| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,939,819 | T→C | 7.4% | E108G (GAG→GGG) ‡ | PP_2572 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,939,819 | 0 | T | C | 7.4% | 155.6 / 2.4 | 54 | E108G (GAG→GGG) ‡ | PP_2572 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/24); new base C (2/2); total (28/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
CCGCCCTGGCACCTGGTAACGCGCCATCAGGTCACCCAGGGTCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGCCTGGTCGCCGCTGTCACCGTGGGTGAACGCACCGGCCAGGTCGTCGGGCAG > NC_002947/2939671‑2939967 | ccgccCTGGCACCTGGTAACGCGCCATCAGGTCACCCAGGGTCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCt < 4:311872/149‑1 (MQ=255) gccCTGGCACCTGGTAACGCGCCATCAGGTCACCCAGGGTCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTcg > 2:20562/1‑149 (MQ=255) ccTGGCACCTGGTAACGCGCCATCAGGTCACCAAGTGTCTTGTGCGTGAAGTGCTGCAGGATGAGACAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTcgcg > 1:145729/1‑149 (MQ=255) cTGGGACCTGGTAACGCGCCATCAGGTCACCCAGGGTCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCgcgc < 2:150429/149‑1 (MQ=255) cTGGCACCTGGTAACGCGCCATCAGGTCACCCAGGGTCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTcgcg > 3:53919/1‑148 (MQ=255) aCCTGGTAACGCGCCATCAGGTCACCCAGGGTCATGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCACGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCACGCCCCGCAGTACATAGCCATTCCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGc > 6:72979/1‑149 (MQ=255) gTAACGCGCCATCAGGTCACCCAGGGTCGTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCggg < 3:64580/148‑1 (MQ=255) aCGCGCCATCAGGTCACCCAGGGTCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCggg > 8:85121/1‑145 (MQ=255) aCGCGCCATCAGGTCACCCAGGGTCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCggg < 7:85121/145‑1 (MQ=255) cgcgCCATCAGGTCACCCAGGGTCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGtgtg < 1:69842/149‑1 (MQ=255) cgcgCCATCAGGTCACCCAGGGTCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGtgtg < 4:195477/149‑1 (MQ=255) gTCACCCAGGGTCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAggg < 5:141111/149‑1 (MQ=255) tCACCCAGGGTCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGt > 8:220815/1‑149 (MQ=255) aCCCAGGGTCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTg > 2:229571/1‑148 (MQ=255) tCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCggg > 8:267718/1‑122 (MQ=255) tCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCggg < 7:267718/122‑1 (MQ=255) ttGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGtt < 5:15881/128‑1 (MQ=255) ttGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGtt > 6:15881/1‑128 (MQ=255) tGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCgg > 7:251298/1‑149 (MQ=255) 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tgctgcAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAg < 1:293177/141‑1 (MQ=255) tgctgcAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAg > 2:293177/1‑141 (MQ=255) tgcAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTc > 6:294200/1‑149 (MQ=255) gcAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTc > 6:230059/1‑148 (MQ=255) gcAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTc < 5:230059/148‑1 (MQ=255) cAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTc < 7:220815/147‑1 (MQ=255) ctgCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGgcagca < 2:118553/147‑1 (MQ=255) cATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAgg > 8:297772/1‑116 (MQ=255) cATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTg > 1:319889/1‑124 (MQ=255) cATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTg < 2:319889/124‑1 (MQ=255) cAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGc > 1:130977/1‑149 (MQ=255) aGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGACGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGc < 1:229571/148‑1 (MQ=255) gcgcACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACCATGCCt > 3:83112/1‑149 (MQ=255) cgcACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGgcagca > 1:273418/1‑140 (MQ=255) cgcACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGgcagca < 2:273418/140‑1 (MQ=255) cGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGATCAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGcc > 6:161802/1‑149 (MQ=255) 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cgcCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGCCTGGTCGCCGCTGTCACCGTGGGt > 7:181816/1‑149 (MQ=255) ggTGCTTCAGTCGGCTGCCGTCCTCGCGCAGGGACGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGTATGAGGTAGGTCAGGTTGTCGACACCGGCCATCGGCAGCACGATGCCTTCGCGGACCGCCTGGTGGCAGCTGTCACCGTGGGTGAAc < 4:83112/149‑1 (MQ=255) cacaccccGGCCCTGCGCGAGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGCCTGGTCGCCGCTGTCACCGTGGGTGAACGCACCGGCCAg > 8:82577/7‑149 (MQ=255) caccccGGCCCTGCGCGAGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGCCTGGTCGCCGCTGTCACCGTggg > 2:97543/5‑131 (MQ=255) caccccGGCCCTGCGCGAGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGCCTGGTCGCCGCTGTCACCGTggg < 1:97543/127‑1 (MQ=255) accccGGCCCTGCGCGAGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGCCTGGTCGCCGCTGTCACCGTGGGTGAACGCACCGGCCAGgtc < 7:82577/146‑1 (MQ=255) ccGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGCCTGGTCGCCGCTGTCACCGTGGGTGAACGCACCGGCCAGgtcgtc < 8:251298/149‑1 (MQ=255) cGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGCCTGGTCGCCGCTGTCACCGTGGGTGAACGCACCGGCCAGGtcgtcg > 3:18634/1‑149 (MQ=255) ggCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGCCTGGTCGCCGCTGTCACCGTGGGTGAACGCACCGGCCAGGTCGTCgg > 2:206561/1‑149 (MQ=255) tCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGCCTGGTCGCCGCTGTCACCGTGGGTGAAc > 1:323718/1‑126 (MQ=255) tCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGCCTGGTCGCCGCTGTCACCGTGGGTGAAc < 2:323718/126‑1 (MQ=255) tCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGCCTGGTCGCCGCTGTCACCGTGGGTGAACGCACCGGCCAGGTCGTCGGGCAg > 4:278431/1‑149 (MQ=255) | CCGCCCTGGCACCTGGTAACGCGCCATCAGGTCACCCAGGGTCTTGGGCGTGAAGTGCTGCAGGATGCGCCAGGTGTACAGCATCAGCGCACCGTGCTCGACCCGCAGTACATAGCCATTGCGCCGGTGCTTCAGGCGGCTGCCGGCCTCGCGCAGGGCCGGGGTGTGGTTATCGAGGGTGAACAGGATGCGGTAGGGCAGGTTGTCGACACCGGCCAGCGGCAGCACGATGCCTTCGCGCACCGCCTGGTCGCCGCTGTCACCGTGGGTGAACGCACCGGCCAGGTCGTCGGGCAG > NC_002947/2939671‑2939967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |