Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,009,001 | G→A | 9.7% | P32S (CCA→TCA) | PP_2628 ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,009,001 | 0 | G | A | 9.7% | 112.5 / 2.8 | 41 | P32S (CCA→TCA) | PP_2628 | ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/14); new base A (2/2); total (25/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 |
TAGCCACGGGCGCCGCGGGTACAAGCCCACATGAAGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGTTTTTAACCCGGAAAAGGTCGGCCTTGGGGTGTTTGTTAACAAACCTTTGCAACTCATTACATTTCAGATTGATTTCATTCTGCCTTGATGCTGTATAATTGACGCAAC > NC_002947/3008859‑3009145 | tAGCCACGGGCGCCGCGGGTACAAGCCCACATGAAGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCACTg > 8:218126/1‑149 (MQ=255) aCGGGCGCCGCGGGTACAAGCCCACATGAAGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTg > 2:224663/1‑149 (MQ=255) ccgcGGGTACAAGCCCACATGAAGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCtt < 3:111767/149‑1 (MQ=255) gcgGGTACAAGCCCACATGAAGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGc > 8:1366/1‑149 (MQ=255) gcgGGTACAAGCCCACATGAAGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGc < 1:283897/149‑1 (MQ=255) cgGGTACAAGCCCACATGAAGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGcc < 1:224663/149‑1 (MQ=255) aaGCCCACATGAAGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGcc > 4:25107/1‑148 (MQ=255) cccACATGAAGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACt < 3:25107/149‑1 (MQ=255) gAAGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGttt > 5:51612/1‑149 (MQ=255) aaGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGtttt > 5:172595/1‑149 (MQ=255) aaGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGACCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGtttt > 7:5759/1‑149 (MQ=255) aaGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGACCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGtttt > 7:1130/1‑149 (MQ=255) aaCAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGTTTTTAAccc > 8:116643/1‑149 (MQ=255) gCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGTTTTTAACCCGGaa > 4:164869/1‑148 (MQ=255) 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aaaGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGTTTTTAACCCGGAAAAGGTCGGCCTTGGGGTGTTTGTTAACAAACCTTTGCAACTCATTACAttt > 6:54747/1‑145 (MQ=255) gcagcaTGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGTTTTTAACCCGGAAAAGGTCGGCCTTGGGGTGTTTGTTAACAAACCTTTGCAACTCATTACATTTCAGATTGAttt > 6:288923/1‑148 (MQ=255) agcaTGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGTTTTTAACCCGGAAAAGGTCGGCCTTGGGGTGTTTGTTAACAAACCTTTGCAACTCATTACATTTCAGATTGATTTCAt < 5:288923/149‑1 (MQ=255) gCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGTTTTTAACCCGGAAAAGGTCGGCCTTGGGGTGTTTGTTAACAAACCTTTGCAACTCATTACATTTCAGATTGATTTCATTCTGc > 7:35229/1‑149 (MQ=255) gCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGAATGTTGTTTTTAACCCGGAAAAGGTCGGCCTTGGGGTGTTTGTTAACAAACCTTTGCAACTCATTACATTTCAGATTGATTTCATTCTGc > 4:250880/1‑149 (MQ=255) 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gcttgGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGTTTTTAACCCGGAAAAGGTCGGCCTTGGGGTGTTTGTTAACAAACCTTTGCAACTCATTACATTTCAGATTGATTTCATTCTGCCTTGATGCTGTATAAtt < 3:16858/142‑1 (MQ=255) cttgGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGTTTTTAACCCGGAAAAGGTCGGCCTTGGGGTGTTTGTTAACAAACCTTTGCAACTCATTACATTTCAGATTGATTTCATTCTGCCTTGATGCTGTATAATTGACGCAAc < 2:209154/149‑1 (MQ=255) | TAGCCACGGGCGCCGCGGGTACAAGCCCACATGAAGCGCAACAGGCCAACGGGCGGCGGTGGTACCTCGTCGGGTGGGAAGGGGTCGAGCCGACGTTCAAAGATACGCAGCATGCTTGTCTCCGGAAAACGGTTCTTGCTTGGCCAATGCCCTGCCGGCTTGCCTTTGCCGACTGTTGTTTTTAACCCGGAAAAGGTCGGCCTTGGGGTGTTTGTTAACAAACCTTTGCAACTCATTACATTTCAGATTGATTTCATTCTGCCTTGATGCTGTATAATTGACGCAAC > NC_002947/3008859‑3009145 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |