‑1 (MQ=255) ggTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACg > 8:260901/1‑131 (MQ=255) tCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGACCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTaa > 6:4888/1‑149 (MQ=255) cGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACAcc > 1:151305/1‑149 (MQ=255) catcTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAgg > 7:296196/1‑149 (MQ=255) atcTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAgg < 6:168986/148‑1 (MQ=255) tcTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCaa < 4:101907/117‑1 (MQ=255) tcTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCaa > 3:101907/1‑117 (MQ=255) aTGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCagcagc > 7:220472/1‑99 (MQ=255) aTGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCagcagc < 8:220472/99‑1 (MQ=255) tGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACgg > 6:236465/1‑105 (MQ=255) tGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACgg < 5:236465/105‑1 (MQ=255) gtgtTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGcacca > 3:152004/1‑149 (MQ=255) aTTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGGCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAgg < 1:226102/125‑1 (MQ=255) aTTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAgg > 2:226102/1‑125 (MQ=255) tCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGc > 1:185164/1‑149 (MQ=255) cGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGc < 5:137507/148‑1 (MQ=255) gACTATGGCCGCTGGTGCGAGCAGGCGGCTCGGTCCCTGCAGGGGGTGGCGTGCCTGCTATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGcc < 4:152004/148‑1 (MQ=255) gACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGc < 4:65433/111‑1 (MQ=255) gACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGc > 3:65433/1‑111 (MQ=255) aCTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAAc < 6:214347/80‑1 (MQ=255) gTGCTAGCTGTCCGCTGGGTCCCTGCTGGCGCGGGGGTGCCTGCTTTGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGt < 4:13883/86‑1 (MQ=255) gTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGt > 3:13883/1‑86 (MQ=255) gTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACg > 1:184382/1‑149 (MQ=255) gAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCaa > 4:92882/1‑149 (MQ=255) cAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGc < 3:92882/149‑1 (MQ=255) cGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCAc < 2:185164/149‑1 (MQ=255) cTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGt > 4:28272/1‑149 (MQ=255) tCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCca < 8:296196/149‑1 (MQ=255) ccTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACACCCCACGTTTCcag > 4:155041/1‑148 (MQ=255) gCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATAc > 7:137236/1‑146 (MQ=255) cgggctaTGGGCGGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGa < 1:154273/143‑1 (MQ=255) tGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATa < 8:137236/149‑1 (MQ=255) cgttGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCa > 6:146546/4‑143 (MQ=255) cgttGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCa < 5:146546/140‑1 (MQ=255) cgttGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAg > 8:162054/4‑148 (MQ=255) cGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACACCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATa < 3:155041/147‑1 (MQ=255) ttGGGCTGCTGCGCAGCCCATCGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAAc < 7:162054/148‑1 (MQ=255) tGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAAt > 2:164220/1‑148 (MQ=255) gcagcaGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCAcc < 3:28272/149‑1 (MQ=255) | AAGCGGGCGCAGACCTGATTCTGGTCGCCGTGGCGACCGGGATCATCTATGAGGTGTTGAACGGGGCATTCGACTAAGGCCGCAGGTGCGAGCAGTCCGCTCGGTCCCTGCAGGCGCTGGCGTGCCTGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCAACGGCCTATCAACGCTGCCGTAACACCGCGGCCAGCCCAAGGGTCAGCACCACAGCGCACAGCATGGCCAGCCCGATGGTCACGCCAACGCCCCACGTTTCCAGCAGCCCTGCCAATACCAGATAGAACGCAATCACC > NC_002947/2873618‑2873905 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |