Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,062,728 | A→G | 9.3% | V245A (GTG→GCG) | qedH‑I ← | quinoprotein ethanol dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,062,728 | 0 | A | G | 9.3% | 115.2 / 3.3 | 43 | V245A (GTG→GCG) | qedH‑I | quinoprotein ethanol dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/22); new base G (2/2); total (19/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 |
CGCGCTTTGCCAAGGGGCACCGCCGCCGTGGCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTGGTCTTGTCCTTGATCAGCACTGGCGCACCGGTCAT > NC_002947/3062583‑3062876 | cgcgCTTTGCCAAGGGGCACCGCCGCCGTGGCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACg > 2:186742/1‑148 (MQ=255) cgcTTTGCCAAGGGGCACCGCCGCCGTGGCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAg < 6:35339/149‑1 (MQ=255) ggCACCGCCGCCGTGGCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTTCGTGGAGGGCCACAt < 1:186055/144‑1 (MQ=255) ggCACCGCCGCCGTGGCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTTCGTGGAGGGCCACAt > 2:186055/1‑144 (MQ=255) caacgccgccgTGGCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACAct > 5:327604/4‑149 (MQ=255) cgccgccgTGGCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACActtct < 3:129467/149‑1 (MQ=255) cgccgccgTGGCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACActtct > 3:193053/1‑149 (MQ=255) gccgccgTGGCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACActtctt < 7:166575/149‑1 (MQ=255) gccgccgTGGCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACActtctt < 1:186742/149‑1 (MQ=255) cgTGGCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCg < 3:215436/149‑1 (MQ=255) gCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCGCGAAGGGCCGCATCCACActt < 1:314298/137‑1 (MQ=255) gCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCGCGAAGGGCCGCATCCACActt > 2:314298/1‑137 (MQ=255) ccAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCg > 3:101484/1‑149 (MQ=255) cAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCgg < 7:18367/149‑1 (MQ=255) ttCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTcgc < 4:25841/149‑1 (MQ=255) ccTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTcgcgcgc > 7:122381/1‑148 (MQ=255) ggtggtAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGa > 4:215792/1‑149 (MQ=255) gtggtAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGAc < 8:122381/149‑1 (MQ=255) gtcTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACActtct < 6:329694/100‑1 (MQ=255) gtcTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACAcatct > 5:329694/1‑100 (MQ=255) gCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCg > 2:6189/1‑149 (MQ=255) gcCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGAcc < 3:312940/123‑1 (MQ=255) gcCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGAcc > 4:312940/1‑123 (MQ=255) cTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGt < 8:270539/149‑1 (MQ=255) aCGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGa < 5:191442/148‑1 (MQ=255) cACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACActt < 6:268816/72‑1 (MQ=255) cACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACActt > 5:268816/1‑72 (MQ=255) ggTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACg < 3:21456/112‑1 (MQ=255) ggTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACg > 4:21456/1‑112 (MQ=255) tCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTgg > 8:48935/1‑148 (MQ=255) tCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGCATCAGCAGCACCTTGCCGCTgg < 7:48935/148‑1 (MQ=255) cTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTGGTc < 2:152409/148‑1 (MQ=255) cTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTGGTCt > 3:39088/1‑149 (MQ=255) cTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTGGTCt > 1:109597/1‑149 (MQ=255) gCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTGGTCTTg < 4:39088/148‑1 (MQ=255) gCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTGGTCTTg < 2:109597/148‑1 (MQ=255) ttCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTGGTCTTGTCCtt < 1:6189/149‑1 (MQ=255) cAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTGGTCTTGTCCTTg < 5:275924/148‑1 (MQ=255) gcggcCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTcgcgcgc > 2:111562/1‑66 (MQ=255) gcggcCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTcgcgcgc < 1:111562/66‑1 (MQ=255) gcCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTGGTCTTGTCCTTGATCAGCa > 2:119006/1‑149 (MQ=255) cTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTGGTCTTGTCCTTGATc < 7:166899/133‑1 (MQ=255) cTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTGGTCTTGTCCTTGATc > 8:166899/1‑133 (MQ=255) aCGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTGGTCTTGTCCTTGATCAGCACTGGCGCACCGGTCAt > 7:240275/1‑149 (MQ=255) | CGCGCTTTGCCAAGGGGCACCGCCGCCGTGGCTCCAGGCTTCGACCTTGCCGGTTTCGGTGGTAGGGTCGTCTGGCCAGGACGGCGCCTTGACGTCACCGGTCGGGGTGCTGTCCTTGCCGTTCAGGCGGCCCATGTGGCCCTCCACGAAGGGCCGCATCCACACTTCTTCACCGGTGTCCGGGTCGCGCGCGAACAGCTGGCCGACCACGCCGAATTCATCGCCGGAGCTGCCGTGGATCAGCAGCACCTTGCCGCTGGTCTTGTCCTTGATCAGCACTGGCGCACCGGTCAT > NC_002947/3062583‑3062876 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |